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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u5f | ||||||
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タイトル | MEDITOPE ENABLED TRASTUZUMAB I83E VARIANT IN COMPLEX WITH (Ac) CQFDA(PH)2STRRLRCGGSK | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Finegoldia magna (バクテリア) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Bzymek, K.P. / Avery, K.N. / Zer, C. / Williams, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Meditope Enabled Trastuzumab I83E Variant In Complex With (Ac)Cqfda(Ph)2Strrlrcggsk 著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.N. / Zer, C. / Williams, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u5f.cif.gz | 262.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u5f.ent.gz | 209.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u5f_validation.pdf.gz | 464.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u5f_full_validation.pdf.gz | 467.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5u5f_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u5f_validation.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ioiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 3種, 3分子 ABC
#1: 抗体 | 分子量: 23518.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23774.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#5: 抗体 | 分子量: 6037.530 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UW42, UniProt: P02976*PLUS |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ED
#3: タンパク質 | 分子量: 6994.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918 |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1967.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 799分子
#6: 化合物 | ChemComp-MRY / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50 MM TRIS, PH 7.2, 50 MM NACL, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K PH範囲: 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→33.64 Å / Num. obs: 60655 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique all: 4170 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IOI 解像度: 1.81→33.64 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→33.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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