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- PDB-5tgc: Structure of the hetero-trimer of Rtt102-Arp7/9 bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgc
タイトルStructure of the hetero-trimer of Rtt102-Arp7/9 bound to ATP
要素
  • Actin-like protein ARP9
  • Actin-related protein 7
  • Regulator of Ty1 transposition protein 102
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Chromatin remodeling complexes / Actin-related protein / ATP-binding site / Nuclear actin
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Platelet degranulation / DNA translocase activity / RSC-type complex / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromosome segregation ...RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Platelet degranulation / DNA translocase activity / RSC-type complex / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.245 Å
データ登録者Turegun, B. / Dominguez, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01_GM073791 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Actin-related proteins regulate the RSC chromatin remodeler by weakening intramolecular interactions of the Sth1 ATPase.
著者: Turegun, B. / Baker, R.W. / Leschziner, A.E. / Dominguez, R.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-related protein 7
B: Actin-like protein ARP9
C: Regulator of Ty1 transposition protein 102
D: Actin-related protein 7
E: Actin-like protein ARP9
F: Regulator of Ty1 transposition protein 102
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,24311
ポリマ－252,9416
非ポリマー1,3035
水00
1
A: Actin-related protein 7
B: Actin-like protein ARP9
C: Regulator of Ty1 transposition protein 102
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1706
ポリマ－126,4703
非ポリマー6993
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Actin-related protein 7
E: Actin-like protein ARP9
F: Regulator of Ty1 transposition protein 102
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0745
ポリマ－126,4703
非ポリマー6032
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21540 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area80350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.387, 87.982, 105.430
Angle α, β, γ (deg.)109.030, 104.640, 96.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22chain E
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETATPATPchain AAA - G0 - 5011
21LEULEUATPATPchain DDD - J3 - 5014
12ALAALASO4SO4chain BBB - I2 - 5022
22PROPROSO4SO4chain EEE - K3 - 5013
13METMETARGARGchain CCC1 - 902 - 91
23METMETASPASPchain FFF1 - 882 - 89

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Actin-related protein 7 / Actin-like protein ARP7 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP7 / SWI/SNF complex component ARP7


分子量: 55433.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ARP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12406
#2: タンパク質 Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP9 / SWI/SNF complex component ARP9


分子量: 53131.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ARP9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05123
#3: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 102


分子量: 17904.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RTT102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53330
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.17M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, 17 mM EDTA / PH範囲: 6 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.245→39.366 Å / Num. obs: 40398 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.25→3.42 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SAINTv8.34aデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I6M, chains A,B,D

4i6m


解像度: 3.245→39.366 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3219 1940 5.01 %
Rwork0.2756 36805 -
obs0.2779 38745 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.41 Å2 / Biso mean: 70.1963 Å2 / Biso min: 31.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.245→39.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14131 0 101 0 14232
Biso mean--63.93 --
残基数----1750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9419640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2555435
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4497X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
12D4497X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
21B4331X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
22E4331X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
31C678X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
32F678X-RAY DIFFRACTION16.296TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2453-3.32650.45841220.4082328245084
3.3265-3.41630.42641380.39052624276296
3.4163-3.51680.42231400.37392630277096
3.5168-3.63020.39091370.34072625276296
3.6302-3.75990.41281400.34812640278096
3.7599-3.91030.36241350.33472608274396
3.9103-4.08810.32261400.30062648278897
4.0881-4.30340.34131400.29072666280697
4.3034-4.57260.33561390.25442644278397
4.5726-4.92510.26791410.23032665280697
4.9251-5.41960.30151410.24062675281698
5.4196-6.20120.3031420.26052695283798
6.2012-7.80280.29911430.24292684282799
7.8028-39.36910.21131420.17822673281597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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