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- PDB-5tvw: Crystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in abse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvw
タイトルCrystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in absence of Mg, hemi-hydrolyzed
要素TNF receptor-associated protein 1
キーワードCHAPERONE / Hsp90 / ATP / TRAP1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nucleic acid metabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity ...: / nucleic acid metabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / TNF receptor-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Elnatan, D. / Betegon, M. / Agard, D.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Symmetry broken and rebroken during the ATP hydrolysis cycle of the mitochondrial Hsp90 TRAP1.
著者: Elnatan, D. / Betegon, M. / Liu, Y. / Ramelot, T. / Kennedy, M.A. / Agard, D.A.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated protein 1
B: TNF receptor-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4418
ポリマ－149,2712
非ポリマー1,1706
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area53360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.490, 97.181, 125.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-990-

HOH

21B-994-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 74635.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-719 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trap1 / Variant: delta1-72 / プラスミド: pET151DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1, UniProt: F1Q9X9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M NaK Tartrate, 20% (v/v) PEG3350, 36 mM hexamine cobalt, 5 mM ATP, 5 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 91.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→42.67 Å / Num. obs: 98531 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 8330 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IPE

4ipe


解像度: 2.5→39.894 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 2670 5.07 %
Rwork0.1897 --
obs0.1922 52681 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9548 0 62 183 9793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59513285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4146029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54550.32411810.25262610X-RAY DIFFRACTION100
2.5455-2.59440.2765990.23682648X-RAY DIFFRACTION100
2.5944-2.64740.29141280.22942611X-RAY DIFFRACTION100
2.6474-2.70490.33751220.22522668X-RAY DIFFRACTION99
2.7049-2.76780.28441020.2272638X-RAY DIFFRACTION99
2.7678-2.8370.29661690.21892630X-RAY DIFFRACTION99
2.837-2.91370.26781130.22332663X-RAY DIFFRACTION100
2.9137-2.99940.28741260.22532641X-RAY DIFFRACTION99
2.9994-3.09620.28621450.22252616X-RAY DIFFRACTION99
3.0962-3.20680.2641440.21852616X-RAY DIFFRACTION99
3.2068-3.33520.27491460.22212609X-RAY DIFFRACTION99
3.3352-3.48690.28191720.21682630X-RAY DIFFRACTION99
3.4869-3.67060.24911350.19742603X-RAY DIFFRACTION99
3.6706-3.90040.21151400.18292675X-RAY DIFFRACTION99
3.9004-4.20120.20991520.16432616X-RAY DIFFRACTION99
4.2012-4.62350.20791700.15082611X-RAY DIFFRACTION99
4.6235-5.29120.17911570.1562608X-RAY DIFFRACTION99
5.2912-6.66130.26271160.18912668X-RAY DIFFRACTION99
6.6613-39.89890.19921530.15982650X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09090.07560.03153.31680.54861.90750.0557-0.3028-0.07870.08560.012-0.31250.0510.1095-0.05340.2574-0.0336-0.01480.31320.00010.310410.25815.6672236.7142
21.8446-0.59261.43021.4385-0.32184.93260.01130.2068-0.0436-0.3658-0.07580.29250.0809-0.08260.1310.4066-0.0401-0.04150.3307-0.05890.3994-5.885429.6187210.6584
30.6388-0.0398-0.09430.0706-0.34241.8103-0.3267-0.1251.0192-0.55760.00690.7005-0.5759-1.10570.11520.9650.1282-0.52240.8357-0.02431.1108-26.828439.0579190.523
41.6255-2.0042-0.81892.69860.31392.8059-0.19980.3117-0.01080.0204-0.24490.749-0.0275-1.0623-0.15510.7828-0.1483-0.38930.92140.13990.7681-31.074718.7166167.6565
53.85930.4452-0.18281.1346-0.071.99950.1283-0.73970.21870.352-0.25210.3835-0.07180.00940.01290.3779-0.13250.18230.5868-0.13530.6689-26.047918.3131245.0119
60.9294-0.1644-0.31831.70080.54033.15650.10470.07310.2941-0.0697-0.08630.0871-0.12360.0077-0.02340.30050.01830.05350.36190.09480.5257-23.21753.0115213.3898
72.4404-0.0325-0.8831.7556-0.56295.3659-0.38030.1527-0.2542-0.50750.41650.39450.52590.0686-0.01390.4644-0.1261-0.03980.3260.09130.2353-13.7991-6.6958184.7891
80.6749-0.07920.22960.683-0.18812.8114-0.18370.40030.1755-0.39230.1270.2522-0.0344-0.0919-0.08240.7994-0.2945-0.23720.58090.21780.1487-9.71817.2977164.5933
94.67131.82641.334.89585.6697.6824-0.12610.08810.5706-0.1294-0.8723-0.691-0.0270.4050.11460.2424-0.0068-0.04380.4220.19550.3827.437220.4981240.2012
106.8276-2.9769-1.85791.554-0.5688.17310.3080.4585-0.02640.0652-0.0171-0.4642-0.2755-0.1743-0.10540.3738-0.130.18950.5878-0.09070.6223-21.406612.6574246.1074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 109:302 )A109 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 323:482 )A323 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 497:564 )A497 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 593:717 )A593 - 717
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 109:301 )B109 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 318:482 )B318 - 482
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 498:573 )B498 - 573
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 585:717 )B585 - 717
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 801:801 )A801
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 803:803 )B803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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