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万見
- PDB-5tey: Human METTL3-METTL14 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tey
タイトルHuman METTL3-METTL14 complex
要素(N6-adenosine-methyltransferase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / METTL3 / METTL14 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / forebrain radial glial cell differentiation / oxidoreductase complex / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / mRNA modification / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of neuron differentiation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / oogenesis / stem cell population maintenance / mRNA destabilization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of translation / response to nutrient levels / circadian rhythm / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear speck / nuclear body / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase-like (MT-A70-like) family profile. / N6-adenosine-methyltransferase MT-A70-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.62) family profile. / MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / N(6)-adenosine-methyltransferase catalytic subunit METTL3 / N(6)-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DONG, A. / ZENG, H. / LI, Y. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. ...DONG, A. / ZENG, H. / LI, Y. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Human METTL3-METTL14 complex
著者: ZENG, H. / DONG, A. / LI, Y. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit
B: N6-adenosine-methyltransferase subunit METTL14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,70114
ポリマ－113,1522
非ポリマー54912
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.883, 63.883, 225.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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N6-adenosine-methyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / MT-A70 / Methyltransferase-like protein 3


分子量: 66735.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was degraded during the crystallization process
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q86U44, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase subunit METTL14 / Methyltransferase-like protein 14


分子量: 46417.055 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-399 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was degraded during the crystallization process
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q9HCE5, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 208分子

#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 23% PEG 4K, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 50717 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/av σ(I): 23.338 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.836.40.8680.6151100
1.83-1.866.90.7380.7351100
1.86-1.97.60.6760.8041100
1.9-1.948.20.6530.8541100
1.94-1.988.20.4780.8981100
1.98-2.038.20.4170.9221100
2.03-2.088.10.3880.9011100
2.08-2.1380.3180.951100
2.13-2.28.10.2710.961199.9
2.2-2.2780.2660.9591100
2.27-2.357.90.2140.9671100
2.35-2.447.90.1990.9761100
2.44-2.557.70.1810.978199.8
2.55-2.697.70.1590.98199.8
2.69-2.867.60.1320.986199.5
2.86-3.087.50.110.99199.8
3.08-3.397.40.1020.992199.9
3.39-3.887.30.0920.993199.9
3.88-4.887.50.0680.9971100
4.88-507.60.0590.9981100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER2.6.1位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IL0

5il0


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.584 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 1180 2.3 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1984 49455 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.34 Å2 / Biso mean: 27.842 Å2 / Biso min: 14.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 43 197 3771
Biso mean--29.96 32.73 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9595075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9337970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3623.488172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81915608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0781529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7382.7711813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7382.7721812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7424.1212263
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 62 -
Rwork0.257 3620 -
all-3682 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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