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- PDB-5tp3: Crystal structure of the RSV-neutralizing single-domain antibody ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tp3
タイトルCrystal structure of the RSV-neutralizing single-domain antibody F-VHH-4
要素F-VHH-4
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody / respiratory syncytial virus / Ig fold / fusion glycoprotein / pseudomerohedral
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.874 Å
データ登録者Wrapp, D. / Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, ベルギー, スペイン, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008704 米国
IWT-VlaanderenPh.D. Student Fellowship ベルギー
FWO-VlaanderenPostdoctoral Fellowship ベルギー
Ghent UniversityBOF12/GOA/014 ベルギー
Inter university Attraction Poles ProgramIAP7, BELVIR ベルギー
VIB and MinecoSAF2015-67033-R スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Potent single-domain antibodies that arrest respiratory syncytial virus fusion protein in its prefusion state.
著者: Rossey, I. / Gilman, M.S. / Kabeche, S.C. / Sedeyn, K. / Wrapp, D. / Kanekiyo, M. / Chen, M. / Mas, V. / Spitaels, J. / Melero, J.A. / Graham, B.S. / Schepens, B. / McLellan, J.S. / Saelens, X.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Experimental preparation
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-VHH-4
B: F-VHH-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2162
ポリマ－27,2162
非ポリマー00
水2,576143
1
A: F-VHH-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6081
ポリマ－13,6081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F-VHH-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6081
ポリマ－13,6081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.710, 47.770, 149.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 1 - 113 / Label seq-ID: 1 - 125

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: 抗体 F-VHH-4


分子量: 13608.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3% PEG400, 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.47
反射解像度: 1.87→34.52 Å / Num. obs: 29019 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 191280 / Scaling rejects: 110
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.87-1.925.61.1251046118530.4650.5151.242.1100
8.99-34.525.40.05316883120.9970.0240.05818.396.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GRW

4grw


解像度: 1.874→34.52 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 1414 4.88 %
Rwork0.1697 --
obs0.1748 28958 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.77 Å2 / Biso mean: 25.9844 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.874→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 0 143 2053
Biso mean---29.36 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d111138
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1139X-RAY DIFFRACTION8.536TORSIONAL
12B1139X-RAY DIFFRACTION8.536TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8741-1.9410.26961220.24892702282496
1.941-2.01860.23971440.22092688283295
2.0186-2.11030.25741420.21362710285295
2.1103-2.22130.251170.19472744286196
2.2213-2.36020.25371360.1992730286695
2.3602-2.54190.23791630.19352707287094
2.5419-2.79670.23531390.19052763290295
2.7967-3.19920.20671550.17172737289295
3.1992-4.02220.18041220.14542823294596
4.0222-17.26070.19251730.13792900307394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15830.57590.28481.87990.31141.29610.0873-0.0763-0.02030.14380.0044-0.1897-0.0223-0.1052-0.06180.15310.00370.01360.3574-0.03690.126738.936113.86469.9064
21.6475-0.6554-0.38291.86220.46070.82020.03390.16990.1131-0.16670.0204-0.0476-0.09090.0008-0.05870.1433-0.0354-0.00040.3927-0.06720.118636.524914.6881-0.5807
31.6925-0.28750.06481.22180.26371.58870.03380.12010.0047-0.039-0.0385-0.1288-0.0427-0.05-0.00910.1103-0.0027-0.01290.3628-0.06190.128440.345513.60243.2457
42.70990.5930.19021.64510.05471.39520.05260.2654-0.0145-0.19870.0692-0.04230.03950.0059-0.00150.20580.0145-0.05340.099-0.00510.159146.186721.563127.589
51.3681-0.24520.07512.5976-0.14940.5326-0.03540.00060.03070.119-0.0252-0.0469-0.0526-0.04660.01030.253-0.0085-0.06610.0891-0.01540.146546.277925.007336.047
63.25370.05560.43122.3230.0371.734-0.01250.1112-0.12220.14440.0557-0.08370.0306-0.1192-0.03870.26960.0009-0.06660.06340.0360.130444.760617.140935.3981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:33A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 34:72A34 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 73:113A73 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 1:33B1 - 33
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 34:84B34 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 85:113B85 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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