PDB-5u8u: Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u8u

タイトル

Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / cell redox homeostasis / glycolytic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase.
著者: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

履歴

登録	2016年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u8u.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u8u.ent.gz	951 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u8vC 5u8wC 1lpfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lpf-d 5u8v-1 5u8w-1 2a8x-d 5u8w-2 5j5z-d 6hg8-d 6i4u-d 6i4t-d 6i4q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.320, 116.280, 136.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 50510.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpdG, PA14_43970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2Z9F5, UniProt: Q9I3D1*PLUS, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	... ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 % / 解説: bricks or cubes
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG 3350, HEPES, KCl, microseeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→38.76 Å / Num. obs: 443473 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.736 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC_1/2: 0.659 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LPF

1lpf

解像度: 1.35→38.755 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 15.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1565	5212	1.18 %
R_work	0.1325	-	-
obs	0.1328	443380	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13770	0	368	2383	16521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	14484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	19705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.322	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3653	0.274	175	0.2533	14550	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3653-1.3814	0.312	189	0.2404	14460	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3814-1.3983	0.2702	166	0.2341	14505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3983-1.416	0.2456	171	0.2171	14542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.416-1.4346	0.2662	147	0.1984	14603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4346-1.4542	0.1905	186	0.1858	14494	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4542-1.475	0.2274	183	0.1666	14530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.475-1.497	0.1883	174	0.1606	14600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.497-1.5204	0.2103	175	0.1529	14602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5204-1.5454	0.1971	160	0.1469	14547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5454-1.572	0.1788	182	0.1363	14589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.572-1.6006	0.1449	158	0.1232	14584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6006-1.6314	0.1619	176	0.1198	14608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6314-1.6647	0.1562	181	0.1176	14610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7009	0.1346	185	0.1111	14513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7404	0.1438	164	0.1065	14633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7404-1.784	0.144	177	0.1027	14580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.784-1.8322	0.146	174	0.1024	14614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.8861	0.1369	169	0.1055	14618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8861-1.947	0.1305	183	0.1049	14617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.0166	0.1561	168	0.105	14605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0166-2.0973	0.1353	176	0.1039	14622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.1927	0.1231	168	0.1019	14670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1927-2.3083	0.1356	173	0.1074	14598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3083-2.4529	0.1299	181	0.1125	14651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4529-2.6423	0.1506	169	0.1221	14671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6423-2.9081	0.1509	178	0.1318	14660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9081-3.3287	0.1615	173	0.1374	14704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3287-4.1931	0.1478	174	0.1417	14702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1931-38.7711	0.1723	177	0.1587	14886	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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