PDB-5trw: Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia x...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5trw

タイトル

Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia xenovorans

要素

Pyridoxal kinase PdxY

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / Pyridoxal kinase / PdxY / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia xenovorans
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edewards, T.E.

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5trw.cif.gz	134.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5trw.ent.gz	101.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5trw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5trw_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5trw_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	5trw_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5trw_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vi9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b6a-1 1lw3-d 6k8z-d 3pzs-d 1gsj-1 1t96-d 6k90-d 2ajp-d 1oh9-1 1lt8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuxeA.00129.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.870, 58.870, 175.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- CL
2	1	A-706- HOH
3	1	A-714- HOH
4	1	A-735- HOH
5	1	A-783- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Pyridoxal kinase PdxY / PL kinase 分子量: 32466.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: pdxY, Bxeno_A1503, Bxe_A2936 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q141E8, pyridoxal kinase

-
非ポリマー , 6種, 317分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / Mosaicity: 0.187 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen H7: 30% PEG 3000, 100mM CHES pH 9.5; BuxeA.00129.a.B1.PS37942 at 14.1mg/ml + 3mM MgCl2 + 3mM AMPPNP (not visible); cryo: 20% EG; tray 274724a2, puck JUS9-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41948 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.51 % / B_iso Wilson estimate: 16.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.64		0.559	3.98	0.912	1	100
1.64-1.69		0.474	4.64	0.933	1	100
1.69-1.74		0.393	5.61	0.954	1	100
1.74-1.79		0.33	6.73	0.97	1	100
1.79-1.85		0.258	8.5	0.979	1	100
1.85-1.91		0.207	10.59	0.985	1	100
1.91-1.98		0.159	13.43	0.993	1	100
1.98-2.07		0.126	16.57	0.994	1	100
2.07-2.16		0.109	19.25	0.995	1	100
2.16-2.26		0.095	21.52	0.996	1	100
2.26-2.39		0.087	23.67	0.997	1	100
2.39-2.53		0.075	26.45	0.997	1	100
2.53-2.7		0.066	29.25	0.998	1	100
2.7-2.92		0.06	31.9	0.998	1	100
2.92-3.2		0.054	35.21	0.998	1	100
3.2-3.58		0.048	37.81	0.999	1	100
3.58-4.13		0.044	40.5	0.999	1	100
4.13-5.06		0.04	42.04	0.999	1	100
5.06-7.16		0.039	40.2	0.999	1	100
	7.16	0.038	37.95	0.998	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BALBES		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vi9

1vi9

解像度: 1.6→43.942 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.67

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1792	2029	4.85 %	0
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.1524	41848	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.17 Å² / B_iso mean: 21.1786 Å² / B_iso min: 8.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→43.942 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2104	0	44	319	2467
B_iso mean	-	-	40.18	34.7	-
残基数	-	-	-	-	278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	3139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.039	1388

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6-1.64	0.2227	134	0.1756	2795	2929
1.64-1.6844	0.2183	144	0.1696	2780	2924
1.6844-1.7339	0.1815	157	0.1601	2791	2948
1.7339-1.7899	0.1874	129	0.1617	2776	2905
1.7899-1.8539	0.1968	141	0.1504	2810	2951
1.8539-1.9281	0.192	148	0.1563	2785	2933
1.9281-2.0159	0.1593	146	0.1471	2816	2962
2.0159-2.1221	0.1696	125	0.1468	2833	2958
2.1221-2.2551	0.1729	147	0.1502	2830	2977
2.2551-2.4292	0.1552	147	0.1468	2820	2967
2.4292-2.6736	0.1749	150	0.1493	2881	3031
2.6736-3.0604	0.1676	150	0.1522	2866	3016
3.0604-3.8555	0.1865	156	0.1416	2925	3081
3.8555-43.9591	0.1845	155	0.1535	3111	3266

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7864	-0.2702	-0.1245	1.089	-0.4866	1.3681	-0.0411	-0.0285	0.0614	-0.0072	-0.025	-0.0388	-0.1356	0.051	0.0645	0.1123	-0.014	-0.0055	0.0915	-0.011	0.0883	22.4704	-26.8888	0.1924
2	2.8318	0.8048	1.6483	2.2212	0.9343	3.9613	-0.0139	0.0264	0.2116	-0.0496	-0.0056	-0.0472	-0.4885	0.1338	0.0296	0.2075	-0.0084	0.0133	0.101	0.0129	0.1599	19.3677	-13.9046	-4.6837
3	1.5316	-0.6186	-0.9485	2.5416	-0.285	2.6791	0.0859	-0.119	0.1648	0.1052	-0.0113	-0.1151	-0.4266	0.0922	-0.0752	0.1726	-0.0058	0.0009	0.1304	-0.013	0.1418	12.5761	-15.1879	3.9601
4	2.1625	0.4437	-0.3589	3.095	0.3833	1.421	0.0924	-0.1218	0.1266	0.2556	-0.1798	0.3314	-0.1177	-0.0741	0.0628	0.1363	-0.0003	0.028	0.1621	-0.0534	0.1514	1.5853	-19.7459	14.2536
5	1.7428	-0.4187	0.0575	1.4833	-0.0097	1.338	-0.071	-0.1005	-0.1083	0.1277	-0.0246	0.1892	0.0724	-0.1406	0.0738	0.1029	-0.0199	0.0355	0.0996	-0.0181	0.1142	7.8673	-35.5927	10.8352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 86 )	A	1 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 87 through 103 )	A	87 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 145 )	A	104 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 209 )	A	146 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 210 through 286)	A	210 - 286

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