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- PDB-5tua: structure of a Na+-selective mutant of two-pore channel from Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tua
タイトルstructure of a Na+-selective mutant of two-pore channel from Arabidopsis thaliana AtTPC1
要素Two pore calcium channel protein 1
キーワードmetal transport / membrane protein / two-pore channel / Na+-selective
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Two pore calcium channel protein 1, plant / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Two pore calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guo, J. / Zeng, W. / Jiang, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Tuning the ion selectivity of two-pore channels.
著者: Guo, J. / Zeng, W. / Jiang, Y.
履歴
登録2016年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,81813
ポリマ－85,4781
非ポリマー1,33912
水00
1
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子

A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,63526
ポリマ－170,9572
非ポリマー2,67824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area66780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.535, 156.371, 217.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-805-

BA

21A-810-

BA

31A-811-

BA

41A-812-

NA

-
要素

#1: タンパク質 Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage- ...Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1


分子量: 85478.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.02 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24-26% PEG400, 100-150 mM BaCl2, 100 mM HEPES pH7.0 or 100 mM MES pH6.0
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 20921 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e1j

5e1j


解像度: 3.3→44.589 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 727 4.97 %
Rwork0.3103 --
obs0.3109 14620 62.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 12 0 5126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8667128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4923038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2903-3.54420.4806330.3228632X-RAY DIFFRACTION15
3.5442-3.90070.3027740.31291344X-RAY DIFFRACTION31
3.9007-4.46470.31351710.30573256X-RAY DIFFRACTION74
4.4647-5.62330.32372230.30234303X-RAY DIFFRACTION97
5.6233-44.59330.31832260.31894358X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1775-0.5183-1.23021.7466-0.69792.2892-0.0030.0960.45260.2381-0.1776-0.21770.2655-0.41340.14330.6388-0.2291-0.16821.20580.25941.19778.3939-25.500525.9798
22.0921-0.3123-0.0750.26090.40350.79370.1634-0.3526-0.9310.29590.1882-0.36410.50150.07890.5146-0.00770.28540.06330.2923-0.50820.63331.4808-19.28742.8019
33.49081.0846-0.19953.3331-1.83632.36660.4018-1.5529-0.41380.84060.03161.06210.0683-0.8437-0.10620.3158-0.2645-0.18331.0631-0.14210.6622-10.3446-13.741418.853
40.7245-0.1670.65010.43250.07421.47450.0624-0.4192-0.05120.3187-0.0654-0.12760.0647-0.22620.00640.7352-0.2551-0.49481.1914-0.27580.509521.3281-0.440937.9197
50.19560.11650.10290.30710.17280.25210.0411-0.0318-0.0950.05650.0277-0.29950.12310.1554-0.1813-0.28940.0741-0.21590.1617-0.4680.268630.9613-9.76246.4752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 295 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 296 through 398 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 399 through 547 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 548 through 686 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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