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万見
- PDB-5trf: MDM2 in complex with SAR405838 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5trf
タイトルMDM2 in complex with SAR405838
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / P53-BINDING PROTEIN / ONCOPROTEIN / DOUBLE MINUTE 2 PROTEIN / SMALL MOLECULE INHIBITOR / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / SUMO transferase activity / negative regulation of protein processing / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / response to iron ion / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cellular response to peptide hormone stimulus / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / regulation of protein catabolic process / blood vessel development / cardiac septum morphogenesis / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / protein localization to nucleus / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / proteolysis involved in protein catabolic process / response to cocaine / ubiquitin binding / Stabilization of p53 / Regulation of RUNX3 expression and activity / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / establishment of protein localization / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / response to toxic substance / cellular response to gamma radiation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / cellular response to hypoxia / 5S rRNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7HC / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2014
タイトル: SAR405838: an optimized inhibitor of MDM2-p53 interaction that induces complete and durable tumor regression.
著者: Wang, S. / Sun, W. / Zhao, Y. / McEachern, D. / Meaux, I. / Barriere, C. / Stuckey, J.A. / Meagher, J.L. / Bai, L. / Liu, L. / Hoffman-Luca, C.G. / Lu, J. / Shangary, S. / Yu, S. / Bernard, D. ...著者: Wang, S. / Sun, W. / Zhao, Y. / McEachern, D. / Meaux, I. / Barriere, C. / Stuckey, J.A. / Meagher, J.L. / Bai, L. / Liu, L. / Hoffman-Luca, C.G. / Lu, J. / Shangary, S. / Yu, S. / Bernard, D. / Aguilar, A. / Dos-Santos, O. / Besret, L. / Guerif, S. / Pannier, P. / Gorge-Bernat, D. / Debussche, L.
履歴
登録2016年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,27720
ポリマ－62,5325
非ポリマー3,74515
水4,738263
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4416
ポリマ－12,5061
非ポリマー9355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2534
ポリマ－12,5061
非ポリマー7473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3495
ポリマ－12,5061
非ポリマー8434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0692
ポリマ－12,5061
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1653
ポリマ－12,5061
非ポリマー6592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
6
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,88212
ポリマ－25,0132
非ポリマー1,87010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area1940 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
7
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3226
ポリマ－25,0132
非ポリマー1,3094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z+1/41
Buried area2170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
8
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,69810
ポリマ－25,0132
非ポリマー1,6868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.849, 138.849, 83.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 12506.351 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 10-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-7HC / (2'S,3R,4'S,5'R)-6-chloro-4'-(3-chloro-2-fluorophenyl)-2'-(2,2-dimethylpropyl)-N-(trans-4-hydroxycyclohexyl)-2-oxo-1,2-dihydrospiro[indole-3,3'-pyrrolidine]-5'-carboxamide / (3R)-6-クロロ-2′β-(2,2-ジメチルプロピル)-4′β-(2-フルオロ-3-クロロフェニル)-5′α-[((以下略)


分子量: 562.503 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C29H34Cl2FN3O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2m2M Ammonium Sulfate and 0.2M Lithium Nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48047 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.017 / Net I/av σ(I): 30.429 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 651706
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1412.80.4632372199.9
2.14-2.1812.90.389199.8
2.18-2.22130.3291100
2.22-2.2612.80.3261100
2.26-2.3113.20.2891100
2.31-2.3713.30.252199.7
2.37-2.4213.40.2231100
2.42-2.4913.30.2071100
2.49-2.5613.40.1811100
2.56-2.6513.50.1661100
2.65-2.7413.70.146199.9
2.74-2.8513.80.1321100
2.85-2.9813.90.1091100
2.98-3.1414.10.0961100
3.14-3.3314.20.0851100
3.33-3.5914.30.081100
3.59-3.95140.0741100
3.95-4.52140.0671100
4.52-5.714.20.0571100
5.7-5013.20.053199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.1精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9282 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 2431 5.07 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1862 47989 99.56 %-
原子変位パラメータBiso max: 105.31 Å2 / Biso mean: 29.02 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0612 Å20 Å20 Å2
2--2.0612 Å20 Å2
3----4.1224 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 247 263 4440
Biso mean--32.06 37.46 -
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1998SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes681HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4278HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion553SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5207SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4278HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5824HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.97
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 163 4.95 %
Rwork0.1719 3130 -
all0.1734 3293 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33390.3688-0.24192.19540.54962.2173-0.01440.1198-0.0336-0.01570.04820.1147-0.01460.0305-0.0338-0.0538-0.0247-0.0064-0.05690.0049-0.0177-7.102223.445219.4995
22.0278-0.21260.0471.1949-0.3631.7842-0.0417-0.12050.01060.0209-0.0383-0.0044-0.07860.00570.08-0.03570.03250.0497-0.05450.00030.0113-11.044441.934337.1211
32.30320.41790.14151.2068-0.13261.4008-0.0263-0.05720.14360.0714-0.0361-0.04810.01510.02080.0624-0.03310.0105-0.0254-0.03230.0321-0.023713.240328.572538.9076
42.06680.56380.2792.7946-0.77141.9141-0.00950.18170.03410.0550.10950.05630.0019-0.0965-0.1001-0.0775-0.04710.0202-0.00440.0708-0.030810.184542.919116.9335
52.01040.23120.7181.41720.43551.63460.01250.0007-0.04060.07050.00210.01180.0491-0.0257-0.0146-0.0028-0.01110.02640.01040.0318-0.0916-11.316516.915250.9392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|10 - 110}A10 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2{B|10 - 112}B10 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3{C|11 - 110}C11 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4{D|10 - 110}D10 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5{E|10 - 110}E10 - 110

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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