PDB-5u4e: Wild-type Transthyretin in complex with 3-[(1E)-2-(2-Chloro-4-bor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u4e

タイトル

Wild-type Transthyretin in complex with 3-[(1E)-2-(2-Chloro-4-boronic acid)ethenyl]benzoic Acid

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Boronic acids / Medicinal chemistry / stilbene / covalent ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Windsor, I.W. / Smith, T.P. / Raines, R.T. / Forest, K.T.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM008349	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM044783	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 1518160	米国

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Stilbene Boronic Acids Form a Covalent Bond with Human Transthyretin and Inhibit Its Aggregation.
著者: Smith, T.P. / Windsor, I.W. / Forest, K.T. / Raines, R.T.

履歴

登録	2016年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u4e.cif.gz	67.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u4e.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u48C 5u49C 5u4aC 5u4bC 5u4cC 5u4dC 5u4fC 5u4gC 2qgbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u21-1 4d7b-1 3p3u-1 6r6i-1 6fzl-1 4ydm-1 5e4a-1 4pwj-1 7acu-1 6e77-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.029, 85.861, 63.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-200- XLB
2	1	A-200- XLB
3	1	A-200- XLB
4	1	B-200- XLB
5	1	B-200- XLB
6	1	B-200- XLB
7	1	B-200- XLB

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13908.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-XLB / 3-[(E)-2-(4-borono-2-chlorophenyl)ethenyl]benzoic acid 分子量: 302.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂BClO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.97 % / Mosaicity: 0.449 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.3 M Sodium Citrate, 3.0% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→26 Å / Num. obs: 42788 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.48	7.1	0.612	2094	0.859	1	99.9
1.48-1.5	7.1	0.514		0.882	1	100
1.5-1.53	7.2	0.444		0.922	1	100
1.53-1.56	7.2	0.377		0.94	1	100
1.56-1.6	7.2	0.31		0.959	1	100
1.6-1.63	7.3	0.275		0.971	1	100
1.63-1.67	7.3	0.245		0.972	1	100
1.67-1.72	7.3	0.215		0.979	1	100
1.72-1.77	7.3	0.173		0.985	1	100
1.77-1.83	7.3	0.144		0.989	1	100
1.83-1.89	7.3	0.113		0.993	1	100
1.89-1.97	7.3	0.096		0.995	1	100
1.97-2.06	7.3	0.08		0.995	1	100
2.06-2.17	7.3	0.067		0.997	1	100
2.17-2.3	7.3	0.064		0.996	1	100
2.3-2.48	7.3	0.055		0.998	1	100
2.48-2.73	7.3	0.043		0.999	1	100
2.73-3.12	7.3	0.032		0.999	1	100
3.12-3.94	7.2	0.026		0.999	1	99.9
3.94-50	6.7	0.027		0.999	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	phenix.refine: 1.9_1692	精密化
HKL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QGB

2qgb

解像度: 1.45→26 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.84

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	4229	9.9 %	Random 10%
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	42733	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.35 Å² / B_iso mean: 19.8 Å² / B_iso min: 8.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	84	169	2038
B_iso mean	-	-	20.08	28.61	-
残基数	-	-	-	-	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	2823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.93	730

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4491-1.4655	0.2904	128	0.2591	1234	1362	97
1.4655-1.4828	0.2829	152	0.245	1279	1431	100
1.4828-1.5008	0.2517	125	0.2267	1234	1359	100
1.5008-1.5198	0.2395	127	0.2215	1290	1417	100
1.5198-1.5398	0.2611	141	0.22	1280	1421	100
1.5398-1.5609	0.2831	151	0.2122	1234	1385	100
1.5609-1.5832	0.2363	145	0.2033	1255	1400	100
1.5832-1.6068	0.2197	141	0.1924	1276	1417	100
1.6068-1.632	0.2217	152	0.188	1259	1411	100
1.632-1.6587	0.2345	128	0.1982	1280	1408	100
1.6587-1.6873	0.2461	139	0.1867	1271	1410	100
1.6873-1.718	0.2428	150	0.1929	1276	1426	100
1.718-1.751	0.2237	148	0.1855	1245	1393	100
1.751-1.7867	0.223	136	0.1826	1298	1434	100
1.7867-1.8256	0.2071	132	0.1857	1263	1395	100
1.8256-1.868	0.1782	140	0.1857	1282	1422	100
1.868-1.9147	0.1771	134	0.1809	1269	1403	100
1.9147-1.9665	0.2232	155	0.1794	1273	1428	100
1.9665-2.0243	0.242	127	0.1726	1303	1430	100
2.0243-2.0896	0.1756	141	0.1746	1272	1413	100
2.0896-2.1643	0.1802	127	0.1658	1290	1417	100
2.1643-2.2509	0.1774	139	0.1755	1300	1439	100
2.2509-2.3533	0.18	127	0.1643	1295	1422	100
2.3533-2.4773	0.2259	158	0.1755	1273	1431	100
2.4773-2.6323	0.2121	159	0.1949	1277	1436	100
2.6323-2.8353	0.2109	147	0.1962	1306	1453	100
2.8353-3.1202	0.2069	141	0.1921	1312	1453	100
3.1202-3.5707	0.1815	137	0.1573	1341	1478	100
3.5707-4.4947	0.1782	142	0.1475	1333	1475	100
4.4947-25.6379	0.1487	160	0.1834	1404	1564	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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