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- PDB-5u8u: Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8u
タイトルDihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa
要素Dihydrolipoyl dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Dihydrolipoyl dehydrogenase / Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase.
著者: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,22947
ポリマ－202,0404
非ポリマー6,18943
水42,9302383
1
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,07623
ポリマ－101,0202
非ポリマー3,05621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area34140 Å2
手法PISA
2
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,15424
ポリマ－101,0202
非ポリマー3,13422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area34280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.320, 116.280, 136.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dihydrolipoyl dehydrogenase


分子量: 50510.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpdG, PA14_43970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H2Z9F5, UniProt: Q9I3D1*PLUS, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 % / 解説: bricks or cubes
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG 3350, HEPES, KCl, microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→38.76 Å / Num. obs: 443473 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.736 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LPF

1lpf


解像度: 1.35→38.755 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 15.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1565 5212 1.18 %
Rwork0.1325 --
obs0.1328 443380 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13770 0 368 2383 16521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01214484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21319705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3225054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36530.2741750.253314550X-RAY DIFFRACTION99
1.3653-1.38140.3121890.240414460X-RAY DIFFRACTION99
1.3814-1.39830.27021660.234114505X-RAY DIFFRACTION100
1.3983-1.4160.24561710.217114542X-RAY DIFFRACTION100
1.416-1.43460.26621470.198414603X-RAY DIFFRACTION100
1.4346-1.45420.19051860.185814494X-RAY DIFFRACTION100
1.4542-1.4750.22741830.166614530X-RAY DIFFRACTION100
1.475-1.4970.18831740.160614600X-RAY DIFFRACTION100
1.497-1.52040.21031750.152914602X-RAY DIFFRACTION100
1.5204-1.54540.19711600.146914547X-RAY DIFFRACTION100
1.5454-1.5720.17881820.136314589X-RAY DIFFRACTION100
1.572-1.60060.14491580.123214584X-RAY DIFFRACTION100
1.6006-1.63140.16191760.119814608X-RAY DIFFRACTION100
1.6314-1.66470.15621810.117614610X-RAY DIFFRACTION100
1.6647-1.70090.13461850.111114513X-RAY DIFFRACTION100
1.7009-1.74040.14381640.106514633X-RAY DIFFRACTION100
1.7404-1.7840.1441770.102714580X-RAY DIFFRACTION100
1.784-1.83220.1461740.102414614X-RAY DIFFRACTION100
1.8322-1.88610.13691690.105514618X-RAY DIFFRACTION100
1.8861-1.9470.13051830.104914617X-RAY DIFFRACTION100
1.947-2.01660.15611680.10514605X-RAY DIFFRACTION100
2.0166-2.09730.13531760.103914622X-RAY DIFFRACTION100
2.0973-2.19270.12311680.101914670X-RAY DIFFRACTION100
2.1927-2.30830.13561730.107414598X-RAY DIFFRACTION100
2.3083-2.45290.12991810.112514651X-RAY DIFFRACTION100
2.4529-2.64230.15061690.122114671X-RAY DIFFRACTION100
2.6423-2.90810.15091780.131814660X-RAY DIFFRACTION100
2.9081-3.32870.16151730.137414704X-RAY DIFFRACTION100
3.3287-4.19310.14781740.141714702X-RAY DIFFRACTION100
4.1931-38.77110.17231770.158714886X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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