PDB-6i4u: Crystal structure of the disease-causing G426E mutant of the huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i4u

タイトル

Crystal structure of the disease-causing G426E mutant of the human dihydrolipoamide dehydrogenase

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lipoamide dehydrogenase / Pathogenic mutation / E3 deficiency / Alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / Pyruvate dehydrogenase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyltransferase complex / acrosomal matrix / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / OADH complex synthesizes glutaryl-CoA from 2-OA / oxoadipate dehydrogenase complex / Glycine degradation / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2 / Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Szabo, E. / Wilk, P. / Hubert, A. / Torocsik, B. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.

資金援助

ハンガリー,

米国,

ドイツ, 10件

組織	認可番号	国
Hungarian Academy of Sciences	02001 [to A.-V.V.]	ハンガリー
	Hungarian Scientific Research Fund, grant#112230 [to A.-V.V.]	ハンガリー
	Hungarian Brain Research Program, grant#KTIA_13_NAP_III/6 and 2017-1.2.1-NKP-2017-00002 [to A.-V.V.]	ハンガリー
Hungarian Academy of Sciences	Bolyai Fellowship [to A.A.]	ハンガリー
European Molecular Biology Organization	Short-term Fellowship [to A.A.]	ハンガリー
	Semmelweis University, Young Investigator Research Grant [to A.A.]	ハンガリー
	Gedeon Richter PIc., Young Investigator Research Grant [to A.A.]	ハンガリー
	Fulbright Commission, Fulbright Fellowship [to A.A.]	米国
	European Union and Government of Hungary, grant#EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009 [to S.E.]	ハンガリー
	European Union CALIPSOplus, grant#16204087-ST [to S.E. and A.A.]	ドイツ

引用

ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2019
タイトル: Underlying molecular alterations in human dihydrolipoamide dehydrogenase deficiency revealed by structural analyses of disease-causing enzyme variants.
著者: Szabo, E. / Wilk, P. / Nagy, B. / Zambo, Z. / Bui, D. / Weichsel, A. / Arjunan, P. / Torocsik, B. / Hubert, A. / Furey, W. / Montfort, W.R. / Jordan, F. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.

履歴

登録	2018年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i4u.cif.gz	542.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i4u.ent.gz	453.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i4u_validation.pdf.gz	962.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i4u_full_validation.pdf.gz	973.6 KB	表示
XML形式データ	6i4u_validation.xml.gz	37.5 KB	表示
CIF形式データ	6i4u_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i4pC 6i4qC 6i4rC 6i4sC 6i4tC 6i4zC 1zmdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j5z-d 5nhg-2 6i4z-2 1zmc-2 5u8u-1 2a8x-d 7kmy-2 4jq9-2 3l8k-d 5nhg-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.737, 168.663, 61.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial / Dihydrolipoamide dehydrogenase / Glycine cleavage system L protein 分子量: 52709.234 Da / 分子数: 2 / 変異: G426E / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence of the Strep-tag with linker amino acids: MASWSHPQFEKGALEVLFQGPG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLD, GCSL, LAD, PHE3 / プラスミド: pET52b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09622, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 2(v/v)% PEG 400, 0.1 M Hepes (pH 7.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→42.559 Å / Num. obs: 106853 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.658 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.13 / Net I/σ(I): 13.27

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.84-1.95	6.811	1.307	1.24	16793	0.807	1.414	97.5
1.95-2.08	6.715	0.797	2.08	16102	0.917	0.864	99.5
2.08-2.25	6.48	0.43	3.83	14998	0.968	0.467	99.4
2.25-2.46	6.923	0.27	6.32	13884	0.986	0.291	99.7
2.46-2.75	6.654	0.162	10.28	12632	0.993	0.176	99.7
2.75-3.18	6.76	0.092	18.32	11164	0.997	0.1	99.7
3.18-3.89	6.583	0.052	33.71	9525	0.999	0.057	99.8
3.89-5.48	6.306	0.035	46.63	7434	0.999	0.039	99.2
5.48-42.559	6.138	0.027	50.11	4320	1	0.029	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.604

	最高解像度	最低解像度
Rotation	48.63 Å	2.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZMD

1zmd

解像度: 1.84→42.559 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.97
詳細: TLS groups, NCS torsion-angle restraints, automatic occupancy refinement and real-space refinement were involved, hydrogen atoms were added to the final model during refinement

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2006	2094	1.96 %
R_work	0.1838	-	-
obs	0.1841	106633	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→42.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7096	0	167	347	7610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	10195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.563	4489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1301

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.8792	0.3807	130	0.3712	6510	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8792-1.9262	0.3915	137	0.341	6903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9262-1.9782	0.3299	140	0.2982	6947	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9782-2.0365	0.3036	137	0.2642	6888	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0365-2.1022	0.2624	137	0.2432	6917	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1022-2.1773	0.2685	139	0.2151	6883	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1773-2.2645	0.2054	140	0.1927	6977	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2645-2.3675	0.2234	139	0.1807	6915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3675-2.4923	0.1911	140	0.1795	6968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4923-2.6485	0.1978	140	0.1758	7003	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6485-2.8529	0.2161	141	0.1826	7004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8529-3.1399	0.1741	141	0.1871	7031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1399-3.5941	0.2049	142	0.177	7124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5941-4.5274	0.1443	142	0.1386	7075	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5274-42.559	0.1733	149	0.1584	7394	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2288	0.6679	1.1704	1.9264	0.1556	1.8299	0.1266	-0.1776	0.2066	0.3177	-0.0533	0.2921	-0.0587	-0.1701	0.0053	0.3077	0.0106	0.1413	0.1982	-0.0027	0.308	34.8064	9.2029	23.9249
2	1.7244	0.5659	0.1009	2.8711	-0.4851	0.22	0.0616	-0.0852	0.3378	-0.0227	0.0029	0.8461	0.0448	-0.2973	-0.0219	0.3218	-0.0196	0.1584	0.2814	0.0577	0.4324	19.9411	-1.0417	21.135
3	1.2243	0.4207	0.5022	2.0542	-0.2034	0.6863	-0.1141	-0.077	0.4828	-0.0318	0.063	0.3297	-0.1847	-0.1427	0.0683	0.3236	0.0338	0.0941	0.2201	0.0254	0.4211	33.8498	19.2701	16.6037
4	1.7333	-0.7751	0.7862	2.4226	-0.7452	1.0185	0.0116	0.3329	0.1694	-0.8751	0.0751	0.3687	0.216	0.0003	-0.0721	0.6061	-0.0721	-0.046	0.2952	0.0856	0.3379	27.8433	2.949	-2.4362
5	1.6268	0.6495	0.5229	2.3994	0.0674	0.8697	-0.0458	0.1525	0.1946	-0.1561	0.0569	-0.1331	-0.0482	0.0416	-0.0122	0.3214	0.0059	0.1228	0.2085	0.0273	0.3264	45.2664	12.5347	12.7492
6	1.0232	0.3415	0.794	1.9645	-0.1016	1.0603	-0.0315	0.209	-0.3067	-0.4629	0.1403	-0.3855	0.073	0.0634	-0.0375	0.3918	-0.0216	0.1169	0.2273	-0.0491	0.3492	43.8623	-15.8498	8.7632
7	1.1374	-0.551	-0.0226	2.7146	0.0658	0.591	0.0807	0.1124	-0.1741	-0.3024	0.0996	0.32	0.0889	-0.0598	-0.1772	0.4328	-0.0658	-0.0513	0.2885	0.0107	0.4245	28.7523	-32.1081	12.0012
8	1.2178	0.0853	-0.4046	1.8584	0.259	1.1381	0.1243	-0.1511	-0.27	0.3379	0.0602	0.0649	0.1905	0.0281	-0.1754	0.4555	-0.0484	-0.0314	0.2279	0.0618	0.3897	31.8221	-37.7759	27.9087
9	1.7162	0.3147	-0.4694	3.7033	-0.3617	1.0237	0.1113	-0.2015	0.0131	0.4749	-0.0746	-0.2065	-0.0021	-0.0154	-0.0583	0.3987	-0.0215	0.0155	0.2153	-0.0056	0.2525	41.7027	-11.4386	30.2873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 260 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 261 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 474 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -7 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 358 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 359 through 474 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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