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Yorodumi- PDB-5u25: Crystal structure of a dihydrolipoyl dehydrogenase from Neisseria... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u25 | ||||||
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Title | Crystal structure of a dihydrolipoyl dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae bound to FAD | ||||||
Components | Dihydrolipoamide dehydrogenase (E3 component of pyruvate and 2-oxoglutarate dehydrogenase complexes) | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / dimer / FAD / Neisseria gonorrhoeae / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a dihydrolipoyl dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae bound to FAD Authors: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u25.cif.gz | 201.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u25.ent.gz | 155.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u25.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5u25_validation.pdf.gz | 727.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5u25_full_validation.pdf.gz | 728.3 KB | Display | |
Data in XML | 5u25_validation.xml.gz | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5u25_validation.cif.gz | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u25 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ojtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62894.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae (bacteria) Gene: lpdA, WHOF_00599C, WHOF_01471, WHOG_01174, WHOG_01559, WHON_01176, WHON_01441, WHOO_01105, WHOO_01298, WHOW_00549, NGK_1362 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A1D3G1L2, UniProt: A0A5K1KKC9*PLUS, dihydrolipoyl dehydrogenase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: NegoA.00731.a.B1 PW37934 at 22 mg/mL with 3 mM FAD against MCSG screen condition C2 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 20% PEG 3350 supplemented with 15% EG as cryo-protectant, ...Details: NegoA.00731.a.B1 PW37934 at 22 mg/mL with 3 mM FAD against MCSG screen condition C2 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 20% PEG 3350 supplemented with 15% EG as cryo-protectant, crystal ID 283844c2, unique puck ID ezc1-9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 32851 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 35.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ojt Resolution: 2.3→45.113 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.63
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.08 Å2 / Biso mean: 47.9985 Å2 / Biso min: 23.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→45.113 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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