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- PDB-3aki: Crystal structure of exo-1,5-alpha-L-arabinofuranosidase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aki
タイトルCrystal structure of exo-1,5-alpha-L-arabinofuranosidase complexed with alpha-L-arabinofuranosyl azido
要素Putative secreted alpha L-arabinofuranosidase II
キーワードHYDROLASE / FIVE-BLADED BETA PROPELLER / BETA-TREFOIL
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 ...Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AH8 / Extracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Ichinose, H. / Kaneko, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of an Exo-1,5-{alpha}-L-arabinofuranosidase from Streptomyces avermitilis Provides Insights into the Mechanism of Substrate Discrimination between Exo- and Endo-type ...タイトル: Crystal Structure of an Exo-1,5-{alpha}-L-arabinofuranosidase from Streptomyces avermitilis Provides Insights into the Mechanism of Substrate Discrimination between Exo- and Endo-type Enzymes in Glycoside Hydrolase Family 43.
著者: Fujimoto, Z. / Ichinose, H. / Maehara, T. / Honda, M. / Kitaoka, M. / Kaneko, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of exo-alpha-1,5-L-arabinofuranosidase from Streptomyces avermitilis NBRC14893.
著者: Fujimoto, Z. / Ichinose, H. / Kaneko, S.
#2: ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2008
タイトル: Characterization of a modular enzyme of exo-1,5-alpha-L-arabinofuranosidase and arabinan binding module from Streptomyces avermitilis NBRC14893.
著者: Ichinose, H. / Yoshida, M. / Fujimoto, Z. / Kaneko, S.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted alpha L-arabinofuranosidase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7888
ポリマ－51,9371
非ポリマー8517
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.026, 89.719, 135.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 Putative secreted alpha L-arabinofuranosidase II / exo-alpha-1 / 5-L-arabinofuranosidase


分子量: 51937.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 28-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: abfA, SAV1043, SAV_1043 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3)
参照: UniProt: Q82P90, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#4: 糖
ChemComp-AH8 / (2R,3R,4R,5S)-2-azido-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol / (2R,3R,4R,5S)-2-azido-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3,4-diol


タイプ: L-saccharide / 分子量: 175.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N3O4

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非ポリマー , 4種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8M sodium citrate, 0.2M sodium chloride, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→74.79 Å / Num. obs: 34964 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 3416 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AKH

3akh


解像度: 2→74.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.258 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1729 5 %RANDOM
Rwork0.19295 ---
obs0.19482 32872 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å20 Å2
2--4.39 Å20 Å2
3----2.91 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.0644 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→74.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 56 233 3814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2161.945022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.36823.276174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06115530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.52230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29223592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66831451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7754.51430
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 119 -
Rwork0.244 2412 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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