PDB-5tzf: Structure of the BldD CTD(D116A)-(c-di-GMP)2 intermediate, form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tzf

タイトル

Structure of the BldD CTD(D116A)-(c-di-GMP)2 intermediate, form 1

要素

DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / BldD / c-di-GMP / assembly intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The Streptomyces master regulator BldD binds c-di-GMP sequentially to create a functional BldD2-(c-di-GMP)4 complex.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W. / Findlay, K.C. / Buttner, M.J. / Brennan, R.G. / Tschowri, N.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tzf.cif.gz	273 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tzf.ent.gz	224.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tzdSC 5tzgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pgo-d 6t4b-1 2ctn-d 4pzj-d 6t4b-4 2b3a-d 5mdi-2 2al3-d 1q9e-2 1muz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

J: DNA-binding protein

B: DNA-binding protein

E: DNA-binding protein

D: DNA-binding protein

I: DNA-binding protein

H: DNA-binding protein

N: DNA-binding protein

M: DNA-binding protein

ヘテロ分子

86.4 kDa, 8 ポリマー
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1

J: DNA-binding protein

登録者が定義した集合体
10.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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3

E: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
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5

I: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
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6

H: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
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7

N: DNA-binding protein

登録者が定義した集合体
10.1 kDa, 1 ポリマー
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8

M: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.133, 93.061, 94.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA-binding protein 分子量: 10113.378 Da / 分子数: 8 / 変異: D166A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6 M sodium/potassium phosphate, 100 mM Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→66.2 Å / Num. obs: 30442 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured obs: 2940 / CC_1/2: 0.908 / % possible all: 68.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TZD

5tzd

解像度: 2.4→66.166 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2719	1485	4.88 %
R_work	0.2294	-	-
obs	0.2315	30442	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / B_sol: 47.049 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.86 Å² / B_iso mean: 58.59 Å² / B_iso min: 17.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2017 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.4629 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6646 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→66.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4822	0	368	171	5361
B_iso mean	-	-	38.09	48.02	-
残基数	-	-	-	-	616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	7320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.408	856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	39.37	2372

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4858	0.3633	152	0.3023	2836	2988	100
2.4858-2.5853	0.3071	154	0.2807	2847	3001	100
2.5853-2.703	0.2988	149	0.2659	2875	3024	100
2.703-2.8455	0.3478	149	0.2564	2861	3010	100
2.8455-3.0238	0.3005	134	0.2626	2891	3025	100
3.0238-3.2572	0.307	155	0.2515	2880	3035	100
3.2572-3.585	0.3004	145	0.2484	2898	3043	100
3.585-4.1037	0.251	152	0.2013	2916	3068	100
4.1037-5.1699	0.2453	147	0.1928	2952	3099	100
5.1699-66.1914	0.2203	148	0.2134	3001	3149	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0315	0.0129	0.0358	-0.0106	-0.0036	-0.0142	0.3294	0.2588	0.5068	0.1175	-0.1125	0.326	-0.4462	0.1131	-0.0001	0.6938	0.108	0.0743	0.6269	-0.069	0.3469	-0.0608	31.165	13.0696
2	1.008	-0.5599	-0.753	0.7547	0.7676	0.881	-0.0681	-1.7073	-0.8829	-0.1099	1.0461	-0.4654	-0.3566	-0.5051	0.5926	0.0851	0.0025	-0.0816	0.8158	0.1602	0.4581	5.6796	18.4632	21.5788
3	0.4138	-0.2218	-0.2703	0.7457	0.2508	0.6192	0.2723	-0.0942	0.1683	-0.4538	-0.1004	-0.4914	0.3754	-0.2115	-0.0005	0.392	-0.0154	0.0715	0.3548	-0.038	0.2697	3.1423	19.2178	10.8365
4	0.7799	-0.0095	-0.1938	0.719	0.3148	0.8289	-0.4444	-0.846	-0.2239	-0.3251	0.0828	0.2197	-0.2702	0.0348	-0.0306	0.1881	-0.1271	0.0432	0.5921	-0.0673	0.2408	-6.2282	22.4905	18.8836
5	0.7801	0.0753	-0.673	0.0236	0.0159	1.0991	-1.1503	-0.3178	0.0755	1.0567	0.2741	-0.0771	-0.0179	0.2636	-0.0482	0.3037	0.0914	-0.0662	0.6376	0.0354	0.3066	-12.5644	63.1273	12.1487
6	-0.0292	-0.039	0.0012	0.0136	0.0052	0.0378	0.5743	0.0482	-0.5849	0.0518	-0.557	-1.1693	0.7675	0.0653	-0	0.7209	0.1719	0.1749	0.2919	0.1841	0.3751	-18.0678	52.3935	19.8984
7	0.9846	0.4197	0.5809	-0.2559	1.061	0.6412	0.0178	0.0065	-0.0259	-0.0903	0.0614	0.0626	0.282	0.2276	-0	0.282	0.0587	-0.0567	0.247	-0.0102	0.4102	-21.0999	60.405	9.3573
8	0.3595	-0.1272	-0.0098	0.1952	0.0256	0.1006	0.0449	-0.2305	0.4086	-0.188	-0.1317	-0.0361	0.1326	0.3829	0.1138	0.167	0.1051	-0.1418	0.3279	0.0226	0.2982	-15.5087	66.4407	19.1811
9	0.2527	-0.0595	0.103	0.0394	-0.2658	0.0517	0.6856	0.4466	0.8839	0.4356	-0.0734	-0.3823	0.3813	-0.1319	0.087	0.2066	-0.2198	-0.1302	0.728	-0.2075	-0.0631	-18.1672	66.5581	-16.6401
10	-0.0138	-0.0567	0.0157	-0.018	-0.0472	-0.0291	1.0463	0.0447	0.4187	-0.0232	-0.014	-0.3557	-0.3913	0.8326	0.0003	0.3981	0.0644	-0.0602	0.6866	0.5687	0.6823	-19.7824	80.5426	-22.658
11	0.121	0.3359	-0.1014	1.0622	0.2813	0.971	-0.018	0.3541	-0.0087	0.3922	0.1799	-0.3062	-0.2813	0.1814	0.0106	0.1986	-0.1236	-0.0588	0.4462	0.1228	0.3166	-17.957	73.3887	-9.4404
12	0.2937	-0.0692	0.2056	-0.013	-0.1878	0.7989	-0.35	0.6276	0.3923	-0.1994	0.5063	0.0061	-0.4144	0.3131	0.0044	0.2041	-0.072	-0.0236	0.7589	0.0172	0.2872	-27.798	70.7366	-18.6876
13	0.7245	-0.0457	0.4737	0.0927	-0.0562	0.3089	0.0787	-0.6581	0.6753	0.1975	-0.4504	0.3285	-0.0036	0.3382	-0.0142	0.5943	-0.041	0.1395	0.4669	-0.0663	0.1467	-0.7601	81.1094	-1.2758
14	0.3968	0.2159	0.299	0.4322	-0.1713	0.6235	0.3093	0.2487	-0.1554	-0.5712	-0.4081	0.0949	0.1505	-0.2492	0.0667	0.262	0.1329	-0.0085	0.2077	-0.092	0.1983	1.7929	83.7622	-16.1208
15	0.1764	-0.3536	-0.3971	0.511	0.1702	0.3871	0.226	-0.5063	0.0294	0.7052	-0.0424	0.287	0.7782	0.0999	-0.0008	0.2763	0.0388	-0.0244	0.3002	-0.066	0.2431	3.3745	79.3053	-7.4029
16	0.158	-0.0999	0.2195	0.5949	-0.3711	0.3205	-0.2457	-0.1554	-0.1411	0.2132	0.1549	-0.3556	-0.734	0.1185	0.0029	0.329	0.0182	-0.0653	0.1981	-0.0854	0.3529	5.0402	90.5401	-5.1219
17	0.3483	-0.2144	0.3325	0.3393	-0.2235	0.2996	-0.0008	0.2337	-0.7853	-1.0726	-0.9155	0.037	0.3757	0.6084	0.0012	0.7259	-0.205	0.2278	-0.0614	-0.1352	0.3339	5.8138	58.6384	-9.6842
18	0.0547	0.0289	-0.1103	0.1179	-0.0288	0.1048	-0.4913	-0.54	-0.2974	-0.1139	0.4328	0.244	0.7783	0.1339	0.0008	1.5321	-0.0327	0.4582	0.3168	0.0689	0.9348	3.5145	49.0652	4.8276
19	1.7937	-0.3412	-0.6765	1.3497	-0.5169	0.5587	0.1862	0.1099	-0.2348	0.7477	-0.0883	-0.1233	0.0301	-0.0259	0.0046	0.4604	-0.0556	0.1332	0.1116	-0.0148	0.1974	3.8291	61.8386	1.0637
20	1.0518	0.1769	-1.4215	0.1589	0.0124	2.0295	-0.4133	-0.2676	-0.7624	-0.5044	-0.1885	-0.3615	1.3168	0.5396	0.0005	1.0631	0.1399	0.1753	0.1847	0.0952	0.5503	12.3401	52.3256	-3.8601
21	0.2226	-0.1454	0.0725	0.1705	0.2244	0.2164	0.4876	-0.5817	0.1006	-1.152	-0.6297	0.2282	0.5398	0.7024	-0	0.547	-0.1583	0.1173	0.4106	0.0065	0.335	8.3988	32.1318	-13.5344
22	0.0039	0.0043	0.0059	0.0124	0.0106	-0.0032	0.1103	0.1708	-0.2744	0.34	-0.0697	-0.0592	-0.1469	-0.0672	0	0.7862	0.0101	-0.0886	0.6232	0.0707	0.7085	-0.2696	41.4338	-20.917
23	0.6446	-0.5896	0.019	0.4219	0.1259	0.6936	0.0439	0.0828	-0.0729	0.1806	-0.1049	-0.1515	-0.1741	-0.0497	-0	0.3777	-0.1416	0.1487	0.2352	-0.0461	0.3153	0.5243	32.994	-8.6587
24	0.1579	0.1022	-0.1404	0.2113	0.1484	0.216	0.3782	0.1229	-0.1497	-0.3787	-0.6567	-0.2543	-0.2101	0.6787	0	0.2903	-0.0081	0.1537	0.4613	0.0156	0.287	5.2672	26.8907	-19.1288
25	0.0978	0.1939	0.0711	0.0864	0.0451	0.025	-0.4675	-0.3995	0.8028	0.0462	-0.2197	1.3354	-0.5065	0.0929	-0	0.8697	0.0097	-0.1132	0.3489	0.0459	0.6902	-23.152	41.5239	-12.4243
26	-0.0336	-0.3195	-0.4722	0.3459	0.1715	0.1819	0.4397	0.3962	0.1208	-0.4743	-0.1899	0.4968	-0.4176	0.0261	0	0.3779	0.0028	-0.0139	0.3171	-0.0465	0.3214	-20.1805	31.8048	-14.9355
27	-0.0018	0.0358	0.0325	-0.0135	-0.018	0.042	-0.247	-0.5157	0.0438	-0.0279	0.5349	-0.5	-0.946	0.3733	0	0.4743	0.0175	0.0989	0.4093	-0.1352	0.3327	-13.2474	32.9587	-3.2882
28	0.2653	-0.0193	0.1617	0.3053	-0.0933	-0.0048	0.3041	-0.5847	0.9551	-0.5935	-0.1488	-0.0333	-0.682	-0.0861	0.0014	0.6308	0.0005	0.2738	0.1851	-0.1423	0.6635	-16.8746	43.4016	-5.0465
29	0.5284	-0.0296	0.9531	0.4303	0.4411	2.0396	-0.7827	-0.3374	-0.4616	-1.5449	-0.4515	0.3454	-0.9928	1.0412	-0.0768	0.2903	0.1325	0.124	0.2582	-0.0636	0.571	-15.6653	11.784	-9.2796
30	0.4521	-0.0115	-0.5071	0.0057	-0.3337	0.3457	-0.4458	-0.4483	-0.4648	1.7093	0.3133	1.1067	0.328	-0.4069	0.4282	0.8515	0.1356	0.663	0.331	0.2038	0.6991	-20.2825	9.7081	4.2556
31	2.9326	1.2242	0.7017	1.1398	0.5969	0.988	-0.6586	2.1282	1.9565	0.367	0.926	1.2818	0.5237	1.3089	0.0254	0.2264	0.0607	0.1885	-0.1535	-0.2773	-0.1499	-9.6987	14.0554	-0.6046
32	0.1465	-0.4783	0.0466	0.8876	-0.4037	2.7024	0.1678	-0.0032	-0.1505	0.4003	-0.2644	0.6329	0.1778	0.4327	-0.1064	0.3177	0.0501	0.1222	0.1423	-0.0791	0.3023	-10.0025	4.3771	-5.1725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 83:86)	B	83 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 87:97)	B	87 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 98:130)	B	98 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 131:158)	B	131 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain D and resid 82:91)	D	82 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain D and resid 92:99)	D	92 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 100:143)	D	100 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 144:158)	D	144 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 82:91)	E	82 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resid 92:100)	E	92 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain E and resid 101:130)	E	101 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain E and resid 131:158)	E	131 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain H and resid 83:86)	H	83 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain H and resid 87:117)	H	87 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain H and resid 118:131)	H	118 - 131
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain H and resid 132:158)	H	132 - 158
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain I and resid 81:88)	I	81 - 88
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain I and resid 89:100)	I	89 - 100
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain I and resid 101:133)	I	101 - 133
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain I and resid 134:158)	I	134 - 158
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain J and resid 81:96)	J	81 - 96
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain J and resid 97:100)	J	97 - 100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain J and resid 101:141)	J	101 - 141
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain J and resid 142:158)	J	142 - 158
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain M and resid 83:99)	M	83 - 99
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain M and resid 100:124)	M	100 - 124
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain M and resid 125:130)	M	125 - 130
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain M and resid 131:158)	M	131 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain N and resid 81:88)	N	81 - 88
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain N and resid 89:120)	N	89 - 120
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain N and resid 121:138)	N	121 - 138
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain N and resid 139:158)	N	139 - 158

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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