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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5toi
タイトルCrystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain P4222
要素Polymerase cofactor VP35
キーワードVIRAL PROTEIN / polymerase cofactor / coiled coil / oligomerization / trimer
機能・相同性Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / Polymerase cofactor VP35
機能・相同性情報
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Bruhn, J.F. / Tickle, I.J. / Bricogne, G. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32 AI007606 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI118016 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain.
著者: Bruhn, J.F. / Kirchdoerfer, R.N. / Urata, S.M. / Li, S. / Tickle, I.J. / Bricogne, G. / Saphire, E.O.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32017年2月8日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6173
ポリマ－24,6173
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.490, 46.490, 310.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 Polymerase cofactor VP35


分子量: 8205.597 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 60-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Musoke-80) (ウイルス)
株: Musoke-80 / 遺伝子: VP35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35259
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M K/Na tartrate and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
PH範囲: 8.4 - 9.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.49 Å / Num. obs: 6946 / % possible obs: 34.7 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.492 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.418 / % possible all: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TOH

5toh


解像度: 2.19→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.518
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.342 704 10.14 %RANDOM
Rwork0.312 ---
obs0.315 6945 36.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.43 Å2 / Biso mean: 66.19 Å2 / Biso min: 3.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5153 Å20 Å20 Å2
2--1.5153 Å20 Å2
3----3.0305 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.68 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 0 14 1676
Biso mean---18.15 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d807SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes482HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3430HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion248SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3449SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3430HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6258HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.36
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.45 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 23 11.5 %
Rwork0.325 177 -
all-200 -
obs--3.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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