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- PDB-5tqr: ctPRC2 in an autoinhibited conformation bound to S-adenosylmethionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tqr
タイトルctPRC2 in an autoinhibited conformation bound to S-adenosylmethionine
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12
  • Polycomb Protein EED
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone H3K27 methyltransferase activity / heterochromatin formation / chromatin organization / methylation / chromatin binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein ...EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Polycomb protein SUZ12 / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.571 Å
データ登録者Bratkowski, M.A. / Liu, X.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114576 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121662 米国
Welch FoundationI-1790 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)R1119 米国
Rita Allen Foundation 米国
UT Southwestern Medical Center Endowed Scholar Fund 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Polycomb repressive complex 2 in an autoinhibited state.
著者: Bratkowski, M. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb Protein EED
B: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,81311
ポリマ－172,8912
非ポリマー9229
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area55640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.454, 138.008, 223.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-688-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polycomb Protein EED


分子量: 66021.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0029920 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0S8H7
#2: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12


分子量: 106869.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0053230, CTHT_0006210 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0SDW4, UniProt: G0RYC6
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM sodium malonate pH 7.0, 16% PEG 3350, 43 mM 3-cyclohexyl-1-propylphosphocholine

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 55206 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 61.82 Å2 / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 12.79
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.396 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / CC1/2: 0.552 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BJS

5bjs


解像度: 2.571→47.322 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 2733 4.95 %RANDOM
Rwork0.1744 ---
obs0.1774 55206 95.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.571→47.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10208 0 35 244 10487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9914241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6287198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5706-2.61490.31331000.26671828X-RAY DIFFRACTION67
2.6149-2.66240.35141260.25852135X-RAY DIFFRACTION78
2.6624-2.71360.33161210.23162259X-RAY DIFFRACTION84
2.7136-2.7690.27671200.21622486X-RAY DIFFRACTION91
2.769-2.82920.2811160.21832657X-RAY DIFFRACTION97
2.8292-2.8950.27621340.21462684X-RAY DIFFRACTION98
2.895-2.96740.28511640.20812658X-RAY DIFFRACTION99
2.9674-3.04760.27591320.20572728X-RAY DIFFRACTION99
3.0476-3.13730.23681360.21152692X-RAY DIFFRACTION98
3.1373-3.23860.27651410.19382728X-RAY DIFFRACTION100
3.2386-3.35430.22351340.19392746X-RAY DIFFRACTION100
3.3543-3.48850.27231420.19122743X-RAY DIFFRACTION100
3.4885-3.64720.2271560.17922711X-RAY DIFFRACTION100
3.6472-3.83950.25321520.16962716X-RAY DIFFRACTION99
3.8395-4.07990.2011350.15782732X-RAY DIFFRACTION99
4.0799-4.39470.2091430.142744X-RAY DIFFRACTION100
4.3947-4.83660.16831560.13042749X-RAY DIFFRACTION100
4.8366-5.53550.20251370.13912783X-RAY DIFFRACTION100
5.5355-6.97060.23191530.16542801X-RAY DIFFRACTION99
6.9706-47.330.19721350.1632893X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.7986 Å / Origin y: 17.7375 Å / Origin z: -35.0451 Å
111213212223313233
T0.2634 Å2-0.0369 Å2-0.0298 Å2-0.2181 Å20.0407 Å2--0.2174 Å2
L0.6069 °20.0066 °2-0.0382 °2-0.7634 °20.0377 °2--0.6301 °2
S0.0522 Å °0.0965 Å °0.0474 Å °0.0268 Å °-0.014 Å °0.0175 Å °-0.1434 Å °0.1205 Å °-0.0372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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