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万見
- PDB-1p9z: The Solution Structure of Antifungal Peptide Distinct With a Five... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9z
タイトルThe Solution Structure of Antifungal Peptide Distinct With a Five-disulfide Motif from Eucommia ulmoides Oliver
要素Eucommia Antifungal peptide 2
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Antifungal peptide / Chitin-binding peptide / Disulfide stabilized motif
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antifungal peptide 2
類似検索 - 構成要素
生物種Eucommia ulmoides (トチュウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Huang, R.H. / Xiang, Y. / Tu, G.Z. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of Eucommia Antifungal Peptide: A Novel Structural Model Distinct with a Five-Disulfide Motif.
著者: Huang, R.H. / Xiang, Y. / Tu, G.Z. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: Two novel antifungal peptides distinct with a five-disulfide motif fron the bark of Eucommia ulmoides Oliver
著者: Huang, R.H. / Xiang, Y. / Liu, X.Z. / Zhang, Y. / Hu, Z. / Wang, D.C.
履歴
登録2003年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650Helix determination method: Author determined
Remark 700Sheet determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eucommia Antifungal peptide 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1731
ポリマ－4,1731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Eucommia Antifungal peptide 2


分子量: 4172.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EAFP2 / 由来: (天然) Eucommia ulmoides (トチュウ) / 組織: Bark / 参照: UniProt: P83597
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
2422D TOCSY
2522D NOESY
262DQF-COSY
3712D NOESY
3812D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
16mM antifungal peptide(EAFP2); 20 mM phosphate buffer,0.01 mM EDTA90% H2O/10% D2O
26mM antifungal peptide(EAFP2); 20 mM phosphate buffer, 0.01 mMEDTA100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM Phospate Buffer 5.6ambient 300 K
220 mM Phospate Buffer 5.6ambient 300 K
320 mM Phospate Buffer 5.6ambient 290 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Bruker Corp.collection
Sparky3.105Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T. etc.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T. etc.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 630 restraints, 594 are NOE-derived distance constraints, 16 dihedral angle restraints,20 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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