[日本語] English
万見
- PDB-5tk2: Crystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like domain prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tk2
タイトルCrystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like domain protein from Bacillus anthracis
要素Cytochrome B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cupredoxin / beta sandwich / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion binding
類似検索 - 分子機能
EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / D-MALATE / EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein / EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like domain protein from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome B
B: Cytochrome B
C: Cytochrome B
D: Cytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,31513
ポリマ－44,3554
非ポリマー9609
水7,422412
1
A: Cytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3353
ポリマ－11,0891
非ポリマー2462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3974
ポリマ－11,0891
非ポリマー3093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2012
ポリマ－11,0891
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3814
ポリマ－11,0891
非ポリマー2933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.226, 58.023, 108.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-379-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome B / Uncharacterized protein


分子量: 11088.687 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 33-129 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: Q81ST4, UniProt: A0A6L7H6L8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 421分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30.9 % w/v PEG4000, 150 mM Malate pH 5.0, 60 mM Potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.507
11h,-k,-l20.493
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 75414 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 61.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HCI

4hci


解像度: 1.4→24.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.187 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16595 3778 5 %RANDOM
Rwork0.1346 ---
obs0.13618 71571 94.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å20.14 Å2
2---3.46 Å2-0 Å2