PDB-2qgb: Human transthyretin (TTR) in Apo-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qgb

タイトル

Human transthyretin (TTR) in Apo-form

要素

Transthyretin

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / Transthyretin / Tetramer / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Connelly, S. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural evaluation of highly selective 2-arylbenzoxazole-based transthyretin amyloidogenesis inhibitors.
著者: Johnson, S.M. / Connelly, S. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2007年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qgb.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qgb.ent.gz	86.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qgb_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qgb_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	2qgb_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	2qgb_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/2qgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/2qgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qgcC 2qgdC 2qgeC 2fbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u2i-1 3dk2-1 2qge-1 4fi8-1 5u4c-1 4ank-1 5clz-1 6kgb-1 4mrc-1 5dwp-1 3cn0-1 2qgd-1 5jiq-1 1e5a-1 3cn2-1 5cnh-1 3esp-1 4his-1 2qgc-1 3imu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

A: Transthyretin

B: Transthyretin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.850, 85.398, 64.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pmmHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Epicurean Gold / 参照: UniProt: P02766
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1. ...詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1.395 M sodium citrate, 3.5% v/v glycerol at pH 5.5. The crystals were frozen using a cryo-protectant solution of 1.395 M sodium citrate, pH 5.5, containing 10% v/v glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1. ...

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月11日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 13.9 / 数: 321624 / R_merge(I) obs: 0.045 / Χ²: 1.03 / D res high: 1.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47065 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.45	50	98	1	0.029	1.039	6.5
2.74	3.45	100	1	0.033	0.97	6.9
2.39	2.74	100	1	0.039	0.942	7
2.18	2.39	100	1	0.043	0.984	7
2.02	2.18	100	1	0.049	0.99	7
1.9	2.02	100	1	0.058	0.953	7
1.8	1.9	100	1	0.078	1.054	6.9
1.73	1.8	100	1	0.101	1.084	6.9
1.66	1.73	100	1	0.136	1.134	6.8
1.6	1.66	100	1	0.162	1.114	6.9
1.55	1.6	100	1	0.186	1.045	6.9
1.51	1.55	100	1	0.245	1.044	6.7
1.47	1.51	100	1	0.3	1.028	6.7
1.43	1.47	100	1	0.389	1.046	6.7
1.4	1.43	100	1	0.459	1.001	6.7

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 47065 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.4 Å² / R_sym value: 0.045 / Χ²: 1.028 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 3090 / R_sym value: 4.5 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Human Transthyretin PDB 2FBR

2fbr

解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.685 / SU ML: 0.032 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	2378	5.1 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.167	47021	99.38 %	-
all	-	44643	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1773	0	0	166	1939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	1.948	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.014	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.472	23.864	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.126	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.038	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.063	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.613	1.5	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.968	1.5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.074	2	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.331	3	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.471	4.5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.199	3	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	10.327	3	166
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.818	3	3230

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	174	-
R_work	0.175	3009	-
obs	-	3183	93.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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