[日本語] English
万見
- PDB-5thg: Engineered variant of I-OnuI meganuclease targeting the HIV CCR5 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thg
タイトルEngineered variant of I-OnuI meganuclease targeting the HIV CCR5 gene; harbors 43 point mutations relative to wild-type I-OnuI
要素
  • (DNA (29-MER)) x 2
  • I-OnuI_e-hCCR5
キーワードHYDROLASE/DNA / Meganuclease / Engineered protein / DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 3.106 Å
データ登録者Hallinan, J.P. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM105691 米国
Bill & Melinda Gates FoundationTarget Malaria Program 米国
bluebird bio, inc.Corporate Funding 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The structural basis of altered gene specificity resulting from meganuclease and MegaTAL engineering
著者: Werther, R. / Hallinan, J.P. / Lambert, A. / Haven, K. / Jarjor, J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: I-OnuI_e-hCCR5
B: DNA (29-MER)
C: DNA (29-MER)
D: I-OnuI_e-hCCR5
E: DNA (29-MER)
F: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,29512
ポリマ－105,9506
非ポリマー3456
水21612
1
A: I-OnuI_e-hCCR5
B: DNA (29-MER)
C: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1476
ポリマ－52,9753
非ポリマー1723
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
2
D: I-OnuI_e-hCCR5
E: DNA (29-MER)
F: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1476
ポリマ－52,9753
非ポリマー1723
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.959, 112.351, 122.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 I-OnuI_e-hCCR5


分子量: 35144.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8781.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 9048.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 18分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 28% PEG 8000, 100mM HEPES pH 6.6, 5mM Calcium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.77 Å / Num. obs: 19313 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.924 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.924 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10_2155)位相決定
精密化解像度: 3.106→47.769 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 1930 9.99 %
Rwork0.2206 --
obs0.2264 19313 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.106→47.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4410 2318 16 12 6756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6910100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4463759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1063-3.1840.42051250.31941136X-RAY DIFFRACTION93
3.184-3.27010.39541360.27841221X-RAY DIFFRACTION98
3.2701-3.36630.36881320.26931193X-RAY DIFFRACTION97
3.3663-3.47490.29391370.24111231X-RAY DIFFRACTION99
3.4749-3.5990.30721380.25491241X-RAY DIFFRACTION100
3.599-3.74310.27621370.23261228X-RAY DIFFRACTION100
3.7431-3.91340.29371390.23181241X-RAY DIFFRACTION100
3.9134-4.11960.28111390.2191254X-RAY DIFFRACTION100
4.1196-4.37750.30241400.19921262X-RAY DIFFRACTION100
4.3775-4.71520.22741380.19941250X-RAY DIFFRACTION100
4.7152-5.18920.24371400.19811259X-RAY DIFFRACTION100
5.1892-5.93890.32341410.20491275X-RAY DIFFRACTION100
5.9389-7.47780.23171430.2291286X-RAY DIFFRACTION100
7.4778-47.77490.2311450.18641306X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る