PDB-5tev: Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tev

タイトル

Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae, apo

要素

Tryptophan--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / NIAID / structural genomics / aaRS / aminoacyl tRNA synthetase / tRNA ligase / tryptophan / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae, apo
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tev.cif.gz	274 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tev.ent.gz	221 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tzlS 5tew S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tew-d 3s24-6 1fc6-d 3e9j-2 3nqk-d 3ux9-2 4uv6-2 6vo5-1 2ecs-2 5u4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NegoA.00743.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan--tRNA ligase

B: Tryptophan--tRNA ligase

77.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan--tRNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tryptophan--tRNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.940, 59.940, 355.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- HOH
2	1	A-460- HOH
3	1	A-532- HOH
4	1	B-437- HOH
5	1	B-478- HOH
6	1	B-511- HOH

#1: タンパク質	Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase 分子量: 38655.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌) 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: trpS, NGO_1045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F7X0, tryptophan-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: NegoA.00743.a.B1.PS37949 at 19.2 mg/mL against Morpheus screen condition G9 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M carboxylates, 0.1 M bicine/trizma pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 36620 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.42

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.31		0.557	3.49	0.889	1	99.9
2.31-2.37		0.471	4.17	0.928	1	99.8
2.37-2.44		0.399	4.85	0.941	1	99.7
2.44-2.52		0.326	5.78	0.959	1	99.8
2.52-2.6		0.264	7.21	0.974	1	99.8
2.6-2.69		0.213	8.77	0.982	1	99.9
2.69-2.79		0.175	10.39	0.986	1	99.8
2.79-2.9		0.153	11.94	0.989	1	99.9
2.9-3.03		0.123	14.47	0.993	1	99.8
3.03-3.18		0.102	17.25	0.994	1	99.8
3.18-3.35		0.088	20.06	0.995	1	99.7
3.35-3.56		0.072	23.88	0.997	1	99.9
3.56-3.8		0.065	26.49	0.997	1	99.8
3.8-4.11		0.057	28.46	0.998	1	99.9
4.11-4.5		0.051	30.87	0.998	1	99.1
4.5-5.03		0.048	31.61	0.998	1	99.7
5.03-5.81		0.046	30.03	0.998	1	99.9
5.81-7.12		0.043	30.48	0.999	1	99.3
7.12-10.06		0.037	33.03	0.999	1	98.9
	10.06	0.037	30.6	0.999	1	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(DEV_2499: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TZL

3tzl

解像度: 2.25→44.828 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	2021	5.52 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1784	36609	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.72 Å² / B_iso mean: 45.2911 Å² / B_iso min: 15.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→44.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5071	0	0	259	5330
B_iso mean	-	-	-	41.25	-
残基数	-	-	-	-	667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	7068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.569	3156

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2498-2.3061	0.2793	114	0.2056	2487	2601	100
2.3061-2.3685	0.279	140	0.2023	2398	2538	100
2.3685-2.4381	0.2858	131	0.2046	2395	2526	100
2.4381-2.5168	0.2589	180	0.197	2402	2582	100
2.5168-2.6068	0.2389	143	0.1858	2460	2603	100
2.6068-2.7111	0.2631	151	0.1868	2392	2543	100
2.7111-2.8345	0.2671	132	0.1978	2456	2588	100
2.8345-2.9839	0.2683	140	0.2136	2456	2596	100
2.9839-3.1708	0.2991	155	0.2079	2450	2605	100
3.1708-3.4156	0.2796	149	0.1997	2434	2583	100
3.4156-3.7591	0.2057	174	0.1693	2484	2658	100
3.7591-4.3027	0.1884	153	0.1425	2508	2661	100
4.3027-5.4195	0.2022	122	0.1422	2564	2686	100
5.4195-44.8367	0.2144	137	0.1584	2702	2839	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5686	0.6631	1.3184	2.1029	-0.7913	5.2737	0.0054	-0.0064	0.097	-0.0683	0.0295	-0.1216	-0.205	0.2441	-0.0165	0.2942	-0.0159	0.0078	0.1901	-0.0088	0.31	34.9842	-12.1483	-53.2079
2	3.7077	1.0669	2.3261	6.1589	3.5747	3.5912	0.1203	-0.3825	-0.3644	0.677	-0.3464	0.1912	0.1359	-0.344	0.1522	0.329	-0.0101	0.0143	0.3489	0.0212	0.2841	24.7079	-19.7899	-43.9475
3	1.5497	0.7237	-0.1677	1.9384	-0.1568	0.7066	-0.0969	-0.1371	-0.1665	0.048	0.0428	-0.2391	0.0422	0.131	0.0415	0.2207	0.0016	0.0483	0.2794	0.0223	0.2807	26.8144	-27.6747	-57.274
4	3.9681	0.9166	0.6011	2.3701	-0.1752	0.8008	-0.0004	0.1712	-0.3429	-0.1553	0.1338	-0.3744	-0.1204	0.2986	-0.0891	0.2883	-0.0294	0.1198	0.3016	0.0023	0.3174	32.7968	-24.4116	-67.1943
5	2.3682	-0.9324	1.382	3.0896	0.9937	2.5273	-0.4808	-0.7439	-0.5539	0.1603	0.4639	-0.4572	-0.2695	0.8535	0.0333	0.3628	0.0562	0.0184	0.8684	0.2119	0.499	46.8016	-19.5271	-32.6751
6	3.6873	0.1669	1.7869	3.2947	1.1726	1.5341	0.1162	-0.1141	0.4416	-0.4817	0.1815	-1.3067	-0.2712	0.7344	-0.1287	0.391	-0.1915	0.0347	1.2292	-0.013	0.6799	56.9975	-13.2261	-37.3101
7	2.4326	0.521	0.622	1.4374	0.0505	1.4298	-0.1938	-0.3024	0.2945	0.052	0.0378	-0.0959	-0.5024	0.1704	0.2137	0.2829	-0.0069	0.0161	0.2856	0.0184	0.2424	26.6577	-10.5767	-50.1402
8	3.1906	-1.3212	-1.2265	1.5879	1.0114	1.8504	-0.2112	0.2251	-0.1711	0.0542	0.0547	-0.0693	0.1042	-0.1282	0.159	0.3021	-0.0402	-0.018	0.2846	0.0236	0.2372	59.2908	-34.4011	-6.9217
9	2.8901	-1.3653	0.0659	2.4242	-0.1245	0.3596	-0.2349	0.0823	0.6123	0.1832	0.143	-0.49	-0.0971	0.1121	0.0814	0.3352	0.0123	-0.169	0.3852	0.0017	0.4422	62.0971	-19.6989	1.7272
10	4.5334	0.9273	-2.0332	2.4887	-0.3043	4.1347	0.1639	-0.1262	0.2129	0.2162	-0.1725	-0.4375	-0.161	0.1603	-0.0142	0.3266	-0.0269	-0.0094	0.3082	0.1031	0.3689	81.0561	-33.1239	-26.098
11	3.5675	-0.8103	-2.337	1.2572	0.5952	2.4058	-0.3712	0.1201	-0.4502	0.1849	-0.0565	-0.0541	0.3558	-0.111	0.4341	0.309	-0.0153	-0.0802	0.2096	0.0909	0.2286	64.3231	-40.1344	-12.1774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 43 )	A	3 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 71 )	A	44 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 157 )	A	72 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 193 )	A	158 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 240 )	A	194 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 241 through 271 )	A	241 - 271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 272 through 336 )	A	272 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 100 )	B	2 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 193 )	B	101 - 193
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 194 through 255 )	B	194 - 255
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 336 )	B	256 - 336

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関連情報:EMDBヘッダ

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