[日本語] English
万見
- PDB-5tlr: Solution NMR structure of gHwTx-IV -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tlr
タイトルSolution NMR structure of gHwTx-IV
要素Mu-theraphotoxin-Hs2a
キーワードTOXIN / spider toxin / disulfide-rich / sodium channel inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haplopelma schmidti (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Agwa, A.J. / Schroeder, C.I.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1080405 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Spider peptide toxin HwTx-IV engineered to bind to lipid membranes has an increased inhibitory potency at human voltage-gated sodium channel hNaV1.7.
著者: Agwa, A.J. / Lawrence, N. / Deplazes, E. / Cheneval, O. / Chen, R.M. / Craik, D.J. / Schroeder, C.I. / Henriques, S.T.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mu-theraphotoxin-Hs2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0371
ポリマ－4,0371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Mu-theraphotoxin-Hs2a / Mu-TRTX-Hs2a / Huwentoxin-4 / Huwentoxin-IV / HwTx-IV / Huwentoxin-IVa / HWTX-IVa / Huwentoxin-IVb ...Mu-TRTX-Hs2a / Huwentoxin-4 / Huwentoxin-IV / HwTx-IV / Huwentoxin-IVa / HWTX-IVa / Huwentoxin-IVb / HWTX-IVb / Huwentoxin-IVc / HWTX-IVc


分子量: 4036.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-87 / 変異: E56G, Y58W, F85W / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Haplopelma schmidti (クモ) / 参照: UniProt: P83303
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D 1H
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC
1122isotropic12D E.COSY
2112isotropic12D 1H-1H TOCSY
2102isotropic12D 1H-1H NOESY
292isotropic11D 1H
381isotropic22D 1H-1H TOCSY
371isotropic21D 1H

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution190 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2OgHwTx-IV_H2O90% H2O/10% D2O
solution2100 % D2O, 100% D2OgHwTx-IV_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
90 %H2Onone1
10 %D2Onone1
100 %D2Onone2
試料状態
Conditions-IDIonic strength unitsLabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
1Not definedgHwTx-IV_H2O4ambient 298 K
2Not definedgHwTx-IV_D2O4ambient 298 K
3Not definedgHwTx-IV_Tempvar4ambient 283 KTemperature variation experiment with temperatures ranging from 283 - 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MolProbityRichardsonデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
詳細: the structures are based on a total of 437 restraints, 385 are NOE-derived distance constraints, 10 distance restraints from hydrogen bonds, 42 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る