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万見
- PDB-5u64: Camel nanobody VHH-28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u64
タイトルCamel nanobody VHH-28
要素VHH-28
キーワードIMMUNE SYSTEM / neutralizing antibody / camel vhh nanobody / HIV-1
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.153 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Selection of nanobodies with broad neutralizing potential against primary HIV-1 strains using soluble subtype C gp140 envelope trimers.
著者: Koch, K. / Kalusche, S. / Torres, J.L. / Stanfield, R.L. / Danquah, W. / Khazanehdari, K. / von Briesen, H. / Geertsma, E.R. / Wilson, I.A. / Wernery, U. / Koch-Nolte, F. / Ward, A.B. / Dietrich, U.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: VHH-28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0201
ポリマ－15,0201
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.790, 76.937, 69.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-341-

HOH

21B-361-

HOH

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要素

#1: 抗体 VHH-28


分子量: 15020.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M sodium citrate, 0.1M CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→28.4 Å / Num. obs: 53677 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / CC1/2: 0.88 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.153→28.395 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1703 2706 5.05 %
Rwork0.1454 --
obs0.1467 53637 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.153→28.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数978 0 0 167 1145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7581630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.05466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1531-1.1740.32711250.32062546X-RAY DIFFRACTION95
1.174-1.19660.28931380.272672X-RAY DIFFRACTION99
1.1966-1.2210.22121530.2232625X-RAY DIFFRACTION100
1.221-1.24760.2021410.20572656X-RAY DIFFRACTION100
1.2476-1.27660.22341350.18612652X-RAY DIFFRACTION100
1.2766-1.30850.19881360.18232670X-RAY DIFFRACTION99
1.3085-1.34390.18241360.15752684X-RAY DIFFRACTION100
1.3439-1.38350.18371370.14252681X-RAY DIFFRACTION100
1.3835-1.42810.17021670.14142648X-RAY DIFFRACTION100
1.4281-1.47920.14071480.13092671X-RAY DIFFRACTION100
1.4792-1.53840.13191390.12392678X-RAY DIFFRACTION99
1.5384-1.60840.15011550.10542652X-RAY DIFFRACTION100
1.6084-1.69320.14241480.10862697X-RAY DIFFRACTION100
1.6932-1.79920.12881350.11652689X-RAY DIFFRACTION100
1.7992-1.93810.1291500.11632678X-RAY DIFFRACTION99
1.9381-2.13310.15281460.11562694X-RAY DIFFRACTION100
2.1331-2.44160.16361310.12912748X-RAY DIFFRACTION100
2.4416-3.07560.18441490.15272734X-RAY DIFFRACTION99
3.0756-28.40360.18051370.15842856X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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