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- PDB-4ap9: Crystal structure of phosphoserine phosphatase from T. onnurineus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ap9
タイトルCrystal structure of phosphoserine phosphatase from T. onnurineus in complex with NDSB-201
要素PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY / NDSB
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase; domain 2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Phosphoserine phosphatase; domain 2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.783 Å
データ登録者Jung, T.-Y. / Kim, Y.-S. / Song, H.-N. / Woo, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Identification of a Novel Ligand Binding Site in Phosphoserine Phosphatase from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus Onnurineus.
著者: Jung, T.-Y. / S-Kim, Y. / Oh, B.H. / Woo, E.
履歴
登録2012年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
C: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,59510
ポリマ－93,3884
非ポリマー1,2076
水15,601866
1
A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,19020
ポリマ－186,7758
非ポリマー2,41512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area27330 Å2
ΔGint-53.9 kcal/mol
Surface area62930 Å2
手法PISA
2
C: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
D: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,19020
ポリマ－186,7758
非ポリマー2,41512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
Buried area27600 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area62660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.131, 128.131, 63.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE


分子量: 23346.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌) / 解説: ARAD139, GALE15, GALK16 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: B6YX36, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.45M SODIUM CITRATE, 0.2M NDSB-201, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.979
検出器日付: 2011年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→28.65 Å / Num. obs: 91927 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVERESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.783→28.651 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUE -6 TO 0 ARE DERIVED FROM PURIFICATION TAG IN EACH MONOMER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 4592 5 %
Rwork0.1951 --
obs0.1964 91927 94.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.361 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0086 Å20 Å20 Å2
2---1.0086 Å20 Å2
3---2.0173 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.783→28.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 78 866 7384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0598826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7352582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7834-1.84710.26924400.22438018X-RAY DIFFRACTION87
1.8471-1.9210.25814000.22348430X-RAY DIFFRACTION91
1.921-2.00850.24144720.21558577X-RAY DIFFRACTION93
2.0085-2.11430.25224830.20658628X-RAY DIFFRACTION94
2.1143-2.24670.24634590.19598690X-RAY DIFFRACTION94
2.2467-2.42010.23694240.19498773X-RAY DIFFRACTION94
2.4201-2.66350.26234510.21488836X-RAY DIFFRACTION96
2.6635-3.04850.22834710.21698955X-RAY DIFFRACTION96
3.0485-3.83940.19154520.17629082X-RAY DIFFRACTION97
3.8394-28.65460.18365400.17419346X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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