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- PDB-1u21: transthyretin with tethered inhibitor on one monomer. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u21
タイトルtransthyretin with tethered inhibitor on one monomer.
要素Transthyretin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / transthyretin / amyloid / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P2C / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Wiseman, R.L. / Johnson, S.M. / Kelker, M.S. / Foss, T. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Kinetic stabilization of an oligomeric protein by a single ligand binding event
著者: Wiseman, R.L. / Johnson, S.M. / Kelker, M.S. / Foss, T. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE Three of the four monomers in the transthyretin tetramer contained a C10A mutation. The ... SEQUENCE Three of the four monomers in the transthyretin tetramer contained a C10A mutation. The fourth monomer was wildtype, with a Cys at the 10 position and was chemically linked via a disulfide bridge to the P2C small molecule. However due to crystal symmetry and the statistically random way in which the tetramers were added to the crystal, there is no way tO distinguish the subunits apart. Therefore each chain in the asymmetric unit contains the wild type sequence. The C10A mutant monomer has DYKDDDYKDYKDDDYK added to the N-terminus and the vector used was the plamid PMMHa. See the paper for details.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2154
ポリマ－27,5552
非ポリマー6602
水1,874104
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4308
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,3204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8900 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.654, 85.643, 63.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

P2C

21A-211-

P2C

詳細The biological assembly is a teteramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 -1 0 0 43.65 0 -1 0 86.63 0 0 1 0

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see remark 999 for mutation information / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR; PALB; / プラスミド: pET2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Epicurian Gold / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-P2C / 2-[(3,5-DICHLORO-4-TRIOXIDANYLPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID / 2-[3,5-DICHLORO-4-(2-{2-[2(2-MERCAPTOETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}ETHOXY)PHENYLAMINO]BENZOIC ACID


分子量: 330.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9Cl2NO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→27.63 Å / Num. all: 27493 / Num. obs: 26531 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.69→1.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2795 / Rsym value: 0.607 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BZD

1bzd


解像度: 1.69→27.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SEE REMARK 999 FOR MUTATIONS AND FURTHER REFINEMENT INFORMATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23865 1283 4.8 %RANDOM
Rwork0.21676 ---
obs0.21783 25202 96.04 %-
all-27493 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→27.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 42 104 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9632574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75933824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755230
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.3298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2760.31835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.51167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.5181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.330
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.51160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68121882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6283726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1944.5692
LS精密化 シェル解像度: 1.689→1.733 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 87
Rwork0.337 1534
obs-1534
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20391.4030.76252.09741.25241.4649-0.06160.1417-0.1437-0.08-0.01940.05330.0378-0.03480.0810.00370.00860.01450.1152-0.0150.082522.46229.84837.996
22.5525-1.37920.7882.7102-0.93731.8909-0.0134-0.1537-0.19920.2776-0.0657-0.06970.13140.08060.07910.0767-0.02610.01780.13060.02470.080919.99730.15757.824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 12510 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 12510 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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