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- PDB-5tzd: Structure of the WT S. venezulae BldD-(CTD-c-di-GMP)2 assembly in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzd
タイトルStructure of the WT S. venezulae BldD-(CTD-c-di-GMP)2 assembly intermediate
要素DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BldD / assembly intermediate / antibiotics / c-di-GMP / Streptomyces
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The Streptomyces master regulator BldD binds c-di-GMP sequentially to create a functional BldD2-(c-di-GMP)4 complex.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W. / Findlay, K.C. / Buttner, M.J. / Brennan, R.G. / Tschowri, N.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
J: DNA-binding protein
B: DNA-binding protein
C: DNA-binding protein
A: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4638
ポリマ－40,7024
非ポリマー2,7624
水5,621312
1
J: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5563
ポリマ－10,1751
非ポリマー1,3812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1751
ポリマ－10,1751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5563
ポリマ－10,1751
非ポリマー1,3812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1751
ポリマ－10,1751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.300, 108.300, 49.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
DNA-binding protein


分子量: 10175.426 Da / 分子数: 4 / 変異: L92M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500, 100 mM sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.038
反射解像度: 1.749→93.827 Å / Num. obs: 31775 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.749→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3808 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 79.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5khd

5khd


解像度: 1.749→43.888 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 2033 6.4 %
Rwork0.2074 --
obs0.2151 31775 94.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / Bsol: 46.744 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.26 Å2 / Biso mean: 31.26 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0131 Å20 Å20 Å2
2--0.0131 Å2-0 Å2
3----0.0262 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.749→43.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 276 312 2923
Biso mean--22.2 35.13 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0242601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.393573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.448416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d38.8161163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7503-1.7910.31211050.29011480158567
1.791-1.83580.31261170.27291741185877
1.8358-1.88540.30151350.26411982211789
1.8854-1.94090.53281130.42551766187980
1.9409-2.00360.27261390.24922106224594
2.0036-2.07520.30341370.23172093223094
2.0752-2.15830.20621420.22812106224894
2.1583-2.25650.33831170.3021815193281
2.2565-2.37540.23681380.21422026216491
2.3754-2.52430.26551420.20942109225194
2.5243-2.71910.2281420.21082094223694
2.7191-2.99270.27261450.20322099224494
2.9927-3.42560.19961410.17822130227194
3.4256-4.31530.1741420.15182095223793
4.3153-43.90150.24941390.19052113225290
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0125-0.0201-0.0071-0.00610.0122-0.03140.1669-0.0313-0.04060.1344-0.09910.1748-0.22860.0334-00.3590.10060.05820.167-0.01330.2753-36.19741.33663.601
20.011-0.0380.02110.07260.01060.0396-0.06360.07510.3410.09640.07510.0480.316-0.01860.01410.10880.04230.08050.0963-0.03130.2591-37.327234.956710.0541
30.00470.04480.03780.02970.00560.0043-0.2180.1220.0806-0.14410.1831-0.17770.2446-0.100.223-0.03850.07670.1484-0.00310.1546-36.85729.3486-1.3754
4-0.0014-0.0032-0.00140.0009-0.00090.00110.125-0.040.0278-0.04880.1352-0.10530.04740.035500.3960.02190.09330.26580.10840.3423-34.924938.9359-5.4151
5-0.0095-0.0012-0.0024-0.0051-0.00170.0415-0.3051-0.1347-0.04220.01820.11470.13920.1569-0.165800.1373-0.05190.020.3420.00830.2656-54.473611.23596.9264
60.04830.0443-0.00470.00970.02030.06790.07750.1071-0.1218-0.0552-0.03620.2522-0.0403-0.0040.00870.08770.0372-0.02630.1761-0.02690.2259-50.043815.15980.2771
70.013-0.0224-0.00740.0131-0.04630.09610.22-0.2849-0.0449-0.1169-0.13180.1828-0.11050.20480.00240.0816-0.00580.06610.1472-0.03360.2123-43.052520.15128.8085
80.00510.0018-0.00510.0016-0.00410.01450.0962-0.1718-0.020.22090.03120.2913-0.3018-0.220100.1995-0.00330.08890.47590.04210.2475-50.620615.704116.2738
90.02160.0111-0.01620.03580.06390.02970.2528-0.2915-0.16080.1034-0.12280.1176-0.38980.35910.00820.1794-0.0988-0.02990.2744-0.02330.1188-9.485818.177418.6681
100.09470.0264-0.09030.0272-0.06350.03160.13860.02050.05740.0391-0.0759-0.0672-0.0576-0.0590.01360.0708-0.00660.0370.08020.02180.1111-13.421220.610710.507
11-0.0074-0.0068-0.02540.01450.01630.01390.0560.05550.06050.1853-0.02580.0120.1245-0.1437-00.0845-0.009-0.00740.0636-0.0090.0785-20.827910.199211.8123
120.0179-0.0086-0.00340.01330.01110.0610.29330.0206-0.06090.4649-0.15560.08530.05450.10710.03140.2041-0.03630.02640.1124-0.00390.071-17.64313.25123.0668
130.0305-0.0329-0.00680.03540.0010.06770.0110.02540.2670.10130.0374-0.09070.4217-0.02060.00930.10660.04140.03220.1164-0.01950.0873-18.96131.528-5.8281
140.0193-0.01690.05540.0476-0.08010.0985-0.0306-0.0621-0.1212-0.02490.0857-0.0249-0.0449-0.03850.01980.0664-0.00070.00580.06480.0120.0898-26.29351.28913.2938
150.0527-0.0121-0.0543-0.01420.02080.0863-0.1004-0.092-0.0248-0.09750.0205-0.0281-0.0137-0.0735-0.03080.08120.0238-0.0130.0766-0.00250.1193-28.01439.7978-2.5611
160.0590.03970.02730.0607-0.09420.0614-0.13210.0403-0.0135-0.04680.051-0.0147-0.0384-0.0074-0.01830.0566-0.0192-0.00380.0697-0.00020.0627-18.716111.5281-7.8875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 84:96)A84 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 97:120)A97 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 121:146)A121 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 147:158)A147 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 83:96)B83 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 97:122)B97 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 123:137)B123 - 137
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 138:158)B138 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 83:97)C83 - 97
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 98:126)C98 - 126
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 127:138)C127 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 139:158)C139 - 158
13X-RAY DIFFRACTION13(chain J and resid 84:99)J84 - 99
14X-RAY DIFFRACTION14(chain J and resid 100:119)J100 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15(chain J and resid 120:130)J120 - 130
16X-RAY DIFFRACTION16(chain J and resid 131:158)J131 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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