PDB-5tz7: Crystal Structure of CurK Dehydratase D1169N Inactive Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tz7

タイトル

Crystal Structure of CurK Dehydratase D1169N Inactive Mutant

要素

CurK

キーワード

LYASE / dehydratase / curacin / polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorea producens 3L (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.648 Å

データ登録者

Dodge, G.J. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Vinylogous Dehydration by a Polyketide Dehydratase Domain in Curacin Biosynthesis.
著者: Fiers, W.D. / Dodge, G.J. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. / Aldrich, C.C.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tz7.cif.gz	239.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tz7.ent.gz	192.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tz7_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tz7_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	5tz7_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	5tz7_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tz5C 5tz6C 3kg9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tz5-d 6d7a-d 3kg6-2 7axf-2 6kp6-d 1iaj-d 3kg9-d 3ows-d 3kg6-1 6x3o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (11) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (11)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CurK

B: CurK

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.224, 94.512, 151.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CurK / Polyketide synthase module 分子量: 32713.848 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 958-1250 / 変異: D1169N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア) 遺伝子: LYNGBM3L_74450 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRARE AI / 参照: UniProt: F4Y425
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.3 M Tri-Sodium Citrate, 30mm D(+) sucrose, 100mm tris ph 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.648→40.11 Å / Num. obs: 67404 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.41
反射シェル	解像度: 1.648→1.707 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / CC_1/2: 0.701 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 3kg9

3kg9

解像度: 1.648→40.109 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	3810	2.98 %
R_work	0.1765	124187	-
obs	0.1772	127997	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.24 Å² / B_iso mean: 37.7674 Å² / B_iso min: 16.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.648→40.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4311	0	18	247	4576
B_iso mean	-	-	102.37	42.92	-
残基数	-	-	-	-	556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	6116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.392	2696

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6477-1.6686	0.311	137	0.284	4395	4532	96
1.6686-1.6905	0.2945	142	0.2618	4550	4692	100
1.6905-1.7137	0.2767	138	0.2523	4593	4731	100
1.7137-1.7382	0.2472	143	0.2519	4702	4845	100
1.7382-1.7641	0.2902	141	0.2367	4532	4673	100
1.7641-1.7917	0.2724	143	0.226	4617	4760	100
1.7917-1.8211	0.2635	143	0.2358	4653	4796	100
1.8211-1.8525	0.2455	139	0.2124	4585	4724	100
1.8525-1.8861	0.2423	136	0.2074	4612	4748	100
1.8861-1.9224	0.2767	145	0.202	4621	4766	100
1.9224-1.9617	0.2724	135	0.1947	4588	4723	100
1.9617-2.0043	0.2048	147	0.1788	4642	4789	100
2.0043-2.0509	0.1838	138	0.167	4567	4705	100
2.0509-2.1022	0.2123	142	0.1816	4608	4750	100
2.1022-2.1591	0.213	138	0.1695	4611	4749	100
2.1591-2.2226	0.1958	144	0.1708	4605	4749	100
2.2226-2.2943	0.18	141	0.1698	4613	4754	100
2.2943-2.3763	0.1868	142	0.1738	4652	4794	100
2.3763-2.4714	0.2371	140	0.1816	4576	4716	100
2.4714-2.5839	0.2548	140	0.1886	4600	4740	100
2.5839-2.7201	0.2322	143	0.1865	4639	4782	100
2.7201-2.8905	0.2062	144	0.1873	4593	4737	100
2.8905-3.1136	0.1788	137	0.1823	4591	4728	100
3.1136-3.4268	0.2078	141	0.1704	4603	4744	100
3.4268-3.9223	0.206	141	0.1607	4646	4787	100
3.9223-4.9402	0.1663	143	0.1348	4598	4741	100
4.9402-40.1208	0.1589	147	0.1791	4595	4742	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8443	-0.6305	0.6778	2.8306	-1.1475	3.9019	0.0088	-0.1129	-0.1409	0.027	-0.0513	0.0371	0.3371	-0.0348	-0.004	0.1552	-0.0058	0.0381	0.104	0.0027	0.1507	13.2327	19.5965	-22.569
2	5.2633	2.8617	1.9491	4.8095	1.8515	2.5773	0.1644	-0.1591	-0.2221	0.1886	-0.1352	0.0098	0.2102	-0.1358	-0.0733	0.1656	-0.0063	0.0156	0.1841	0.0435	0.1535	19.275	22.6203	-26.4243
3	6.3196	3.4773	0.7452	6.0406	1.0476	1.9623	-0.1238	-0.1744	-0.3223	0.1014	0.0759	-0.3649	0.1302	0.217	-0.025	0.2289	0.0335	-0.0109	0.1936	0.0205	0.2127	22.7171	17.3003	-21.5202
4	4.9145	2.8006	0.1543	6.1515	1.6459	2.9144	-0.2098	0.2808	-0.5854	0.1548	0.2824	-0.3094	0.3371	0.0396	0.0241	0.2048	0.0675	-0.0159	0.1694	0.0221	0.1927	21.7416	16.5568	-25.3434
5	2.1472	-1.9396	1.1079	3.2628	-2.5708	2.248	-0.3096	0.2878	0.8269	-0.2325	-0.2035	-0.3195	-0.6266	0.3897	0.483	0.3997	-0.0816	0.0242	0.3988	0.118	0.4205	17.423	46.1221	-40.3194
6	3.4802	0.4796	1.8664	8.825	1.7275	7.7981	0.0022	0.6836	-0.007	-0.8447	0.0334	0.2482	0.1437	-0.1154	-0.0383	0.2432	-0.0192	-0.061	0.3109	0.0029	0.2255	1.9702	28.0095	-42.2956
7	3.644	0.721	-0.1335	4.6197	-2.1169	6.2212	0.0844	0.3683	0.3921	-0.295	0.1145	0.0086	-0.0069	-0.0162	-0.1454	0.2808	0.0113	-0.0008	0.2702	0.0642	0.2805	9.3641	40.8589	-42.9365
8	1.7046	0.3132	-0.2717	2.6681	-0.9824	5.0626	-0.0515	0.0873	0.0663	-0.0716	0.0361	0.1061	0.0064	-0.079	-0.0658	0.1502	-0.0076	-0.0164	0.183	0.0173	0.2247	8.3169	32.5735	-31.5333
9	2.6122	0.9984	0.4502	3.7131	2.3699	3.5579	-0.2221	0.86	0.0691	-0.8797	-0.0956	0.4692	-0.1927	-0.3012	0.3866	0.3979	-0.0301	-0.0777	0.4857	0.0241	0.288	16.6702	26.9836	-42.2711
10	3.1597	-0.9275	0.2948	5.576	1.1294	4.3804	0.1753	0.3673	0.1458	-0.3427	-0.1067	-0.4114	-0.1253	0.1561	-0.125	0.1591	0.0036	0.0103	0.2236	0.0613	0.2425	18.0554	36.7757	-36.418
11	1.7236	-0.5888	0.5865	2.438	-0.9717	2.8769	0.0661	0.2295	0.112	-0.5077	-0.1645	-0.1162	-0.0015	-0.0369	0.066	0.2467	0.0326	0.0541	0.176	0.0326	0.1765	18.5926	0.7991	0.0162
12	3.1689	-1.9134	-1.3587	6.5323	2.8277	4.3485	0.1082	0.0724	0.0054	-0.4871	-0.1222	-0.2278	0.0845	0.0348	-0.0564	0.2725	0.006	0.0731	0.2066	0.1129	0.1597	23.7205	-2.2174	1.3724
13	2.8265	0.139	0.0172	2.2526	0.4786	5.0492	-0.014	0.269	-0.0435	-0.6605	-0.1326	-0.4353	0.1658	0.5356	-0.0083	0.4044	0.0448	0.1296	0.2925	0.0856	0.264	26.3935	1.3027	-5.3243
14	2.4639	0.0122	0.0195	6.9088	1.276	3.9536	-0.0308	-0.0547	-0.2608	0.2723	-0.0401	-0.4202	0.5869	0.1403	0.0898	0.2787	0.0261	0.0374	0.3009	0.073	0.2562	24.3015	-20.0434	20.0161
15	1.6166	-0.9326	-0.3411	3.4791	-0.6267	3.8064	0.0153	-0.1207	-0.0381	-0.0998	-0.032	-0.0933	0.2049	0.0819	0.0134	0.2041	-0.0228	0.0422	0.1824	0.0109	0.2093	21.7646	-13.8215	13.631
16	2.9056	0.3108	0.2271	4.4665	1.2637	4.4523	0.0848	-0.0918	-0.0407	-0.1312	0.0419	-0.546	0.1858	0.3237	-0.1589	0.23	0.0436	0.0487	0.2699	0.0444	0.2506	30.0812	-14.0009	10.7098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 962 through 1019 )	A	962 - 1019
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1020 through 1044 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1045 through 1068 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1069 through 1089 )	A	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1090 through 1112 )	A	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1113 through 1133 )	A	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1134 through 1149 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1150 through 1179 )	A	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1180 through 1199 )	A	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1200 through 1245 )	A	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 962 through 1020 )	B	962 - 1020
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1021 through 1045 )	B	0
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1046 through 1089 )	B	0
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1095 through 1123 )	B	0
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1124 through 1213 )	B	0
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1214 through 1250 )	B	0

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)