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万見
- PDB-5tgl: A MODEL FOR INTERFACIAL ACTIVATION IN LIPASES FROM THE STRUCTURE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgl
タイトルA MODEL FOR INTERFACIAL ACTIVATION IN LIPASES FROM THE STRUCTURE OF A FUNGAL LIPASE-INHIBITOR COMPLEX
要素LIPASE
キーワードHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-HEXYLPHOSPHONATE ETHYL ESTER / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizomucor miehei (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Brzozowski, A.M. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Dodson, G.G. / Lawson, D. / Turkenburg, J.P. / Bjorkling, F. / Huge-Jensen, B. / Patkar, S.R. / Thim, L.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: A model for interfacial activation in lipases from the structure of a fungal lipase-inhibitor complex.
著者: Brzozowski, A.M. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Dodson, G.G. / Lawson, D.M. / Turkenburg, J.P. / Bjorkling, F. / Huge-Jensen, B. / Patkar, S.A. / Thim, L.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: A Serine Protease Triad Forms the Catalytic Centre of a Triacylglycerol Lipase
著者: Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Tolley, S. / Turkenburg, J.P. / Christiansen, L. / Huge-Jensen, B. / Norskov, L. / Thim, L. / Menge, U.
#2: ジャーナル: Lipids / 年: 1988
タイトル: Rhizomucor Miehei Triglyceride Lipase is Synthesized as a Precursor
著者: Boel, E. / Huge-Jensen, B. / Christensen, M. / Thim, L. / Fiil, N.P.
履歴
登録1991年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7182
ポリマ－29,5241
非ポリマー1941
水00
1
A: LIPASE
ヘテロ分子

A: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4364
ポリマ－59,0482
非ポリマー3882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)48.300, 93.900, 122.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 34, PRO 209, PRO 229, AND PRO 250 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 LIPASE


分子量: 29523.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizomucor miehei (菌類) / 参照: UniProt: P19515, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-HEE / N-HEXYLPHOSPHONATE ETHYL ESTER


分子量: 194.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19O3P
配列の詳細RESIDUE 156 IN THIS ENTRY IS ASP AS IDENTIFIED BY ELECTRON DENSITY. IN THE PAPER CITED AS REFERENCE ...RESIDUE 156 IN THIS ENTRY IS ASP AS IDENTIFIED BY ELECTRON DENSITY. IN THE PAPER CITED AS REFERENCE 1 ABOVE IT WAS INCORRECTLY ASSIGNED AS GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
27-10 %(v/v)PEG6001reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 5.44 Å / Num. obs: 5892 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.18 Å / % possible obs: 27.1 % / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 965 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.185 / 最高解像度: 3 Å
詳細: THERE ARE SOME ERRORS IN THE SEQUENCE DUE TO UNCERTAINTY IN THE ORIENTATION OF SIDE CHAINS. THESE DIFFERENCES ARE MINOR AND IN NO WAY COMPROMISE THE OVERALL QUALITY OF THE STRUCTURE OR THE ...詳細: THERE ARE SOME ERRORS IN THE SEQUENCE DUE TO UNCERTAINTY IN THE ORIENTATION OF SIDE CHAINS. THESE DIFFERENCES ARE MINOR AND IN NO WAY COMPROMISE THE OVERALL QUALITY OF THE STRUCTURE OR THE SUITABILITY FOR MODELING OR MOLECULAR REPLACEMENT. SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN PIR AND PDB SEQUENCE. PIR ENTRY NAME: A34959 PIR RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASP 181 ASN 181 GLU 220 SER 220
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数286 0 11 0 297
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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