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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tfq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a representative of class A beta-lactamase from Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.07 Å | ||||||
データ登録者 | Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a representative of class A beta-lactamase from Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 著者: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tfq.cif.gz | 139.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tfq.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tfq_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tfq_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tfq_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tfq_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31076.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) 遺伝子: BACCELL_03967 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2NI36, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0 0.2 M Sodium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月23日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→40 Å / Num. obs: 133512 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/av σ(I): 30.75 / Net I/σ(I): 35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.07→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.639 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.478 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.07→40 Å
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拘束条件 |
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