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万見
- PDB-5u8e: Crystal Structure of substrate-free arginine kinase from spider P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8e
タイトルCrystal Structure of substrate-free arginine kinase from spider Polybetes pythagoricus
要素arginine kinase
キーワードTRANSFERASE / phosphagen metabolism / arginine kinase / spider / open conformation / free-ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / phosphorylation / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain ...Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Polybetes pythagoricus (クモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Lopez-Zavala, A.A. / Garcia, C.F. / Hernadez-Paredes, J. / Sotelo-Mundo, R.R.
資金援助 メキシコ, アルゼンチン, 4件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y TecnologiaINFR-2014-01-225455 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y TecnologiaC0005-2012-189333 メキシコ
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)COOP-CTES-D680 アルゼンチン
ANPC PICT2014-2580 アルゼンチン
引用ジャーナル: PeerJ / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural characterization of a novel arginine kinase from the spider Polybetes pythagoricus.
著者: Laino, A. / Lopez-Zavala, A.A. / Garcia-Orozco, K.D. / Carrasco-Miranda, J.S. / Santana, M. / Stojanoff, V. / Sotelo-Mundo, R.R. / Garcia, C.F.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: arginine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3142
ポリマ－43,2911
非ポリマー231
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.131, 61.117, 60.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 arginine kinase


分子量: 43291.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: two loops were found disordered and Cys was oxidized form
由来: (組換発現) Polybetes pythagoricus (クモ) / プラスミド: pjexpress414 / 詳細 (発現宿主): T7 promoterB, Ampr, pUC originC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A286R7K5*PLUS, arginine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 % / 解説: large-thin plates, colorless
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% w/v polyethylene glycol 4000.
Temp details: none

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日 / 詳細: quazar multilayer
放射モノクロメーター: sealed tube/flat / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→20.3 Å / Num. obs: 18342 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.38 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.0476 / Rsym value: 0.0847 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / CC1/2: 0.739 / % possible all: 94.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PROTEUM PLUSv2データ削減
PROTEUM PLUSV2データスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AM1

4am1


解像度: 2.18→20.307 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 968 5.28 %random selection
Rwork0.1724 ---
obs0.1752 18342 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→20.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 1 266 2979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8523740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2971668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1799-2.29470.29481210.22962375X-RAY DIFFRACTION96
2.2947-2.43830.27991520.20732482X-RAY DIFFRACTION100
2.4383-2.62620.27631360.19482467X-RAY DIFFRACTION100
2.6262-2.88980.23251420.18692484X-RAY DIFFRACTION100
2.8898-3.30640.191360.17112488X-RAY DIFFRACTION100
3.3064-4.15980.21721460.14312508X-RAY DIFFRACTION100
4.1598-20.30820.19121350.15432570X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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