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- PDB-5u5g: Psf3 in complex with NADP+ and 2-OPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5g
タイトルPsf3 in complex with NADP+ and 2-OPP
要素6-phosphogluconate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fosfomycin / Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD binding / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-oxopropyl)phosphonic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / 6-phosphogluconate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.048 Å
データ登録者Olivares, P. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PO1 GM077596 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Two Late-Stage Enzymes Involved in Fosfomycin Biosynthesis in Pseudomonads.
著者: Olivares, P. / Ulrich, E.C. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,21514
ポリマ－126,3884
非ポリマー3,82610
水15,943885
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1077
ポリマ－63,1942
非ポリマー1,9135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
2
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1077
ポリマ－63,1942
非ポリマー1,9135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.076, 87.369, 164.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer as determined by Size Exclusion Chromatography

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要素

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase


分子量: 31597.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6R485
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-7VD / (2-oxopropyl)phosphonic acid / アセトニルホスホン酸


分子量: 138.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12 mg/mL Psf3, 43% v/v polypropylene glycol P400, 0.1 M Bis-Tris Methane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 78862 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.048→46.324 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 3880 5.02 %
Rwork0.1697 --
obs0.1716 77279 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.048→46.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8481 0 244 885 9610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95712058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7435254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0483-2.07320.29731120.22882181X-RAY DIFFRACTION78
2.0732-2.09950.31471190.2162387X-RAY DIFFRACTION86
2.0995-2.12710.23571340.21292435X-RAY DIFFRACTION90
2.1271-2.15630.27441080.2012543X-RAY DIFFRACTION91
2.1563-2.18710.2691280.20372595X-RAY DIFFRACTION92
2.1871-2.21970.23491450.19692532X-RAY DIFFRACTION94
2.2197-2.25440.25631460.19312613X-RAY DIFFRACTION95
2.2544-2.29130.25971390.19252672X-RAY DIFFRACTION95
2.2913-2.33090.23831440.19072621X-RAY DIFFRACTION97
2.3309-2.37320.21811440.18922676X-RAY DIFFRACTION97
2.3732-2.41890.25711400.18492689X-RAY DIFFRACTION96
2.4189-2.46830.23571560.17952678X-RAY DIFFRACTION98
2.4683-2.52190.22021580.17332639X-RAY DIFFRACTION96
2.5219-2.58060.241420.17882700X-RAY DIFFRACTION97
2.5806-2.64510.2431560.1852663X-RAY DIFFRACTION97
2.6451-2.71660.22491530.18142662X-RAY DIFFRACTION96
2.7166-2.79660.22681290.18082679X-RAY DIFFRACTION98
2.7966-2.88680.23061420.17372715X-RAY DIFFRACTION96
2.8868-2.990.23081390.17492640X-RAY DIFFRACTION97
2.99-3.10970.21691330.18372688X-RAY DIFFRACTION96
3.1097-3.25110.21681480.1752621X-RAY DIFFRACTION95
3.2511-3.42250.19471300.16682668X-RAY DIFFRACTION96
3.4225-3.63690.1881400.15792674X-RAY DIFFRACTION95
3.6369-3.91750.18551370.14532638X-RAY DIFFRACTION95
3.9175-4.31150.15961470.14122640X-RAY DIFFRACTION95
4.3115-4.93480.14391290.13662666X-RAY DIFFRACTION95
4.9348-6.21490.19051360.16042725X-RAY DIFFRACTION97
6.2149-46.33550.16491460.16092759X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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