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- PDB-5u5f: MEDITOPE ENABLED TRASTUZUMAB I83E VARIANT IN COMPLEX WITH (Ac) CQ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5f
タイトルMEDITOPE ENABLED TRASTUZUMAB I83E VARIANT IN COMPLEX WITH (Ac) CQFDA(PH)2STRRLRCGGSK
要素
  • (MEMAB TRASTUZUMAB FAB ...) x 2
  • 5-DIPHENYL LONG MEDITOPE
  • Immunoglobulin G binding protein A
  • Protein L
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / immunoglobulin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat ...Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MESO-ERYTHRITOL / Immunoglobulin G-binding protein A / Immunoglobulin G binding protein A / Protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Finegoldia magna (バクテリア)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Avery, K.N. / Zer, C. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Meditope Enabled Trastuzumab I83E Variant In Complex With (Ac)Cqfda(Ph)2Strrlrcggsk
著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.N. / Zer, C. / Williams, J.C.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEMAB TRASTUZUMAB FAB LIGHT CHAIN I83E
B: MEMAB TRASTUZUMAB FAB HEAVY CHAIN
E: Protein L
D: 5-DIPHENYL LONG MEDITOPE
C: Immunoglobulin G binding protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4146
ポリマ-62,2925
非ポリマー1221
14,376798
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.430, 105.380, 117.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 ABC

#1: 抗体 MEMAB TRASTUZUMAB FAB LIGHT CHAIN I83E


分子量: 23518.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 MEMAB TRASTUZUMAB FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23774.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Immunoglobulin G binding protein A


分子量: 6037.530 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UW42, UniProt: P02976*PLUS

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ED

#3: タンパク質 Protein L


分子量: 6994.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918
#4: タンパク質・ペプチド 5-DIPHENYL LONG MEDITOPE


分子量: 1967.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 799分子

#6: 化合物 ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50 MM TRIS, PH 7.2, 50 MM NACL, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→33.64 Å / Num. obs: 60655 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique all: 4170 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_1839精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IOI
解像度: 1.81→33.64 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 2938 4.84 %
Rwork0.163 --
obs0.164 60648 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→33.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 8 798 5146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0756379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5891739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8101-1.83970.30221210.28112468X-RAY DIFFRACTION91
1.8397-1.87150.27241340.23412708X-RAY DIFFRACTION100
1.8715-1.90550.26941330.20822754X-RAY DIFFRACTION100
1.9055-1.94210.22021310.1892714X-RAY DIFFRACTION100
1.9421-1.98180.22391290.1942771X-RAY DIFFRACTION100
1.9818-2.02490.2251400.18252708X-RAY DIFFRACTION100
2.0249-2.0720.24981280.18812749X-RAY DIFFRACTION100
2.072-2.12380.23551410.17692704X-RAY DIFFRACTION100
2.1238-2.18120.21911340.16462752X-RAY DIFFRACTION100
2.1812-2.24530.1821430.16322747X-RAY DIFFRACTION100
2.2453-2.31780.18761580.16162728X-RAY DIFFRACTION100
2.3178-2.40060.20691510.16722718X-RAY DIFFRACTION100
2.4006-2.49670.20761370.16712740X-RAY DIFFRACTION100
2.4967-2.61030.20061390.16622762X-RAY DIFFRACTION100
2.6103-2.74790.19811150.16472776X-RAY DIFFRACTION100
2.7479-2.91990.1771440.16322781X-RAY DIFFRACTION100
2.9199-3.14520.18451670.16012761X-RAY DIFFRACTION100
3.1452-3.46140.18681510.14682767X-RAY DIFFRACTION100
3.4614-3.96170.15931520.14022796X-RAY DIFFRACTION100
3.9617-4.98870.13891430.12282835X-RAY DIFFRACTION100
4.9887-33.64890.17621470.16662971X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62940.83220.33821.20730.97952.4871-0.00850.01860.0168-0.04570.1373-0.006-0.28030.0938-0.06290.13750.00670.00140.13280.01230.1585-7.7144-17.948910.2899
21.1719-0.23270.29911.15450.48651.32440.01040.05480.0380.0182-0.00010.2207-0.1238-0.1633-0.01350.09270.0162-0.00490.14010.0120.1588-16.5338-24.17018.2801
30.15010.00320.09470.54260.6561.7032-0.0540.01270.04760.05450.00840.1266-0.0149-0.11940.0110.15130.01440.00940.13690.00970.1416-10.0394-22.598415.8488
41.7714-0.47320.27132.9583-0.08331.86990.0738-0.0524-0.31370.56570.0298-0.04950.36160.2012-0.14630.24770.063-0.06070.1708-0.02850.16074.7441-33.203248.3967
54.1859-3.3612.05123.8354-2.0352.98070.07210.15390.0665-0.0336-0.0553-0.1720.09770.3119-0.03140.12990.0219-0.00780.1136-0.04080.08224.894-21.875838.7191
64.4853-1.92322.56512.506-1.06333.55540.05480.23290.1972-0.0095-0.0228-0.3146-0.00130.66310.05580.15630.02710.01490.2734-0.04580.190213.6312-25.348938.9731
73.8641-2.92782.75684.2294-2.06074.23810.16360.0027-0.26160.00930.060.0350.24710.1841-0.23870.14230.0201-0.02150.1166-0.01770.11253.5045-27.369539.1933
82.5624-2.23091.87274.9179-2.11563.6299-0.0757-0.17440.01150.47480.2052-0.35720.10490.1471-0.04980.18290.0316-0.05690.1432-0.02930.12728.4541-20.557648.484
93.8789-0.71891.6782.2065-0.46032.4574-0.3408-0.48650.00560.38170.3370.08250.0393-0.18730.0370.149-0.00720.01990.0901-0.00210.1036-7.464-48.257417.9883
106.2864-3.8210.73283.3569-2.07932.72740.07370.0585-0.2654-0.0260.12140.41320.1504-0.3443-0.21090.1184-0.0301-0.00180.1156-0.00740.2085-18.5633-48.827611.3386
113.04272.32132.17534.75923.04424.5956-0.00250.1978-0.0111-0.21870.1076-0.0853-0.11660.0233-0.09930.0980.039-0.00980.10410.01670.0986-8.2198-40.42817.626
127.30440.3061.92391.8348-0.48183.32720.19520.6537-0.0543-0.2272-0.13630.05830.20480.319-0.06160.16270.0589-0.00010.1428-0.02130.1038-7.3865-47.23620.0298
131.331-1.47960.91982.9720.77143.06580.09620.1583-0.2204-0.02980.07250.07830.13750.0168-0.16630.11650.0210.00630.0652-0.00220.0959-7.7785-51.049110.2984
145.9523-1.52251.58243.6325-0.12613.8420.0320.43470.245-0.0503-0.06840.4538-0.0927-0.42960.04070.10250.0060.02110.17020.02090.195-17.0627-38.03379.5498
150.52620.2454-1.00471.25090.94273.67960.0938-0.0094-0.10820.31070.0729-0.17450.29630.4165-0.17090.19470.0339-0.04620.102-0.03250.14520.6762-46.354424.4642
160.9503-0.8358-0.48962.73921.81583.23690.05810.0223-0.01720.11130.0012-0.03950.22930.0424-0.05180.1520.0050.00690.0837-0.00270.1012-3.0763-33.91340.5573
172.9236-1.3844-2.43882.63231.11525.0515-0.2155-0.1951-0.23390.81110.12540.22730.92720.12530.0120.32180.00130.03130.13170.01970.138-6.9397-41.06845.5618
187.7764-5.4179-1.79873.87091.00934.84340.0737-0.3450.17010.23940.159-0.0654-0.32480.4571-0.22380.1959-0.05670.02360.1759-0.03950.3664-0.822-8.856315.1514
197.259-1.4672-2.05074.63960.06674.21530.03450.43050.2723-0.2717-0.0751-0.0817-0.11540.23680.05520.1263-0.0488-0.00160.13550.03430.1487-1.302-11.36268.3571
205.2297-2.35630.2541.8229-0.07174.7549-0.0158-0.08510.63630.19590.0243-0.3664-0.71670.98180.14290.4476-0.16060.04680.40610.18340.50622.0795-1.576510.1321
214.5636-4.06851.22125.0115-1.04444.5890.29-0.15490.56810.01050.09170.032-0.42410.2151-0.30580.3225-0.0820.09860.16060.03770.3664-0.7423-3.490412.4761
220.2135-0.0998-0.3647.5599-6.16595.9027-0.096-0.30680.03960.24730.0144-0.3345-0.00530.25690.23110.22540.0251-0.03670.1065-0.01790.1246-2.0397-32.447121.5572
235.31170.4608-2.22787.9079-3.63663.64390.1782-0.34020.40340.6599-0.2488-0.8059-0.75140.67140.03350.2745-0.0271-0.07380.1768-0.00850.2237-1.0137-25.298921.5086
243.6619-0.30795.61325.0124-0.72288.55530.28210.4636-0.1658-0.6395-0.29140.5560.194-0.48780.04390.25480.0151-0.02420.2788-0.07060.2058-2.383-66.534-2.0954
254.5007-3.6720.75213.2584-0.86551.9270.07820.041-0.1432-0.2422-0.04930.10560.0008-0.0551-0.03450.15460.0005-0.00260.0862-0.03210.12861.0439-61.29297.5682
267.7045-2.17276.57764.0599-1.50777.93760.41740.5360.2129-0.669-0.4101-0.3461-0.05960.06780.03910.25410.06040.06150.1706-0.00540.12985.4847-56.30541.6572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 26 THROUGH 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 76 THROUGH 113 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 114 THROUGH 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 129 THROUGH 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 151 THROUGH 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 164 THROUGH 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 189 THROUGH 214 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 32 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 33 THROUGH 52 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 53 THROUGH 67 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 91 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 92 THROUGH 110 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 111 THROUGH 126 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 127 THROUGH 195 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 196 THROUGH 223 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 19 THROUGH 33 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 34 THROUGH 61 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 62 THROUGH 72 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 73 THROUGH 81 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 9 THROUGH 13 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'C' AND (RESID 17 THROUGH 35 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'C' AND (RESID 36 THROUGH 54 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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