PDB-5u48: Wild-type Transthyretin in complex with 5-[(1E)-2-(4-Boronic acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u48

タイトル

Wild-type Transthyretin in complex with 5-[(1E)-2-(4-Boronic acid)ethenyl]-1,3-benzenediol

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Boronic acids / Medicinal chemistry / stilbene / covalent ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Windsor, I.W. / Smith, T.P. / Raines, R.T. / Forest, K.T.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM008349	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM044783	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 1518160	米国

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Stilbene Boronic Acids Form a Covalent Bond with Human Transthyretin and Inhibit Its Aggregation.
著者: Smith, T.P. / Windsor, I.W. / Forest, K.T. / Raines, R.T.

履歴

登録	2016年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u48.cif.gz	64.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u48.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u49C 5u4aC 5u4bC 5u4cC 5u4dC 5u4eC 5u4fC 5u4gC 2qgbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fbr-1 5cnh-1 2qgd-1 5u4f-1 4pwj-1 1e5a-1 5cn3-1 3djt-1 5e4a-1 5u4c-1 3cn0-1 4ank-1 4ydm-1 4pwk-1 5jim-1 1y1d-1 4act-1 4qya-1 4ydn-1 4tne-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.228, 84.947, 64.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-200- S4B
2	1	A-200- S4B
3	1	A-200- S4B
4	1	A-200- S4B
5	1	A-200- S4B
6	1	B-200- S4B
7	1	B-200- S4B
8	1	B-200- S4B

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13908.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-S4B / {4-[(E)-2-(3,5-dihydroxyphenyl)ethenyl]phenyl}boronic acid 分子量: 256.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₁₃BO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.3 M Sodium Citrate, 3.0% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→35.5 Å / Num. obs: 39026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	7.3	0.686	1904	0.853	1	100
1.53-1.55	7.3	0.618		0.884	1	100
1.55-1.58	7.3	0.513		0.92	1	100
1.58-1.62	7.3	0.42		0.935	1	100
1.62-1.65	7.3	0.387		0.951	1	100
1.65-1.69	7.3	0.327		0.961	1	100
1.69-1.73	7.3	0.282		0.971	1	100
1.73-1.78	7.3	0.229		0.98	1	100
1.78-1.83	7.3	0.182		0.986	1	100
1.83-1.89	7.3	0.142		0.992	1	100
1.89-1.96	7.3	0.111		0.994	1	100
1.96-2.04	7.3	0.095		0.994	1	100
2.04-2.13	7.4	0.079		0.997	1	100
2.13-2.24	7.3	0.073		0.997	1	100
2.24-2.38	7.3	0.072		0.996	1	100
2.38-2.56	7.4	0.058		0.997	1	100
2.56-2.82	7.3	0.046		0.998	1	100
2.82-3.23	7.3	0.036		0.999	1	100
3.23-4.07	7.2	0.029		0.999	1	100
4.07-50	6.7	0.029		0.999	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	2.3.8	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	phenix.refine: 1.9_1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QGB

2qgb

解像度: 1.5→35.5 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.78 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2049	3843	9.86 %	Random 10%
R_work	0.1777	-	-	-
obs	0.1803	38984	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.22 Å² / B_iso mean: 23.9 Å² / B_iso min: 10.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1781	0	38	121	1940
B_iso mean	-	-	22.37	31.95	-
残基数	-	-	-	-	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	2654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.977	688

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4977-1.5167	0.2602	141	0.2332	1238	1379	97
1.5167-1.5366	0.2756	144	0.2347	1286	1430	100
1.5366-1.5577	0.238	134	0.2149	1284	1418	100
1.5577-1.58	0.2345	137	0.2138	1277	1414	100
1.58-1.6035	0.2266	150	0.2031	1277	1427	100
1.6035-1.6286	0.2463	147	0.1993	1260	1407	100
1.6286-1.6553	0.2047	130	0.1985	1323	1453	100
1.6553-1.6838	0.2522	140	0.191	1273	1413	100
1.6838-1.7145	0.221	161	0.1846	1260	1421	100
1.7145-1.7474	0.2324	146	0.1876	1292	1438	100
1.7474-1.7831	0.2214	136	0.1882	1295	1431	100
1.7831-1.8219	0.1982	139	0.1858	1278	1417	100
1.8219-1.8642	0.215	140	0.1866	1316	1456	100
1.8642-1.9109	0.2019	130	0.1753	1294	1424	100
1.9109-1.9625	0.2086	137	0.1761	1311	1448	100
1.9625-2.0203	0.2291	136	0.1741	1299	1435	100
2.0203-2.0855	0.2286	144	0.1865	1287	1431	100
2.0855-2.16	0.1962	148	0.1702	1309	1457	100
2.16-2.2465	0.201	138	0.177	1292	1430	100
2.2465-2.3487	0.1969	156	0.1701	1289	1445	100
2.3487-2.4725	0.2103	150	0.1789	1290	1440	100
2.4725-2.6273	0.2222	133	0.1869	1336	1469	100
2.6273-2.8301	0.2171	152	0.1835	1313	1465	100
2.8301-3.1148	0.2423	132	0.1848	1348	1480	100
3.1148-3.5651	0.1621	145	0.1638	1332	1477	100
3.5651-4.4903	0.1625	147	0.1474	1350	1497	100
4.4903-35.5007	0.2087	150	0.184	1432	1582	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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