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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tuo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-carbonic anhydrase with 5-amino-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide inhibitor. | ||||||
要素 | Alpha-carbonic anhydrase | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE inhibitor / lyase / alpha-carbonic anhydrase / Helicobacter pylori / zinc metalloenzyme / 5-amino-1 / 3 / 4-thiadiazole-2-sulfonamide / LYASE-LYASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Modak, J.K. / Roujeinikova, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016 タイトル: Structure-Activity Relationship for Sulfonamide Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase. 著者: Modak, J.K. / Liu, Y.C. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tuo.cif.gz | 368.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tuo.ent.gz | 298.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tuo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27001.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: C694_06140 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M3KL20, carbonic anhydrase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-1SA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% (w/v) PEG 1.5K, 100 mM di-basic ammonium citrate, 1 mM ZnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→166.27 Å / Num. all: 64612 / Num. obs: 64612 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.047 / Net I/av σ(I): 13.2 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 213336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YGF 解像度: 2.5→29.912 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 52.3148 Å2 / Biso min: 18.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→29.912 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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