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万見
- PDB-5tgz: Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgz
タイトルCrystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1
要素Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Membrane protein / G protein-coupled receptor / human cannabinoid receptor CB1 / marijuana / stabilizing antagonist AM6538 / lipidic cubic phase / CB1-Flavodoxin chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior ...cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / negative regulation of serotonin secretion / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / regulation of metabolic process / axonal fasciculation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / GABA-ergic synapse / maternal process involved in female pregnancy / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / response to nicotine / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / memory / positive regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton / FMN binding / glucose homeostasis / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / growth cone / spermatogenesis / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Flavodoxin-like / Flavodoxin ...Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZDG / Flavodoxin / Cannabinoid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hua, T. / Vemuri, K. / Pu, M. / Qu, L. / Han, G.W. / Wu, Y. / Zhao, S. / Shui, W. / Li, S. / Korde, A. ...Hua, T. / Vemuri, K. / Pu, M. / Qu, L. / Han, G.W. / Wu, Y. / Zhao, S. / Shui, W. / Li, S. / Korde, A. / Laprairie, R.B. / Stahl, E.L. / Ho, J.H. / Zvonok, N. / Zhou, H. / Kufareva, I. / Wu, B. / Zhao, Q. / Hanson, M.A. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1.
著者: Hua, T. / Vemuri, K. / Pu, M. / Qu, L. / Han, G.W. / Wu, Y. / Zhao, S. / Shui, W. / Li, S. / Korde, A. / Laprairie, R.B. / Stahl, E.L. / Ho, J.H. / Zvonok, N. / Zhou, H. / Kufareva, I. / Wu, ...著者: Hua, T. / Vemuri, K. / Pu, M. / Qu, L. / Han, G.W. / Wu, Y. / Zhao, S. / Shui, W. / Li, S. / Korde, A. / Laprairie, R.B. / Stahl, E.L. / Ho, J.H. / Zvonok, N. / Zhou, H. / Kufareva, I. / Wu, B. / Zhao, Q. / Hanson, M.A. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6468
ポリマ－50,3371
非ポリマー2,3097
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.560, 52.630, 143.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1 / CB1 / CANN6


分子量: 50337.375 Da / 分子数: 1
断片: UNP RESIDUES 99-306,UNP RESIDUES 2-148,UNP RESIDUES 332-414
変異: T210A, E273K, T283V,P1002A, Y1098W,R340E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Cannabinoid receptor 1 (RESIDUES 99-306), Flavodoxin (RESIDUES 1002-1148), and Cannabinoid receptor 1 (RESIDUES 332-414)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: CNR1, CNR, DVU_2680 / プラスミド: pTT5 / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / Cell (発現宿主): HEK293F / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F (HEK-293F) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21554, UniProt: P00323

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非ポリマー , 6種, 16分子

#2: 化合物 ChemComp-ZDG / 4-[4-[2-(2,4-dichlorophenyl)-4-methyl-5-(piperidin-1-ylcarbamoyl)pyrazol-3-yl]phenyl]but-3-ynyl nitrate


分子量: 542.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25Cl2N5O4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE NITRATE GROUP OF LIGAND ZDG BOUND TO THE CB1 STRUCTURE HAS NOT BEEN MODELED DUE TO LACK OF ...THE NITRATE GROUP OF LIGAND ZDG BOUND TO THE CB1 STRUCTURE HAS NOT BEEN MODELED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY ON THE NITRATE GROUP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0-7.4, 100mM (NH4)2HPO4, 25%-32% PEG 400, 2-20 mM Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dehydrate (EDTA)
PH範囲: 7.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月19日 / 詳細: KB mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.05 Å / Num. obs: 19837 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.44 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2289精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z34, 1I1O

4z34

1i1o


解像度: 2.8→47.045 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 985 4.97 %
Rwork0.2065 --
obs0.2081 19827 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3407 0 126 9 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6384904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3161282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94760.31161280.29442559X-RAY DIFFRACTION94
2.9476-3.13230.31611360.26712603X-RAY DIFFRACTION95
3.1323-3.37410.2491280.23442671X-RAY DIFFRACTION97
3.3741-3.71350.25621500.21792677X-RAY DIFFRACTION98
3.7135-4.25050.22431520.20162744X-RAY DIFFRACTION99
4.2505-5.3540.22331380.18042765X-RAY DIFFRACTION99
5.354-47.05170.22071530.19292823X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90320.24670.58291.23861.28532.4083-0.1308-0.1669-0.070.29790.0936-0.0950.01030.2053-0.00950.5212-0.0054-0.03270.45520.13770.479837.235423.2794296.3046
22.6694-4.47871.04418.3108-1.6650.41760.02760.03610.0855-0.06150.0091-0.20880.06740.0866-0.02521.7067-0.0933-0.01361.2873-0.10091.205443.897627.5518318.1843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 99:306) or (resid 1002:1148) or (resid 332:412))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2001:2001)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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