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- PDB-5txf: Crystal structure of Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txf
タイトルCrystal structure of Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) in a closed conformation
要素Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine biosynthetic process ...phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / HDL remodeling / phospholipid metabolic process / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / lipid metabolic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Manthei, K.A. / Glukhova, A. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A retractable lid in lecithin:cholesterol acyltransferase provides a structural mechanism for activation by apolipoprotein A-I.
著者: Manthei, K.A. / Ahn, J. / Glukhova, A. / Yuan, W. / Larkin, C. / Manett, T.D. / Chang, L. / Shayman, J.A. / Axley, M.J. / Schwendeman, A. / Tesmer, J.J.G.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
C: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
D: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,46712
ポリマ－191,8304
非ポリマー3,6378
水25214
1
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7653
ポリマ－47,9571
非ポリマー8082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9683
ポリマ－47,9571
非ポリマー1,0112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9683
ポリマ－47,9571
非ポリマー1,0112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7653
ポリマ－47,9571
非ポリマー8082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.887, 123.532, 114.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 399 / Label seq-ID: 20 - 399

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase / Lecithin-cholesterol acyltransferase / Phospholipid-cholesterol acyltransferase


分子量: 47957.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04180, phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97919
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.984
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2014年4月17日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2014年6月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979191
20.9841
反射解像度: 3.1→48.3 Å / Num. obs: 48188 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.577 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology Model based on LPLA2 (4x90) generated by MODELLER

4x90


解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 80.043 / SU ML: 0.558 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.44 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26651 2365 4.9 %RANDOM
Rwork0.24955 ---
obs0.2504 45564 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.93 Å20 Å26.77 Å2
2---5.37 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12156 0 240 14 12410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.97217488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.042327158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92151504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52623.243592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.873151936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.031580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2956.746040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2936.746039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.02210.17536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.02310.1017537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9867.0616762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9857.0616762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.54910.4949953
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.50454.2814421
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50454.28114421
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A47298
12B47298
21A47368
22C47368
31A47416
32D47416
41B47222
42C47222
51B47142
52D47142
61C47348
62D47348
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 170 -
Rwork0.371 3251 -
obs--97.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2195-0.1631-0.43611.44930.10811.08110.1442-0.1811-0.0141-0.1444-0.2502-0.3143-0.12890.02550.1060.0778-0.05560.0350.24160.04460.09884.91635.23331.197
21.7215-0.0471-0.99271.3825-0.1430.93790.09810.2195-0.11690.2782-0.07540.1634-0.136-0.0579-0.02270.09370.07510.04490.3227-0.00150.044642.17830.94941.461
31.1275-0.2765-0.3681.14760.01991.4463-0.0360.04610.00920.3412-0.15440.08720.1180.11540.19040.1254-0.02540.02890.226-0.00020.069871.914-9.95144.234
40.75090.3653-0.83841.3113-0.35012.5918-0.07490.0501-0.0755-0.3746-0.0281-0.3470.0024-0.27140.1030.12780.0170.10280.2422-0.03440.101480.301-5.4730.964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B21 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1B501 - 505
3X-RAY DIFFRACTION2A21 - 399
4X-RAY DIFFRACTION2A501 - 504
5X-RAY DIFFRACTION3C21 - 399
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 505
7X-RAY DIFFRACTION4D21 - 399
8X-RAY DIFFRACTION4D501 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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