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- PDB-5tje: Murine class I major histocompatibility complex H-2Db in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tje
タイトルMurine class I major histocompatibility complex H-2Db in complex with LCMV-derived gp33 and T cell receptor P14
要素
  • ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
  • BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • Peptide gp33-41 from LCMV
キーワードIMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / MHC class I / LCMV / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Allerbring, E. / Popov, A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Thernary complexes of TCR P14 give insights into the mechanisms behind reestablishment of CTL responses against a viral escape mutant
著者: Allerbring, E. / Duru, A.D. / Sun, R. / Han, X. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Popov, A. / Markova, N. / Talyzina, A. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
G: ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
H: BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
E: ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
F: BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
I: Peptide gp33-41 from LCMV
J: Peptide gp33-41 from LCMV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,11510
ポリマ－189,11510
非ポリマー00
水48627
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
G: ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
H: BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
I: Peptide gp33-41 from LCMV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5585
ポリマ－94,5585
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
F: BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14
J: Peptide gp33-41 from LCMV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5585
ポリマ－94,5585
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.174, 66.943, 525.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13G
23E
14H
24F
15I
25J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 276
2111C1 - 276
1121B1 - 99
2121D1 - 99
1131G1 - 180
2131E1 - 180
1141H1 - 120
2141F1 - 120
1151I1 - 9
2151J1 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.06214, -0.975727, -0.20999), (-0.976111, -0.103301, 0.191144), (-0.208196, 0.193096, -0.958837)-44.84616, -20.91044, -129.17117

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDGEHF

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 ALPHA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14


分子量: 23072.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 BETA CHAIN OF MURINE T CELL RECEPTOR p14


分子量: 26647.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 29分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド Peptide gp33-41 from LCMV


分子量: 1045.232 Da / 分子数: 2 / Mutation: C41M / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9QDK7*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS HCL PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→39 Å / Num. obs: 35190 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u


解像度: 3.2→38.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.789 / SU B: 36.824 / SU ML: 0.611 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.619 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31375 1825 5.2 %RANDOM
Rwork0.22765 ---
obs0.23204 33273 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å2-0 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11757 0 0 27 11784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01912093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.93216417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.093325273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.59751447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34523.689599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.46151949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8691579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.6317.6945827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.6297.6945826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.61311.5147261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.61311.5147262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2948.0876266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2948.0876266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.09311.9799156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.18761.00613215
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.18761.00613216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 2 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1C43139.41
2D15847.48
3E16768.71
4F17947.29
5J1455.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 150 -
Rwork0.352 2389 -
obs--97.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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