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- PDB-5to8: Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5to8
タイトルSelectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency
要素Protein-tyrosine kinase 2-beta
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage chemotaxis / response to cation stress / neurotransmitter receptor regulator activity / positive regulation of B cell chemotaxis / marginal zone B cell differentiation / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase binding / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of myeloid cell differentiation / blood vessel endothelial cell migration / endothelin receptor signaling pathway ...regulation of macrophage chemotaxis / response to cation stress / neurotransmitter receptor regulator activity / positive regulation of B cell chemotaxis / marginal zone B cell differentiation / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase binding / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of myeloid cell differentiation / blood vessel endothelial cell migration / endothelin receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic density assembly / apical dendrite / negative regulation of muscle cell apoptotic process / negative regulation of bone mineralization / cortical cytoskeleton organization / activation of Janus kinase activity / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to fluid shear stress / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / focal adhesion assembly / signal complex assembly / chemokine-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Interleukin-2 signaling / long-term synaptic depression / sprouting angiogenesis / NMDA selective glutamate receptor complex / oocyte maturation / Signal regulatory protein family interactions / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of DNA biosynthetic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / stress fiber assembly / negative regulation of potassium ion transport / RHOU GTPase cycle / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / response to immobilization stress / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of protein kinase activity / glutamate receptor binding / glial cell proliferation / cellular defense response / regulation of cell adhesion / bone resorption / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to glucose / response to mechanical stimulus / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cellular response to retinoic acid / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to cAMP / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / response to hormone / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to cocaine / positive regulation of translation / integrin-mediated signaling pathway / response to ischemia / long-term synaptic potentiation / regulation of actin cytoskeleton organization / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of JNK cascade / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to hydrogen peroxide / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to calcium ion / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / MAPK cascade / neuron projection development / lamellipodium / presynapse / regulation of cell shape / cell cortex / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / cell body / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / protein-containing complex assembly / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / adaptive immune response / dendritic spine / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytoskeleton / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7FM / Protein-tyrosine kinase 2-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9849 Å
データ登録者Newby, Z.E.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2016
タイトル: Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency.
著者: Farand, J. / Mai, N. / Chandrasekhar, J. / Newby, Z.E. / Van Veldhuizen, J. / Loyer-Drew, J. / Venkataramani, C. / Guerrero, J. / Kwok, A. / Li, N. / Zherebina, Y. / Wilbert, S. / Zablocki, J. ...著者: Farand, J. / Mai, N. / Chandrasekhar, J. / Newby, Z.E. / Van Veldhuizen, J. / Loyer-Drew, J. / Venkataramani, C. / Guerrero, J. / Kwok, A. / Li, N. / Zherebina, Y. / Wilbert, S. / Zablocki, J. / Phillips, G. / Watkins, W.J. / Mourey, R. / Notte, G.T.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine kinase 2-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1412
ポリマ－32,5801
非ポリマー5621
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.625, 93.565, 43.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine kinase 2-beta / Calcium-dependent tyrosine kinase / CADTK / Calcium-regulated non-receptor proline-rich tyrosine ...Calcium-dependent tyrosine kinase / CADTK / Calcium-regulated non-receptor proline-rich tyrosine kinase / Cell adhesion kinase beta / CAKB / Focal adhesion kinase 2 / FADK 2 / Proline-rich tyrosine kinase 2 / Related adhesion focal tyrosine kinase / RAFTK


分子量: 32579.752 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 414-692 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2B, FAK2, PYK2, RAFTK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q14289, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-7FM / 25-(methylsulfonyl)-8-(trifluoromethyl)-5,17,18,21,22,23,24,25-octahydro-12H-7,11-(azeno)-16,13-(metheno)pyrido[3,2-i]pyrrolo[1,2-q][1,3,7,11,17]pentaazacyclohenicosin-20(6H)-one


分子量: 561.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26F3N7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 19% PEG1000, 100 mM LiSulfate, 50 mM Disodium hydrogen phosphate, 50 mM Citric Acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9849→43.117 Å / Num. obs: 20507 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 22.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化解像度: 1.9849→43.117 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2012 9.85 %
Rwork0.2032 --
obs0.2064 20419 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9849→43.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1927 0 39 83 2049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0332741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.454729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9849-2.03460.25111280.20891149X-RAY DIFFRACTION90
2.0346-2.08960.25421500.21051335X-RAY DIFFRACTION100
2.0896-2.1510.25481350.20281321X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.22050.24861520.20371332X-RAY DIFFRACTION100
2.2205-2.29980.24731500.21391313X-RAY DIFFRACTION100
2.2998-2.39190.26041540.20551300X-RAY DIFFRACTION100
2.3919-2.50080.23781360.20071361X-RAY DIFFRACTION100
2.5008-2.63260.25251440.20811311X-RAY DIFFRACTION100
2.6326-2.79750.24311500.20971329X-RAY DIFFRACTION100
2.7975-3.01340.26711400.22461323X-RAY DIFFRACTION100
3.0134-3.31660.23021480.21271329X-RAY DIFFRACTION100
3.3166-3.79630.25981380.20121325X-RAY DIFFRACTION100
3.7963-4.78190.20061520.17761339X-RAY DIFFRACTION100
4.7819-43.12690.20891350.20771340X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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