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- PDB-5u08: Crystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u08
タイトルCrystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020 from an uncultured soil metagenomic sample in complex with sisomicin
要素aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / GNAT fold / GCN5-N-acetyltransferase fold / acetyltransferase / aminoglycoside / sisomicin / antibiotic resistance / metagenome / soil / coenzyme A / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-SIS / AAC3-I
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Xu, Z. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Stogios, P.J. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Survey of Environmental Aminoglycoside Acetyltransferases Reveals Functionality of Resistance Enzymes.
著者: Xu, Z. / Stogios, P.J. / Quaile, A.T. / Forsberg, K.J. / Patel, S. / Skarina, T. / Houliston, S. / Arrowsmith, C. / Dantas, G. / Savchenko, A.
履歴
登録2016年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
B: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
C: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
D: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,03920
ポリマ－73,7404
非ポリマー2,30016
水17,493971
1
A: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
B: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,02710
ポリマ－36,8702
非ポリマー1,1588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
2
C: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
D: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,01210
ポリマ－36,8702
非ポリマー1,1428
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16290 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.295, 53.035, 78.676
Angle α, β, γ (deg.)71.76, 75.61, 88.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020


分子量: 18434.891 Da / 分子数: 4 / 変異: Y138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059WZ16

-
非ポリマー , 5種, 987分子

#2: 化合物
ChemComp-SIS / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside / Sisomicin / シソマイシン


分子量: 447.526 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O7 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M calcium acetate, 20 mM sisomicin, soaked 24 hours in 20 mM sisomicin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月7日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→19.55 Å / Num. obs: 102238 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 15.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.301 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.538 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5F46

5f46


解像度: 1.52→19.547 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 1999 1.96 %Random selection
Rwork0.1659 ---
obs0.1665 102141 96.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 148 971 6128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0477194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5561932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.359809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007903
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.5580.29231320.30687000X-RAY DIFFRACTION94
1.558-1.60010.36831300.26987013X-RAY DIFFRACTION94
1.6001-1.64720.25861470.24227003X-RAY DIFFRACTION95
1.6472-1.70030.27371400.22227074X-RAY DIFFRACTION95
1.7003-1.76110.2111380.2097090X-RAY DIFFRACTION96
1.7611-1.83150.22681500.19457133X-RAY DIFFRACTION96
1.8315-1.91480.20231420.18417109X-RAY DIFFRACTION96
1.9148-2.01570.18081430.17147158X-RAY DIFFRACTION97
2.0157-2.14180.18671470.16697159X-RAY DIFFRACTION97
2.1418-2.30690.1831420.16187257X-RAY DIFFRACTION97
2.3069-2.53860.1761460.16157223X-RAY DIFFRACTION98
2.5386-2.9050.20781520.16737268X-RAY DIFFRACTION98
2.905-3.6560.19561430.14937312X-RAY DIFFRACTION99
3.656-19.54860.18571470.14057343X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5675-0.232-0.61870.49160.9662.9315-0.21640.25160.0988-0.3231-0.09760.3641-0.4189-1.0433-0.14360.38650.1323-0.10050.39380.01310.4497-53.6417-7.9066-37.5795
21.8707-0.09450.96481.35020.54471.5901-0.0573-0.05940.262-0.0293-0.0403-0.083-0.2383-0.121-0.03210.1558-0.0267-0.0020.04490.01760.1531-38.9473-16.1111-28.9307
30.35630.40350.01280.72650.01630.7053-0.0125-0.22350.0940.0037-0.12310.3327-0.0086-0.5136-0.00910.16670.01990.00520.2537-0.04610.2165-51.6453-18.5083-31.4616
41.7441-0.36630.76061.3639-0.17980.67010.03-0.1913-0.13-0.02550.00460.25380.0081-0.1930.00020.1721-0.02790.03480.1560.00390.1711-45.9596-29.8719-33.0574
50.04420.00080.0340.25240.14590.35880.3635-1.0042-1.07230.0882-0.2466-0.50230.87190.330.00770.42120.0533-0.11190.3140.0520.7261-15.0172-48.4954-28.3352
61.2806-0.2688-0.18361.3577-0.4131.97370.0790.2829-0.0969-0.23980.098-0.14770.04210.11860.00460.1679-0.0070.01120.1242-0.02650.2091-23.4935-37.2685-40.8754
71.35560.12540.39870.891-0.34381.36690.0045-0.0831-0.2347-0.01030.0907-0.12680.1827-0.00860.03860.1571-0.0394-0.00940.04630.02450.179-27.8143-38.9879-28.9551
81.7618-0.31740.04271.1727-0.37960.93280.0476-0.2953-0.58640.03480.1390.09510.2053-0.25590.01020.2084-0.05640.01180.12920.05820.2578-37.851-37.9496-27.6727
90.4028-0.18510.43890.1696-0.31880.5959-0.06080.3716-1.2179-0.2988-0.09780.36490.889-0.3221-0.00360.4884-0.16050.09420.4159-0.10280.6932-51.7411-46.16364.9273
101.568-0.0102-0.14381.29430.45191.8684-0.1764-0.3929-0.10520.22110.14290.07180.185-0.1054-0.00010.19050.05430.03230.27960.03640.1608-44.4684-32.825417.0344
111.9971-0.27080.27231.03830.76391.9141-0.0997-0.0818-0.3320.08910.05560.04820.3459-0.0786-0.00020.1880.00340.00780.19110.00330.1612-39.8371-36.36515.4616
121.53010.1979-0.19931.3280.27160.7594-0.0392-0.0218-0.2439-0.03450.0839-0.11420.22060.1827-00.20680.05720.01910.28960.01070.1646-29.9907-35.58554.022
130.01640.0189-0.00320.02780.01550.01880.0123-0.03030.37880.0895-0.1591-0.5551-0.320.537700.5463-0.1888-0.16320.6011-0.0290.6651-15.5984-3.98919.0733
141.2260.43050.51131.3354-0.61211.42470.01040.10670.33030.0727-0.0477-0.0261-0.30250.155800.2406-0.022-0.03890.24440.01350.2195-28.5822-11.1001-1.3217
151.5649-0.56771.19081.62120.12331.3438-0.06020.17810.28780.0308-0.0101-0.2245-0.28850.4004-0.00040.1995-0.0286-0.03010.3374-0.0190.176-22.4479-16.98218.4145
161.15570.43950.74390.9891-0.04780.5557-0.03840.0599-0.0323-0.00380.0015-0.19120.02050.1965-00.18070.0364-0.00130.3358-0.01110.1786-21.9632-27.05077.8359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:86)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 87:111)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 112:157)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 8:14)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 15:65)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 66:113)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 114:157)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 8:14)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 15:65)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 66:113)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 114:157)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 9:14)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 15:65)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 66:113)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 114:157)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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