PDB-5tx7: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tx7

タイトル

Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris

要素

D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NYSGRC / 2-hydroxyacid dehydrogenase / Desulfovibrio vulgaris / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Shabalin, I.G. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Kutner, J. / Cymborowski, M.T. / Hennig, P.M. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris
著者: Czub, M.P. / Shabalin, I.G. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Kutner, J. / Cymborowski, M.T. / Hennig, P.M. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W.

履歴

登録	2016年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tx7.cif.gz	262 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tx7.ent.gz	212.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5tx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5tx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cukS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h1s-1 2gcg-2 1j4a-1 6jx1-d 6t8j-1 1j49-d 3wwz-d 4xa8-1 1gdh-d 2cuk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-013209

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.109, 117.107, 135.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH
2	1	A-669- HOH
3	1	B-537- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 321 / Label seq-ID: 2 - 322

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein 分子量: 35165.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 遺伝子: AAS95890.1 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL 参照: UniProt: Q72C72, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 50 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG II condition #21 (1M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 1%w/v PEG 3350 pH=5.5) ...詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 50 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG II condition #21 (1M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 1%w/v PEG 3350 pH=5.5) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/15 v/v of 1 mg/ml rTEV solution at 289 K for 3 hours

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 50 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG II condition #21 (1M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 1%w/v PEG 3350 pH=5.5) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97912 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50.01 Å / Num. obs: 25228 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 57.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 19.175 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	% possible all
2.5-2.54	5.2	0.77	2.53	1269	0.666	100
2.54-2.59	5.4	0.648			0.748	100
2.59-2.64	5.3	0.569			0.789	100
2.64-2.69	5.3	0.498			0.858	100
2.69-2.75	5.3	0.414			0.876	100
2.75-2.82	5.3	0.37			0.903	100
2.82-2.89	5.3	0.341			0.918	100
2.89-2.96	5.3	0.281			0.934	100
2.96-3.05	5.3	0.217			0.962	100
3.05-3.15	5.3	0.185			0.966	100
3.15-3.26	5.3	0.152			0.979	100
3.26-3.39	5.3	0.126			0.986	100
3.39-3.55	5.2	0.102			0.989	100
3.55-3.73	5.3	0.084			0.992	99.9
3.73-3.97	5.2	0.073			0.994	100
3.97-4.27	5.2	0.064			0.995	100
4.27-4.7	5.2	0.056			0.996	99.9
4.7-5.38	5.1	0.056			0.995	99.8
5.38-6.78	5.1	0.052			0.996	99.8
6.78-50	4.9	0.058			0.994	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定
REFMAC	5.8.0151	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CUK

2cuk

解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 18.721 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.5182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.27
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2298	1240	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1768	23947	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.71 Å² / B_iso mean: 68.79 Å² / B_iso min: 28.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.51→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4743	0	24	291	5058
B_iso mean	-	-	79.79	58.8	-
残基数	-	-	-	-	645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.962	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.944	3	10575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.109	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.794	23.152	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.738	15	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.675	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.747	3.658	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.747	3.658	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.766	5.486	3219

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18828 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.508→2.573 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	88	-
R_work	0.247	1724	-
all	-	1812	-
obs	-	-	97.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.261	-0.5857	-1.747	2.4508	0.6309	3.7565	-0.0602	0.472	-0.149	-0.3058	-0.1603	0.1836	0.0301	-0.1078	0.2205	0.133	-0.0277	-0.0328	0.1491	-0.0677	0.169	4.496	30.924	47.65
2	2.7146	0.0377	0.9113	1.4428	1.0224	2.9937	0.0067	-0.6057	-0.1867	0.4006	-0.1419	-0.0561	0.3397	-0.4222	0.1352	0.2453	-0.0557	0.0051	0.1583	0.0421	0.138	19.063	37.938	82.565
3	6.1289	-2.5837	-0.3583	5.922	1.3765	2.0463	-0.0226	0.5599	0.5988	-0.487	-0.1641	-0.5367	-0.4719	0.2534	0.1868	0.2009	-0.0782	-0.0072	0.1189	0.1018	0.2101	32.107	44.754	67.725
4	6.5976	-1.3413	2.2831	2.5669	-1.3056	5.397	0.2394	0.4544	-0.398	-0.2736	-0.1242	-0.0867	0.5896	0.2887	-0.1152	0.1461	0.0295	0.0224	0.0352	-0.0243	0.2037	31.505	28.149	68.958
5	2.9161	0.3229	1.4566	0.8303	0.5931	2.3193	0.0401	0.1818	-0.2093	-0.1796	-0.0307	-0.0171	0.1076	0.0795	-0.0094	0.1843	-0.0217	0.0277	0.029	-0.0348	0.1871	14.843	33.176	60.399
6	3.5377	0.3176	-0.4975	5.3576	0.1025	2.1789	-0.1892	-0.4106	0.4691	0.7472	0.0909	0.3442	-0.3499	-0.1877	0.0983	0.5049	0.1684	-0.0825	0.3753	-0.034	0.1979	25.169	48.889	111.272
7	3.7775	1.6967	2.7708	3.5372	0.8743	3.1375	-0.1591	-0.5325	0.2495	0.1756	-0.2432	0.358	-0.215	-0.5932	0.4023	0.1398	0.0388	0.0327	0.1314	-0.0576	0.1478	12.886	41.886	77.243
8	10.8451	3.7704	-1.1499	5.5138	-3.1793	10.0573	-1.014	-0.6349	1.9475	0.2689	-0.0577	0.934	-1.779	-0.6593	1.0716	0.8325	0.2893	-0.3518	0.1411	-0.2758	0.8385	9.648	62.795	79.89
9	7.8358	-0.6407	-2.5007	3.7538	-0.3603	1.2498	-0.0008	-0.9245	0.7559	0.7264	-0.0071	0.9036	-0.1668	-0.2191	0.0079	0.3997	0.0938	0.1006	1.0157	-0.6296	0.7774	1.776	49.956	87.562
10	1.6535	0.6275	0.7526	3.8417	2.0897	5.2299	-0.2234	-0.1571	0.5413	0.8232	-0.0921	0.3418	-0.0125	-0.644	0.3155	0.5492	0.0436	0.0025	0.409	-0.004	0.2263	19.734	49.05	98.95

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	97 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	160 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	209 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	253 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	94 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	175 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	203 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	265 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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