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万見
- PDB-5u77: Crystal structure of ORP8 PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u77
タイトルCrystal structure of ORP8 PH domain
要素Oxysterol-binding protein-related protein 8
キーワードLIPID TRANSPORT / Oxsyterol / membrane contact site / Phosphoinositide
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylserine acyl-chain remodeling / phosphatidylserine transfer activity / Acyl chain remodelling of PS / protein localization to nuclear pore / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid transporter activity / phospholipid transport / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of sequestering of triglyceride / cholesterol binding ...phosphatidylserine acyl-chain remodeling / phosphatidylserine transfer activity / Acyl chain remodelling of PS / protein localization to nuclear pore / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid transporter activity / phospholipid transport / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of sequestering of triglyceride / cholesterol binding / fat cell differentiation / phosphatidylserine binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / positive regulation of D-glucose import / nuclear membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-NDB / Oxysterol-binding protein-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.157 Å
データ登録者Ghai, R. / Yang, H.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
NHMRC-ARC dementia research development fellowship1097185 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1041301 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP130100457 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: ORP5 and ORP8 bind phosphatidylinositol-4, 5-biphosphate (PtdIns(4,5)P 2) and regulate its level at the plasma membrane.
著者: Ghai, R. / Du, X. / Wang, H. / Dong, J. / Ferguson, C. / Brown, A.J. / Parton, R.G. / Wu, J.W. / Yang, H.
履歴
登録2016年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein-related protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8683
ポリマ－13,6101
非ポリマー2582
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.079, 57.079, 154.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Oxysterol-binding protein-related protein 8 / OSBP-related protein 8


分子量: 13609.974 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 149-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSBPL8, KIAA1451, ORP8, OSBP10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9BZF1
#2: 化合物 ChemComp-NDB / N-(2-hydroxyethyl)-N,N-dimethyl-3-sulfopropan-1-aminium / NDSB-211


分子量: 212.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H18NO4S
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M Ammonium formate, 0.2 M NDSB-195, 27% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→35.712 Å / Num. obs: 7941 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 16.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.16→2.27 Å / CC1/2: 0.594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1v88

1v88


解像度: 2.157→35.712 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 480 6.08 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.23 7894 90.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.157→35.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数920 0 14 21 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4431292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.91349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1568-2.46890.33431150.25791910X-RAY DIFFRACTION72
2.4689-3.11020.30551730.25762646X-RAY DIFFRACTION99
3.1102-35.71690.25551920.21172858X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46-0.3195-1.07882.16450.19473.0146-0.1948-0.20970.17880.15770.13870.3987-0.3073-0.30170.04040.51450.20510.00180.39560.04920.4198-0.678521.8173-13.4948
22.1394-1.291.05122.2795-0.33652.9305-0.2265-0.17260.31750.40050.03070.0416-0.5288-0.330.01090.36910.0898-0.02850.20790.01180.28476.126915.2076-9.4543
30.8314-0.5184-0.59371.82040.91671.908-0.0956-0.20370.67560.48330.079-0.5472-0.5885-0.11960.07860.55730.129-0.10680.3204-0.04660.47586.930822.8044-9.2924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 93 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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