PDB-5u57: Psf4 in complex with Fe2+ and (S)-2-HPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u57

タイトル

Psf4 in complex with Fe2+ and (S)-2-HPP

要素

(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fosfomycin / Epoxidase / Oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Two Late-Stage Enzymes Involved in Fosfomycin Biosynthesis in Pseudomonads.
著者: Olivares, P. / Ulrich, E.C. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u57.cif.gz	158.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u57.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u57_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u57_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	5u57_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5u57_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u55C 5u58C 5u5dC 5u5gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u5d-d 5u55-d 5yvl-d 4uuw-d 6rn1-d 4ks9-d 2xgs-d 4ap9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

B: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

C: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

D: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

ヘテロ分子

85.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.903, 111.471, 128.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	TYR	TYR	A	A	5 - 189	5 - 189
2	1	THR	THR	TYR	TYR	B	B	5 - 189	5 - 189
1	2	THR	THR	TYR	TYR	A	A	5 - 189	5 - 189
2	2	THR	THR	TYR	TYR	C	C	5 - 189	5 - 189
1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 190	1 - 190
2	3	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 190	1 - 190
1	4	THR	THR	GLY	GLY	B	B	5 - 190	5 - 190
2	4	THR	THR	GLY	GLY	C	C	5 - 190	5 - 190
1	5	THR	THR	GLY	GLY	B	B	5 - 190	5 - 190
2	5	THR	THR	GLY	GLY	D	D	5 - 190	5 - 190
1	6	THR	THR	GLY	GLY	C	C	5 - 190	5 - 190
2	6	THR	THR	GLY	GLY	D	D	5 - 190	5 - 190

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / Hydroxypropylphosphonate epoxidase / Ps-hppE 分子量: 21345.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) 遺伝子: hppE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JN69, (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-S0H / (S)-2-HYDROXYPROPYLPHOSPHONIC ACID 分子量: 140.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG 3,350 0.1 M Ammonium Citrate 10 mg/mL Psf4 Crystallized Anaerobically

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→84.28 Å / Num. obs: 21630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.734→2.743 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.786 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.73→84.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.84 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.819 / SU B: 18.22 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31106	1059	5 %	RANDOM
R_work	0.25686	-	-	-
obs	0.25971	19996	97.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.73→84.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5859	0	20	66	5945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.947	8128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.134	3	12991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.691	5	739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.297	23.981	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.771	15	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.631	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.94	5.723	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.938	5.723	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.157	8.579	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.157	8.579	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.169	6.192	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.168	6.192	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.756	9.098	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.974	45.141	6555
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.948	45.126	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10645	0.08
1	2	B	10645	0.08
2	1	A	10726	0.08
2	2	C	10726	0.08
3	1	A	9795	0.1
3	2	D	9795	0.1
4	1	B	10861	0.07
4	2	C	10861	0.07
5	1	B	9718	0.09
5	2	D	9718	0.09
6	1	C	9764	0.09
6	2	D	9764	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.734→2.805 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	77	-
R_work	0.31	1488	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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