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万見
- PDB-5twd: CTX-M-14 P167S apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5twd
タイトルCTX-M-14 P167S apoenzyme
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / CTX-M beta-lactamase apoenzyme / HYDROLASE/ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Patel, M. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI32956 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Drug-Resistant Variant P167S Expands the Substrate Profile of CTX-M beta-Lactamases for Oxyimino-Cephalosporin Antibiotics by Enlarging the Active Site upon Acylation.
著者: Patel, M.P. / Hu, L. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2016年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9911
ポリマ－27,9911
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.600, 41.600, 231.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27990.510 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-291 / 変異: P167S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AN206_26770, APT94_14605, BJJ90_27545, BK334_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AN206_26770, APT94_14605, BJJ90_27545, BK334_27290, ETN48_p0088, pCT_085, pHK01_011
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.601 Å / Num. obs: 66171 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 692102 / Scaling rejects: 526
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 16.5 / Num. measured all: 16338 / Num. unique all: 3086 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 0.724 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.7→30.601 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 2450 4.96 %RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2094 49409 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1939 0 0 266 2205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7862708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8741650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73270.34471720.29462648X-RAY DIFFRACTION100
1.7327-1.76810.33951320.28522535X-RAY DIFFRACTION100
1.7681-1.80650.30951450.27272715X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.84860.30711140.26322519X-RAY DIFFRACTION100
1.8486-1.89480.2891640.26512678X-RAY DIFFRACTION100
1.8948-1.9460.3278960.25112602X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.00330.29881140.24922635X-RAY DIFFRACTION100
2.0033-2.06790.25751920.2262556X-RAY DIFFRACTION100
2.0679-2.14180.24711320.22882570X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.22750.27231380.22222600X-RAY DIFFRACTION100
2.2275-2.32890.27261200.21512652X-RAY DIFFRACTION100
2.3289-2.45160.25131120.21852650X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.60510.26171330.21142601X-RAY DIFFRACTION100
2.6051-2.80610.22561440.20272561X-RAY DIFFRACTION100
2.8061-3.08830.22651660.20262539X-RAY DIFFRACTION100
3.0883-3.53460.18731200.17642655X-RAY DIFFRACTION100
3.5346-4.45110.17791200.15352636X-RAY DIFFRACTION100
4.4511-30.60570.15291360.16462607X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7858-0.2224-0.77110.7069-0.10152.73380.00220.0343-0.1815-0.1762-0.03750.05640.9438-0.58320.06930.1957-0.0855-0.06310.2189-0.00470.1206-1.3162-12.9465-22.6005
20.0478-0.0360.00240.04620.04330.05740.0704-0.10090.148-0.0037-0.1469-0.0187-0.2845-0.3054-0.21020.39060.4242-0.01010.50040.26580.0049-9.247211.0711-11.077
30.2025-0.0624-0.22640.36430.31031.4880.14750.2805-0.01880.19350.0330.02850.2966-1.01630.2983-0.0887-0.0837-0.02990.43440.01430.1313-5.146-5.6447-18.1451
44.39710.25911.20051.6851-0.09622.76440.00680.18560.2392-0.13180.171-0.1080.1010.064-0.19490.1103-0.01970.02280.2262-0.03680.11274.4983-6.2257-31.9483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 265 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 266 through 288 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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