PDB-5ttx: Crystal structure of hydrogenase 2 maturation peptidase from Thau...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ttx

タイトル

Crystal structure of hydrogenase 2 maturation peptidase from Thaumarchaeota archaeon SCGC_AB-539-E09

要素

Hydrogenase 2 maturation peptidase

キーワード

HYDROLASE / single-cell genomics / sediment / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Hydrogenase maturation protease / Peptidase A31 family / Peptidase HybD-like domain superfamily / enzyme activator activity / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / Hydrogenase 2 maturation peptidase

機能・相同性情報

生物種

Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Michalska, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hydrogenase 2 maturation peptidase from Thaumarchaeota archaeon SCGC_AB-539-E09
著者: Michalska, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2016年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ttx.cif.gz	254 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ttx.ent.gz	208.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ttx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ttx_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ttx_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	5ttx_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	5ttx_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s8x-d 1yj5-1 6tj0-d 5xmh-1 1flt-2 5fjy-1 5fjy-2 2c03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113324

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrogenase 2 maturation peptidase

B: Hydrogenase 2 maturation peptidase

C: Hydrogenase 2 maturation peptidase

D: Hydrogenase 2 maturation peptidase

ヘテロ分子

69 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrogenase 2 maturation peptidase

D: Hydrogenase 2 maturation peptidase

ヘテロ分子

B: Hydrogenase 2 maturation peptidase

C: Hydrogenase 2 maturation peptidase

ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Hydrogenase 2 maturation peptidase

D: Hydrogenase 2 maturation peptidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Hydrogenase 2 maturation peptidase

C: Hydrogenase 2 maturation peptidase

ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.966, 161.494, 101.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Hydrogenase 2 maturation peptidase 分子量: 17217.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌) 遺伝子: MCGE09_00203 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PGRO7 / 参照: UniProt: M7TUZ8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium citrate, 20% PEG3350, cryo 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 42616 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / CC_1/2: 0.725 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.401→29.979 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	2136	5.02 %
R_work	0.1991	-	-
obs	0.2006	42574	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→29.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4560	0	6	158	4724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	6467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.215	2920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4012-2.457	0.2854	145	0.2659	2563	X-RAY DIFFRACTION	96
2.457-2.5184	0.2862	130	0.2512	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5865	0.3495	132	0.2508	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5865-2.6626	0.2595	130	0.2397	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6626-2.7484	0.2619	146	0.2239	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7484-2.8466	0.2597	138	0.2401	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8466-2.9605	0.298	131	0.2361	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9605-3.0951	0.2875	161	0.2228	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.2581	0.2496	148	0.2152	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2581-3.4619	0.2377	141	0.2047	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4619-3.7288	0.2373	149	0.1906	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7288-4.1032	0.2008	155	0.1665	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1032-4.6949	0.1885	157	0.1616	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6949-5.9077	0.2033	126	0.1765	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9077-29.9812	0.1866	147	0.1969	2852	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3792	-0.509	-2.3158	7.3992	0.5451	2.5473	0.0765	0.2189	-0.4357	-3.2634	0.0624	-1.5717	-0.4324	0.2312	-0.0882	1.1546	-0.0368	0.3966	0.4063	-0.0628	1.0039	-17.1712	-33.152	11.0611
2	2.2514	-0.0816	-0.9445	5.0928	1.5434	3.7234	-0.0823	0.0662	0.1381	-0.1597	-0.1111	0.4237	-0.3728	-0.2628	0.2368	0.1972	0.0298	-0.0851	0.2646	0.0013	0.2598	-16.3018	17.1137	13.8049
3	1.8598	-0.4279	1.1332	2.8808	1.2669	8.3526	0.0244	0.1454	0.2557	-0.2928	-0.1387	0.6114	-0.5984	-0.8053	0.0915	0.2811	0.0314	-0.0963	0.3649	0.0258	0.4879	-22.2614	13.6304	7.4188
4	1.2171	1.6315	-0.4627	2.0708	-0.837	2.8486	-0.3167	0.0472	-0.2883	-0.0211	0.1236	0.1564	0.394	-0.3521	0.1795	0.2716	-0.0085	0.1256	0.3943	-0.0477	0.4675	-17.8061	-4.3087	14.8394
5	3.3198	0.4022	1.6207	3.92	1.0223	2.9359	-0.1458	0.3701	0.2137	-0.1335	0.1729	-0.1029	-0.7381	0.4234	-0.0674	0.1979	-0.043	-0.051	0.303	0.0395	0.2695	-7.1791	18.7198	13.8856
6	3.7779	0.1478	-0.7801	3.9134	-0.8378	6.2828	-0.3396	0.3979	0.0523	-0.5492	0.1815	-0.6333	0.1138	0.698	0.1909	0.372	-0.1456	0.1175	0.477	-0.0252	0.3791	23.3011	12.8044	5.0675
7	5.6015	6.9009	-0.6042	5.6163	1.823	0.8834	-0.3392	0.2612	0.6494	-0.5531	0.4023	0.3369	-0.6379	0.072	-0.1464	0.548	-0.1223	-0.1841	0.4806	0.1749	0.6008	14.5725	31.1712	9.3049
8	5.2857	4.0941	2.0325	5.3793	1.4415	4.3919	1.0397	-0.537	-1.3735	1.0937	-0.0538	-1.9968	1.0231	-0.0668	-0.7688	0.5173	-0.3123	-0.1994	0.7333	0.0753	0.8267	26.5255	39.5971	17.3277
9	4.4315	-0.6029	-0.7195	3.4843	0.6237	2.2768	-0.638	0.8468	-0.1075	-0.8185	0.5261	-0.0617	0.1002	-0.3623	0.2121	0.4249	-0.2532	0.0341	0.505	-0.0588	0.2892	12.7101	10.2312	5.2879
10	5.9161	4.3062	2.5815	7.6306	-1.4126	4.512	-0.4705	-0.2646	1.0957	-0.3269	0.5131	2.2137	0.0331	-0.9413	0.0796	0.5973	-0.11	0.0566	0.6036	0.1329	1.3001	17.1693	57.5811	14.9194
11	2.5799	4.0331	0.8717	8.4643	-1.1132	2.1929	-0.4227	0.5001	0.4549	-0.4579	0.4012	0.636	-0.6269	0.2419	-0.0915	0.5274	-0.1689	-0.1338	0.5425	0.1586	0.5467	16.765	36.1324	13.5383
12	7.8265	-0.9933	3.5541	4.2982	1.6635	5.2584	-1.1017	1.0754	0.9306	-1.9009	0.6246	1.173	-0.8335	-0.2959	0.4754	0.9952	-0.204	-0.2613	0.6839	0.329	1.257	20.4142	63.1758	6.2741
13	4.535	-0.4599	0.9593	8.82	0.2265	7.4636	0.0642	-0.5904	-0.5977	-0.0576	-0.2067	-1.327	0.1039	0.6834	0.1325	0.4954	-0.0986	0.0017	0.4692	0.0561	0.7662	-16.4711	-31.8523	21.9976
14	0.7152	2.2779	-0.2825	5.4972	0.1875	2.8178	-0.2193	0.2184	-0.2187	-0.7052	-0.1263	-0.1827	0.7102	-0.128	0.2814	0.6166	-0.0473	0.1546	0.4674	-0.0692	0.58	-17.2032	-10.0376	17.2296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 116 through 157 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 67 through 97 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 98 through 115 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 158 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 5 through 75 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 76 through 126 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 127 through 158 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 5 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 67 through 115 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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