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- PDB-5thw: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thw
タイトルCrystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia multivorans
要素Deacylase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / Amidase / hydantoinase/carbamoylase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits ...Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / Deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia multivorans
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deacylase
B: Deacylase
C: Deacylase
D: Deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,57414
ポリマ－187,7934
非ポリマー78110
水9,422523
1
A: Deacylase
B: Deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2877
ポリマ－93,8962
非ポリマー3905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area27830 Å2
手法PISA
2
C: Deacylase
D: Deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2877
ポリマ－93,8962
非ポリマー3905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.460, 88.510, 126.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...
21(chain B and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...
31(chain C and (resid 15:21 or (resid 22 and (name...
41(chain D and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...A15 - 16
121(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...A17 - 18
131(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...A14 - 503
141(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...A14 - 503
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161(chain A and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...A14 - 503
211(chain B and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...B15 - 16
221(chain B and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...B17 - 18
231(chain B and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...B15 - 504
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351(chain C and (resid 15:21 or (resid 22 and (name...C14 - 503
361(chain C and (resid 15:21 or (resid 22 and (name...C14 - 503
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461(chain D and (resid 15:16 or (resid 17:18 and (name...D15 - 504

-
要素

#1: タンパク質
Deacylase


分子量: 46948.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_06149 / プラスミド: BumuA.12445.e.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0H3KRF1, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-URP / N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / N-CARBAMYL-BETA-ALANINE / BETA-UREIDOPROPIONATE / N-カルバモイル-β-アラニン


分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / Mosaicity: 0.305 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, B2: 25% PEG 3350, 200mM Sodium thiocyanate; BumuA.12245.e.B1.PW37879 at 19.5mg/ml; cryo: 20% EG; tray 272537b2, puck ujd4-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 65364 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.86 % / Biso Wilson estimate: 37.33 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.21
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.560.4942.890.82198.2
2.56-2.640.4593.150.834198.2
2.64-2.710.36440.904198.3
2.71-2.80.3024.710.92198.4
2.8-2.890.2485.670.945198.5
2.89-2.990.1967.240.965198.5
2.99-3.10.1568.710.975198.7
3.1-3.230.13210.230.981198.8
3.23-3.370.09913.140.99198.7
3.37-3.540.07716.440.994198.9
3.54-3.730.06618.950.995198.9
3.73-3.950.05322.070.996199
3.95-4.230.04625.210.997199
4.23-4.560.0427.930.998199.1
4.56-50.03630.110.998199.1
5-5.590.03927.980.998199.4
5.59-6.460.04127.380.998198.9
6.46-7.910.03330.770.998198.8
7.91-11.180.02637.20.999198.9
11.180.02438.790.999194.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.11rc1_2513: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5I4M

5i4m


解像度: 2.5→39.394 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 2083 3.19 %0
Rwork0.1546 ---
obs0.1564 65358 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.41 Å2 / Biso mean: 45.0811 Å2 / Biso min: 18.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→39.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12302 0 32 525 12859
Biso mean--46.78 39.7 -
残基数----1647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73517259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.467522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7302X-RAY DIFFRACTION10.889TORSIONAL
12B7302X-RAY DIFFRACTION10.889TORSIONAL
13C7302X-RAY DIFFRACTION10.889TORSIONAL
14D7302X-RAY DIFFRACTION10.889TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.55820.27461380.21614201433998
2.5582-2.62220.27261350.20764189432498
2.6222-2.6930.25191510.20164172432398
2.693-2.77230.26971600.19534139429998
2.7723-2.86170.28971550.19944197435299
2.8617-2.9640.24481790.1864138431799
2.964-3.08260.27241040.17634245434999
3.0826-3.22280.2281300.17914179430999
3.2228-3.39260.24841510.17814221437299
3.3926-3.60510.19321540.15694212436699
3.6051-3.88320.20141000.14634237433799
3.8832-4.27360.17641400.13194257439799
4.2736-4.8910.16351350.11414250438599
4.891-6.15830.18561400.12934289442999
6.1583-39.39910.17061110.13014349446098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2857-1.0282-2.5332.78151.60185.3377-0.0055-0.9019-0.16610.50290.008-0.06780.1951-0.2759-0.00270.386-0.0598-0.00680.69840.02830.38377.7384-15.639818.4967
21.5486-0.2223-0.48181.3474-0.57172.3560.0412-0.36810.11250.33330.05450.1749-0.2848-0.3875-0.10330.31940.00740.04640.5554-0.03320.32523.4392-4.466610.9411
31.37920.3080.03561.6907-1.35261.14690.13350.01970.48630.24540.09270.4489-0.394-0.7511-0.24460.38140.16050.07190.53520.02060.46591.28757.2186-0.0536
41.49390.4474-0.37621.2961-1.20672.18540.1538-0.42090.03430.4742-0.2012-0.231-0.51180.19860.06340.427-0.0649-0.05740.4051-0.06240.324920.97450.79698.5982
50.73550.2236-0.76170.99170.23632.0941-0.16260.16690.03180.0432-0.11350.1608-0.26170.39740.3430.2901-0.0496-0.04060.32790.04440.420429.73174.0008-21.895
61.26990.3167-0.55281.20090.30214.26190.0066-0.10980.21390.0851-0.14440.0196-0.3087-0.01180.14550.279-0.0597-0.04940.25680.01850.36726.07866.1794-11.4327
71.60230.0041-0.65411.41060.32052.57640.3003-0.59950.25950.705-0.08860.0372-0.84760.0032-0.1650.4168-0.1107-0.05730.4927-0.09830.328820.08566.75510.6964
82.677-0.386-0.57532.2966-1.50091.5831-0.0125-0.46710.03270.5939-0.1737-0.2858-0.24390.24690.21140.3548-0.0435-0.0650.4585-0.01240.295519.2092-3.313512.566
94.6657-3.9918-2.16177.93362.37223.3071-0.5225-1.17160.32571.45960.5351-0.4477-0.13240.30190.03340.5635-0.0311-0.08240.8555-0.05130.311911.6518-4.564325.1587
101.4345-0.40820.14472.71840.31251.6477-0.0488-0.05280.10920.2091-0.02190.2101-0.1594-0.09560.04630.2532-0.0155-0.01960.2092-0.00370.274710.4679-7.1889-56.6115
110.93740.07170.3042.10040.45291.36670.0126-0.0036-0.03990.17440.00630.13960.05730.02280.01810.27380.01710.01530.2183-0.01390.278216.1715-13.4157-53.3797
120.82520.0275-0.23770.18910.27412.2679-0.0637-0.0369-0.01690.009-0.0135-0.03170.21530.09690.0360.206-0.02050.01490.21550.01960.319231.0442-7.1306-27.6419
131.4062-0.94011.35735.2282-0.24941.4602-0.192-0.1830.15030.27360.16040.0839-0.2130.03270.13350.2918-0.0650.00770.3144-0.00350.295424.5768-1.7864-49.3421
144.13490.4599-0.40662.412.48686.98770.32050.32550.1107-0.4826-0.0339-0.5062-0.60890.2933-0.23370.3099-0.10080.01320.24570.09530.317924.2391-0.5582-63.8688
153.29451.35181.45044.2018-0.23725.8845-0.36510.36260.4791-0.53320.21920.0797-0.4224-0.6081-0.07270.3179-0.0612-0.09480.51360.13250.4771-35.51778.487913.8282
161.76440.45920.62521.5522-0.57421.8551-0.09030.2126-0.0736-0.33710.34190.29180.2821-0.6206-0.19960.3744-0.1145-0.09330.66850.02710.3746-40.4303-6.132124.1805
171.2992-0.15120.58221.0179-0.11431.8513-0.01390.1281-0.2011-0.16160.0078-0.08980.365-0.06130.02790.2944-0.01660.02890.2026-0.03440.3553-17.6933-10.594440.2934
181.696-0.30891.16471.87710.0773.60950.25620.5201-0.3446-0.69340.1809-0.0240.75330.0137-0.33280.463-0.01420.02970.3778-0.16590.383-23.2245-14.366522.3031
191.8520.43990.42212.0971-0.62681.8148-0.27420.57830.0546-0.54420.158-0.13890.2891-0.19020.12890.4499-0.07710.05460.6102-0.0630.3203-26.586-3.806615.1582
201.91670.2597-0.8732.672-0.82581.7390.03480.0467-0.00340.09710.12810.2332-0.0627-0.1023-0.1470.2713-0.00790.02970.29840.02320.2583-31.70075.972787.4157
210.89450.038-0.43280.35610.41191.5537-0.0288-0.1491-0.09930.04310.0329-0.0432-0.03190.1555-0.00740.2710.0386-0.04180.2525-0.00560.351-13.35610.391164.5024
222.52520.1518-1.87366.17970.38382.0815-0.187-0.0645-0.1813-0.0477-0.0431-0.02780.19870.16210.20510.24970.0299-0.01530.35320.08460.3106-21.6753-5.455588.0189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 33 )A14 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 150 )A34 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 195 )A151 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 234 )A196 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 235 through 269 )A235 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 270 through 326 )A270 - 326
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 327 through 358 )A327 - 358
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 359 through 402 )A359 - 402
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 403 through 425 )A403 - 425
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 15 through 108 )B15 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 212 )B109 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 213 through 358 )B213 - 358
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 359 through 402 )B359 - 402
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 403 through 426 )B403 - 426
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 14 through 33 )C14 - 33
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 34 through 195 )C34 - 195
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 196 through 326 )C196 - 326
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 327 through 358 )C327 - 358
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 359 through 425 )C359 - 425
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 15 through 195 )D15 - 195
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 196 through 378 )D196 - 378
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 379 through 425 )D379 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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