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- PDB-5esp: Crystal Structure of LAGLIDADG Meganuclease I-PanMI with coordina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esp
タイトルCrystal Structure of LAGLIDADG Meganuclease I-PanMI with coordinated Calcium ions
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • I-PanMI
キーワードHYDROLASE/DNA / Hydrolase-DNA complex / LAGLIDADG / homing endonuclease / meganuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized 49.1 kDa protein in ND3 intron
類似検索 - 構成要素
生物種Podospora anserina (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.995 Å
データ登録者Hallinan, J.P. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Indirect DNA Sequence Recognition and Its Impact on Nuclease Cleavage Activity.
著者: Lambert, A.R. / Hallinan, J.P. / Shen, B.W. / Chik, J.K. / Bolduc, J.M. / Kulshina, N. / Robins, L.I. / Kaiser, B.K. / Jarjour, J. / Havens, K. / Scharenberg, A.M. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Data collection / Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: I-PanMI
B: I-PanMI
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,52312
ポリマ－101,1796
非ポリマー3456
水362
1
A: I-PanMI
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7626
ポリマ－50,5893
非ポリマー1723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
2
B: I-PanMI
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7626
ポリマ－50,5893
非ポリマー1723
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.555, 78.442, 101.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 I-PanMI


分子量: 33995.645 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 136-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Podospora anserina (菌類) / 株: S / ATCC MYA-4624 / DSM 980 / FGSC 10383 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15563

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DNA鎖 , 2種, 4分子 GCHD

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8092.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8501.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 28% PEG 3350, 5mM Calcium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月10日
放射モノクロメーター: VARIMAX HF OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.995→30.969 Å / Num. obs: 21733 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.518 / Net I/av σ(I): 13.226 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 127010
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.115.80.8521130.7070.3810.9331.44197.7
3.11-3.235.80.58321300.8250.2610.641.40998
3.23-3.385.90.35721730.9410.160.3911.44698.1
3.38-3.565.90.3421550.9080.150.3721.78798.6
3.56-3.785.90.25121630.8610.1110.2751.60698.5
3.78-4.075.90.23321650.9560.1040.2561.75598.8
4.07-4.485.90.11621690.9910.0520.1271.48399
4.48-5.135.90.08722080.9960.0390.0961.42999.2
5.13-6.465.80.08922050.9950.040.0981.47899.6
6.46-505.70.04922520.9980.0230.0541.34498.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JEE

4jee
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.995→30.969 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1989 9.13 %
Rwork0.2256 --
obs0.2296 21733 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 227.68 Å2 / Biso mean: 56.0929 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.995→30.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4510 2195 32 2 6739
Biso mean--42.73 36.99 -
残基数----687

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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