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- PDB-5tcm: First Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tcm
タイトルFirst Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed with BI-2536
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Bromodomain / Inhibitor / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R78 / Bromodomain family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lin, Y.H. / Hou, C.F.D. / Loppnau, P. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: First Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed with BI-2536
著者: Lin, Y.H. / Hou, C.F.D. / Loppnau, P. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_detector ...chem_comp / diffrn_detector / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _diffrn_detector.detector ..._chem_comp.name / _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7179
ポリマ－43,9663
非ポリマー1,7516
水3,855214
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2393
ポリマ－14,6551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3014
ポリマ－14,6551
非ポリマー6463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1772
ポリマ－14,6551
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.332, 85.250, 57.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 14655.258 Da / 分子数: 3 / 断片: Bromodomain, UNP residues 8-119 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_091320 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: E9BA17
#2: 化合物 ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536


分子量: 521.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N7O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 % / Mosaicity: 0.836 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was crystallized at 293 K with 2M NaFormate, 0.1M BTP 7.0 and 1.0 M Cesium chloride with BI2536 using the sitting drop method.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24639 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 33.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.07 / Net I/av σ(I): 12.58 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 110927
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.244.30.5850.818197.2
2.24-2.284.40.5720.428199.2
2.28-2.324.50.4840.862198.8
2.32-2.374.60.4040.902199.2
2.37-2.424.60.380.924199.2
2.42-2.484.50.3480.924199.4
2.48-2.544.50.3340.93199.5
2.54-2.614.40.2860.942199.4
2.61-2.694.10.2490.914197.7
2.69-2.774.60.230.96199
2.77-2.874.70.2120.967199.4
2.87-2.994.70.170.973199.4
2.99-3.124.60.1460.981199.8
3.12-3.294.60.1290.982199.3
3.29-3.494.20.1120.98197.8
3.49-3.764.70.0970.988199.3
3.76-4.144.70.0850.991199.6
4.14-4.744.60.0760.993199.2
4.74-5.974.40.0710.992198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TCK

5tck


解像度: 2.2→44.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1246 5.09 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 24471 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.42 Å2 / Biso mean: 35.23 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8884 Å20 Å24.5978 Å2
2--9.5417 Å20 Å2
3----4.6534 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 126 215 2993
Biso mean--43.1 40.25 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1254SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes920HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5574HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6113SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5574HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10000HARMONIC3.80.67
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.47
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 133 4.48 %
Rwork0.185 2835 -
all-2968 -
obs--98.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20030.9792-0.99591.9776-1.20622.15080.09020.03960.03930.0181-0.00160.1703-0.0591-0.1106-0.0886-0.02880.0434-0.0655-0.1040.0026-0.079916.029148.72059.8726
22.7136-0.4997-0.08780.92750.21760.6475-0.0062-0.019-0.08030.0466-0.01450.0521-0.0107-0.04280.02070.0002-0.0028-0.0375-0.0877-0.0146-0.097331.332441.718729.1219
30.9722-0.297-0.33111.80861.14432.51880.0752-0.0073-0.031-0.0240.00910.0192-0.0324-0.056-0.0844-0.012-0.0276-0.0554-0.12360.0207-0.058519.83423.766815.0749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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