PDB-5txs: Crystal structure of an anaplastic lymphoma kinase-derived neurob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5txs

タイトル

Crystal structure of an anaplastic lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen bound to the Human Major Histocompatibility Complex Class I molecule HLA-B*1501

要素

Beta-2-microglobulin
HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain
anapestic lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen / Human Major Histocompatibility Complex Class I / MHC-I / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.697 Å

データ登録者

Toor, J. / Rao, A.A. / Salama, S. / Tripathi, S. / Haussler, D. / Sgourakis, N.G.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: A Recurrent Mutation in Anaplastic Lymphoma Kinase with Distinct Neoepitope Conformations.
著者: Toor, J.S. / Rao, A.A. / McShan, A.C. / Yarmarkovich, M. / Nerli, S. / Yamaguchi, K. / Madejska, A.A. / Nguyen, S. / Tripathi, S. / Maris, J.M. / Salama, S.R. / Haussler, D. / Sgourakis, N.G.

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5txs.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5txs.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5txs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5txs_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5txs_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	5txs_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	5txs_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vz5C 6at9C 1xr8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b6s-d 4nqv-4 3v5d-1 6d29-d 6v2p-d 7cjq-1 6y28-d 1s9y-d 3ox8-1 3v5k-1 1vad-d 3fqu-d 6lah-1 1duz-2 3bze-1 4l29-8 3kpl-d 2v2w-1 3rwh-1 6nf7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (4) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: anapestic lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen

47.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.442, 82.186, 109.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HLA class I histocompatibility antigen, B-15 alpha chain / MHC class I antigen B15 分子量: 34508.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens* (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30464, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	anapestic lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen 分子量: 1087.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (6.5) 20% PEG 6000 / PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 51234 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.22
反射シェル	解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / CC_1/2: 0.812 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XR8

1xr8

解像度: 1.697→45.84 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	2000	3.9 %
R_work	0.1554	-	-
obs	0.157	51234	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.697→45.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3167	0	0	544	3711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.34	4594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.868	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6975-1.7399	0.2685	140	0.2127	3448	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7399-1.787	0.2705	141	0.2053	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.787-1.8395	0.2528	139	0.1874	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8395-1.8989	0.2268	142	0.1774	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8989-1.9668	0.2058	142	0.1737	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9668-2.0455	0.2047	141	0.1548	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0455-2.1386	0.2086	141	0.1543	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1386-2.2514	0.1826	142	0.155	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.3924	0.1943	144	0.1518	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3924-2.5771	0.2094	142	0.1557	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5771-2.8364	0.215	145	0.1641	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-3.2468	0.2098	143	0.1573	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2468-4.0902	0.1643	145	0.1429	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0902-45.8566	0.1695	153	0.1366	3762	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1506	0.0531	-0.1391	0.0065	0.1354	0.1388	0.0215	-0.0655	-0.1046	-0.0345	-0.0049	-0.0684	0.0375	0.0349	0.0042	0.1305	-0.0009	-0.0198	0.12	0.032	0.1796	10.1559	5.6388	140.2375
2	0.2761	0.0626	-0.0216	0.1225	0.0744	0.2554	0.0144	0.0226	-0.1161	0.1673	-0.183	0.306	0.0126	0.0136	-0.6731	0.0982	-0.0309	0.0082	0.066	0.094	-0.0719	-0.51	6.7669	145.5805
3	0.1963	-0.2249	0.0085	0.1752	0.005	0.0757	0.0054	-0.0378	0.0325	-0.0521	-0.0037	-0.0414	-0.0371	-0.0092	0	0.1253	-0.0065	-0.0026	0.1001	-0.0067	0.1286	-0.1976	17.8754	135.1362
4	0.0063	0.0119	-0.0005	0.0486	-0.0077	0.0063	-0.0665	-0.1753	0.1583	-0.0111	-0.0047	0.0556	-0.0728	-0.0916	-0	0.1535	0.0167	0.0055	0.1726	-0.0314	0.1748	-4.9014	22.2695	143.5383
5	0.139	-0.0221	0.1013	0.1263	-0.0551	0.0581	-0.0531	-0.0489	-0.0468	-0.014	-0.0116	0.0038	-0.028	0.1442	0	0.1403	-0.0126	-0.0028	0.17	-0.0288	0.1399	24.3066	15.1095	129.3187
6	0.1272	-0.1807	-0.139	0.0872	-0.062	0.2799	0.0418	0.0164	-0.0172	0.0029	-0.0158	-0.0003	-0.1854	0.0095	0.0209	0.1779	-0.0057	0.0167	0.1479	-0.0001	0.0986	25.0526	16.5473	111.9839
7	0.0051	0.0208	-0.0023	0.0549	-0.0104	0.0379	-0.0264	0.0176	-0.0357	-0.146	0.0264	-0.0885	0.0706	-0.1046	-0	0.1593	-0.0117	0.0271	0.19	-0.0275	0.1529	7.646	3.8526	118.9902
8	0.0221	-0.0221	0.0056	0.0144	0.001	0.0278	0.0059	-0.0854	-0.014	-0.029	0.0867	-0.0884	-0.0369	0.0597	0.0194	0.1216	0.0408	0.089	0.2797	-0.1854	0.531	32.1934	-2.4938	119.6747
9	0.0048	0.005	0.0163	0.0167	-0.02	0.0846	0.0577	-0.0275	-0.124	-0.0538	0.1082	-0.2427	-0.035	0.0987	0.016	0.1347	0.0169	0.0186	0.1668	-0.0246	0.2588	17.8298	-0.1639	122.5661
10	0.0168	0.007	0.0415	0.0171	-0.0232	0.1241	-0.0606	0.0084	-0.1934	-0.026	0.0696	-0.2086	-0.0206	-0.099	-0.0166	0.1489	-0.0188	0.0559	0.1647	-0.014	0.2526	8.5086	-5.1039	122.7491
11	-0.0006	0.0022	-0.0039	0.0069	0.0034	-0.0027	-0.0772	-0.107	-0.2481	-0.0193	-0.0077	-0.2139	0.1204	-0.0464	-0	0.2757	0.0141	0.0247	0.2142	0.0788	0.503	17.2969	-12.1972	124.1966
12	0.088	0.0684	0.1056	0.028	0.0565	0.1411	0.0851	-0.2757	-0.0833	0.0323	-0.052	-0.1785	-0.1144	0.0462	-0.0226	0.1243	-0.0051	0.0114	0.1637	0.0496	0.1672	13.1039	2.6148	127.3521
13	0.0032	-0.0172	0.0227	0.0287	-0.0278	0.2385	-0.0753	0.1293	-0.2973	-0.3143	0.1125	-0.1969	0.1462	-0.1462	0.061	0.2152	-0.0139	0.0868	0.1888	-0.1109	0.3444	13.7243	-7.5138	114.9205
14	0.0481	-0.0473	-0.0225	0.072	-0.0145	0.073	0.055	0.0666	-0.035	-0.0757	0.0494	-0.0353	-0.0773	0.0131	0.088	0.2444	-0.0497	0.1069	0.2821	-0.126	0.2798	19.8933	-2.0519	111.6824
15	0.0017	-0.0069	0.005	-0.0123	0.0069	0.003	0.0157	-0.0841	0.0164	0.1092	-0.0644	0.0475	0.0678	-0.0191	0	0.1217	-0.0189	0.0173	0.1638	-0.0148	0.1322	-1.0158	13.7401	146.4263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 163 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 11 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 90 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 91 through 99 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)