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- PDB-5tuz: Structure of human GLP SET-domain (EHMT1) in complex with inhibit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tuz | ||||||
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Title | Structure of human GLP SET-domain (EHMT1) in complex with inhibitor MS0124 | ||||||
![]() | Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 | ||||||
![]() | Transferase/Transferase Inhibitor / Methyl Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / Transcriptional Regulation by E2F6 ...[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of embryonic development / Transcriptional Regulation by VENTX / response to fungicide / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / transcription corepressor binding / methyltransferase activity / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Babault, N. / Xiong, Y. / Liu, J. / Jin, J. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of Potent and Selective Inhibitors for G9a-Like Protein (GLP) Lysine Methyltransferase. Authors: Xiong, Y. / Li, F. / Babault, N. / Dong, A. / Zeng, H. / Wu, H. / Chen, X. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Liu, J. / Vedadi, M. / Jin, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 188.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ttfC ![]() 5ttgC ![]() 5tuyC ![]() 3hnaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30232.373 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1006-1266 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9H9B1, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases, histone-lysine N-methyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 354 molecules ![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/7L6.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion / pH: 9 Details: 20% PEG 20,000, 2% (v/v) 1,4-Dioxane, 0.1 M Bicine (pH 9.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 4, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→74.94 Å / Num. obs: 54301 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.06 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 7802 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HNA Resolution: 1.95→59.021 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.17 Å2 / Biso mean: 25.3402 Å2 / Biso min: 7.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→59.021 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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