[日本語] English
万見
- PDB-5u09: High-resolution crystal structure of the human CB1 cannabinoid re... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u09
タイトルHigh-resolution crystal structure of the human CB1 cannabinoid receptor
要素Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / negative regulation of dopamine secretion / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of serotonin secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus ...cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / negative regulation of dopamine secretion / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of serotonin secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of action potential / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / axonal fasciculation / regulation of metabolic process / regulation of synaptic transmission, GABAergic / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / maternal process involved in female pregnancy / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / response to nicotine / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of neuron projection development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / memory / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / glucose homeostasis / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / growth cone / G alpha (i) signalling events / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cannabinoid receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Cannabinoid receptor type 1 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cannabinoid receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7DY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cannabinoid receptor 1 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shao, Z.H. / Yin, J. / Rosenbaum, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: High-resolution crystal structure of the human CB1 cannabinoid receptor.
著者: Shao, Z. / Yin, J. / Chapman, K. / Grzemska, M. / Clark, L. / Wang, J. / Rosenbaum, D.M.
履歴
登録2016年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年12月7日ID: 5TJV
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,25115
ポリマ－57,3951
非ポリマー1,85514
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.652, 80.381, 81.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase / CB1 / CANN6 / Glycogen synthase


分子量: 57395.387 Da / 分子数: 1
断片: P21554 residues 90-301, 333-421 and Q9V2J8 residues 218-413
変異: T210A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: CNR1, CNR, PAB2292 / プラスミド: PFASTbac / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P21554, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-7DY / N-[(2S,3S)-4-(4-chlorophenyl)-3-(3-cyanophenyl)butan-2-yl]-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}propanamide / タラナバント


分子量: 515.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25ClF3N3O2 / コメント: アゴニスト*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 31% PEG400, 100mM Sodium Citrate pH5.5, 100mM magnesium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50.01 Å / Num. obs: 19781 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/av σ(I): 7.432 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.695.11.4110.69196.8
2.69-2.85.21.1210.717197
2.8-2.935.70.9840.815197.1
2.93-3.085.60.740.885197.4
3.08-3.285.60.520.937198
3.28-3.535.30.3180.966197.5
3.53-3.885.10.2150.975196.7
3.88-4.455.50.1440.984196.8
4.45-5.65.30.1160.977197.2
5.6-505.30.070.995194.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V2Y

3v2y


解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 10.364 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. AS PER THE AUTHORS THE NUMBER OF OBSERVED REFLECTIONS USED FOR REFINEMENT IS LOW DUE TO ANISOTROPIC TRUNCATION OF THE DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 612 5.2 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1832 11084 57.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.65 Å2 / Biso mean: 44.12 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.05 Å2-0 Å21.27 Å2
2---2.83 Å2-0 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 0 119 62 3943
Biso mean--58.54 31.58 -
残基数----478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9935348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6433.0029081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6545475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48822.5152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.96615699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.711526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2490.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5494.0031909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.54741908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8866.0012381
LS精密化 シェル解像度: 2.598→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 3 -
Rwork0.253 48 -
all-51 -
obs--3.42 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る