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Yorodumi- PDB-3b0c: Crystal structure of the chicken CENP-T histone fold/CENP-W compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b0c | ||||||
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Title | Crystal structure of the chicken CENP-T histone fold/CENP-W complex, crystal form I | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / histone fold / DNA binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore assembly / chromosome segregation / kinetochore ...Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore assembly / chromosome segregation / kinetochore / mitotic cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.201 Å | ||||||
Authors | Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2012 Title: CENP-T-W-S-X Forms a Unique Centromeric Chromatin Structure with a Histone-like Fold. Authors: Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3b0c.cif.gz | 81.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3b0c.ent.gz | 62.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3b0c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12746.921 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: CENPT / Plasmid: pRSFduet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: F1NPG5 | ||||
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#2: Protein | Mass: 8692.419 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: CENP-W / Plasmid: pRSFduet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0DJH6*PLUS | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE CHAIN W DOES NOT CURRENTLY EXIST. | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100mM Citrate-NaOH pH 5.0, 30% PEG 600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.2→30.98 Å / Num. obs: 10722 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.201→30.98 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 0.06 / Phase error: 26.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.062 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.201→30.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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